清虛駕起祥云將神農帶到陳地之後便讓神農將部族之事交給手下之人，便讓神農白日隨自己修煉上清大法，晚上則教授神農一些藥理知識和治國之道，如此匆匆數十年時間眨眼而過，這一日清虛將前日方練好之神鞭交給神農道：“此乃為師用乙木之英所煉成的寶物，可辨識萬千草木，只要用此鞭打過便可知這種植物有毒無毒，卻是方便你辨別百草，但是此物只可辨別草木有毒無毒，卻無法辨別出毒性之強烈，你要想知道毒性還得自己試驗。但是，你要記住洪荒中有無數異物，有些就是為師也是不識，更加不敢嘗試，你的道行雖然嶒長迅速但還是不要輕易去嘗試一些看起來比較奇怪的物事。”神農卻是開口說道：“若是能將世間所有有毒之物全部辨識出來，並找到能夠治療使族人能夠不再受苦，我就是身死也是無憾了。”清虛聞言一愣不由想到“不愧是成為三皇之一的人，就這份心已然遠超後世大乘佛教的四大菩薩了。”遂開口說道：“你既有此心，為師也不願阻你，但還是萬事小心，為師走了。“說完也不待神農挽留便走出木屋駕祥云而去，回九華山而去了。清虛回到九華山便開始煉制自己在共工怒撞不周山時所撿來的那些碎片，只聽清虛說道：”花費數千年時間終于將所有的碎片煉成一體，現在就等神農證得地皇之位後將所有得到的功德加入其中便可以煉成了，雖然大小沒翻天印大，但是有我指點女媧娘娘造人是所得的功德，有輔助女媧娘娘補天所分得的功德，再加上教授伏羲和神農所得的功德，有這四份功德加入其中想來應該不弱于他翻天印，過段時間便該去有熊部落找軒轅姬了，他應該快出生了吧，等軒轅證得人皇之位後我便以三皇帝師之名在洪荒人族傳道。”
不說清虛在九華山煉制法寶，神農見老師駕云而去便召集各部落頭領和官員詢問這數十年人族之事，聞聽人族並無什麼大事，只是那些老弱族人偶爾遇上頭痛、發燒之事發生時依然無法可想，有些族人就這樣死掉了，甚至一些壯年男女發生這樣的狀況也就無法干活了，只能躺在床上等著好轉，而且這些現象現在越來越多，再就是誤食毒物或被毒蟲、毒蛇所傷的族人越來越多，雖然有上次伏羲出去帶回來毒物的記錄，但是現在族人卻是越來越多，需要的土地也越來越多，族人需要到山林中燒山為林，遇上很多未曾見過的草木。伏羲聞言一愣，“自己隨老師修煉前雖也有這樣的事發生可是卻沒有死人，現在怎麼有族人死了？早知應該問一下老師。”轉眼間神農又想到：“不能總是靠老師，我因該自己想辦法解決此事。而且也該繼續出去辨別草木的毒性了不然族人中毒的會越來越多，而且治療毒蟲毒蛇咬傷的東西也必須盡快找到。”神農卻是不知，萬事有一利則必有一弊，谷物雖然使族人得到了更多的食物，可是食用谷物之人卻是身體不如食肉之人，故以前對族人基本無害的一些病痛現在卻是可以要命。
神農聽到這些事便坐不住了，將部落之事安排好之後便出門向大山深處行去，一路之上但凡見到以前未曾見過的草木便用清虛所煉制的神鞭赭鞭打一下，看其有毒無毒，並將他們記錄下來，等到晚上的時候便將那些毒草服下，檢驗其毒性的強烈，慢慢的神農發現各種毒藥都有都有五行屬性，有些厲害的毒藥更是混含了數種五行之力，所以才毒性劇烈，神農察其寒、溫、平、熱之性，辨其君、臣、佐、使之義，慢慢的便可以用之解毒，還可以治病。一天神農在石縫中找到一支開小黃花的藤狀植物，神農用赭鞭打一下發現其中蘊含劇毒，便把花和莖吃到肚子里以後，沒有多久，就感到肚子鑽心地痛，好像腸子斷裂了一樣，連忙用功將毒性化解，一會神農起身擦了一下頭上的汗說道：“幸好我有老師傳下的道法護身，不然就會死在這里了，一定要將這種草記下來告訴族民，以免族民誤食而喪命。這種草吃下去肚子鑽心地痛，好像腸子斷裂了一樣，就叫”斷腸草“吧。經過數十年的辯嘗發現甘草可以治療咳嗽，大黃可以治療便秘，黃蓮可以消腫等等。
經過數十年的辯嘗，神農終于幾乎將所有的草木都嘗遍了，還寫下了一本書《神農本草經》，《神農本草經》闡述了藥物的三品分類及其性能意義，藥物的君臣佐使及在方劑配伍中的地位和作用，藥物的陰陽配合、七情合和、四氣（寒熱溫涼）五味（辛甘酸苦咸）、有毒無毒，藥物的采造，藥物的煎煮法，藥物與病證的關系等等。當這本書寫完的時候天上降下功德落于神農身上，同時在九華山也有一團功德降下落于清虛身上。神農回到陳地便開始教授族人醫藥之術，神農又發現有些病發起來很快，等藥煎好的時候病人已經快不行了，藥服下去也不管用了。所以神農想能不能找到一種方法，將藥物的精華全部存下來，在病人剛發病的時候便將其服下，病人便可以乘早將其服下便可以保住性命，神農想了很久，都沒找到方法。突然有一天神農想起當年自己中蛇毒時老師給自己服下一丸丹藥，治好了自己中的毒，不由想到：“仙丹是仙人將仙草仙果去其糟粕煉制而成的，那麼人應該也可以將草藥煉成丹藥，可是l老師沒有教我怎樣煉制丹藥。恩，老師的道場在九華山，我就去九華山找老師，向老師請教。“
想到此處神農便駕著云向九華山飛去，神農飛了數月時間才飛到九華山，而此時清虛正在大赤天太上老君處，原來清虛算出神農要到自己處求煉丹之術，可是自己對于丹術卻是並不精通，一時頗為為難，後想起大師伯太上老君的煉丹之術乃是世上最好的，便趕到大赤天向太上老君求煉丹之術。剛到大赤天便見玄都大法師站在八景宮門口等候，見清虛到來忙上前說道：“師兄！老師命我在此等候多時了。“清虛也知聖人神通不同一般，自己剛出門大師伯恐怕就知道自己來的目的了吧。清虛隨玄都大法師進入八景宮拜過老君後便坐于一旁等候也不說話。老子見清虛坐下便開口說道：“你的來意我知道，丹術我已替你准備好，還煉制了一煉丹的丹鼑，你一起拿下去吧。”說完便將一卷丹書和一支小鼎交給清虛，清虛拜謝道：“多謝師伯。”老子說道：“吾掌人教，神農也算我之弟子。”說完便閉目打坐去了。清虛見狀便拜過後在玄都大法師的帶領下出了八景宮向外行去，待出了玄都洞清虛對玄都大法師說道：“師弟不必相送，我去也，早就想和師弟一聚，可是你我皆是掌教大弟子，卻是不得閑，以後定要找空和師弟一敘。”說完便駕云而去。玄都大法師看著清虛駕云遠去之後便轉身進了玄都洞八景宮。