軒轅接任族長的位置之後便照清虛所傳授的方法，開始教授族人更好的農耕之法。神農教人們將山林焚毀，然後在焚毀的山地上種田，軒轅發現這種方法有時很不好。當人們燒山之時有可能遇上逆風，那樣不但山燒不成，而且還會將放火燒山的族人燒死。而且這樣的田地耕種數年之後肥力會下降，田里收獲的糧食會越來越少，人們就會放其原有的田地，轉而繼續燒山為田，將山林慢慢的毀去。軒轅發現將人或動物的大小便埋在土中可以提高田地的肥力，這樣土地便可以繼續使用而不用繼續冒著被燒死的危險去燒山為田。軒轅還用清虛所教授的方法來訓練部落的勇士，使他們的戰斗力增長了很多。周圍的部落聞聽有熊部落強大且其為帝師清虛道君的弟子，便紛紛率部落歸順，先後有熊、羆、貅、貙、虎、雕、鶡、鷹、鳶九個大部落歸順，使得有熊部落的實力越來越大。軒轅的名聲慢慢的傳遍了整個洪荒人族部落，神農聽說這位師弟的所作所為後非常高興，常對人說：“有熊部落的公孫軒轅乃是賢者，日後我將效仿伏羲氏將天下共主之位傳于軒轅。”
神農的兒子榆罔聽說之後非常不服氣，對神農說道：“父親為人皇，日後人皇之位也當由我繼承，他公孫軒轅有何德何能可當天下共主。”這榆罔從小聰明好學，後來習文練武，成長為一位能征善戰的大將軍。曾有東夷部落之人不服神農管教進犯神農氏東部邊境，十七歲的姜榆罔奉命駐守舊都伊川，並且在那里籌建軍隊，與東夷人作戰，多次擊敗敵人，受到了神農的誇獎和族人的崇拜。
當時有燧人氏的後代倉頡認為自己乃是聖皇燧人氏的後代且獨霸一方，沒必要遵從別人為帝，于是拒絕朝拜炎帝，並且率族人東征，神農為增加軒轅的威望便讓軒轅率有熊部落的勇士征討倉頡，軒轅接到神農的命令之後師熊、羆、貅、貙、虎為前驅，雕、鶡、鷹、鳶為旗幟，不過數月時間便擊敗倉頡，倉頡見軒轅的有熊部落強大，而且軒轅長的器宇軒昂儀表不凡，認為軒轅以後定能成大事，便率部落投降融入了有熊部落。人族眾部落聞聽更是敬畏軒轅，神農聽後也是極為高興。
巫族自與妖族大戰之時由于抽調了幾乎所有部落的大巫，在被華胥偷襲時便幾乎被滅族，只剩下寥寥數人，留守祖巫殿的大巫刑天和九鳳關閉了祖巫殿在殿內閉關，守護巫族的聖地。而其他大巫、小巫、巫人更是躲入各處大山之中不再出世，而妖族更是淒慘，妖神修為的大妖更是幾乎死光，巫妖二族似乎已然退出了洪荒的舞台。
卻說那巫族有一大巫名換蚩尤，也曾隨祖巫攻打天庭，在眾祖巫自爆欲殺死太一時被波及到而身隕，按說巫族沒有元神身隕後自當消失在天地之間。可這蚩尤卻是巫族眾大巫之中的一個怪胎，其年少之時曾誤食一支仙草，慢慢的卻是產生了元神，眾祖巫大異之，命蚩尤將那仙草的樣子畫下來，命眾巫人在洪荒中尋找，耗時億萬年卻是一顆也未找到，眾祖巫只好不了了之。那蚩尤在身隕之後一點真靈飄飄蕩蕩來到九幽黃泉陰陽二氣輪回盤前，投身其中轉世投胎，蚩尤在輪回中渾渾噩噩轉世數十世。在這一世投身到九黎部落時身上的巫族血脈才開始慢慢覺醒，族人見蚩尤能征善戰便在老族長過世後推舉蚩尤為部落首領。
終于蚩尤身上的巫族血脈完全覺醒了，蚩尤的一身神通也慢慢恢複了，蚩尤的巫族血脈覺醒後思及遠古之時巫族的榮光，不願看到巫族就此落寞，便開始在洪荒各處邀請巫族剩余的族人相助，那些小巫、巫人看到蚩尤的大巫血脈全部彙聚在了蚩尤的麾下，但是眾大巫中除卻與蚩尤關系最好的風伯、雨師願意相助蚩尤，其他人均不願出山相助蚩尤。蚩尤極為不滿卻也是無法，這時風伯對蚩尤說道：“蚩尤，你雖是大巫中的強者，但是那些活下來的大巫也都不弱，你在他們中的威望不足，他們都不願聽從你的領導，大巫刑天乃是我巫族和後羿並稱的祖巫之下的最強者，而大巫九鳳是祖巫強良的妹妹，他們二人在巫族中素來聲望極高，如果你能請出大巫刑天和九鳳相助，那麼其他人都會來幫助你。”蚩尤一聽頓時高興起來，趕忙起身向准備到祖巫殿去請出大巫刑天和九鳳。雨師見狀忙阻止蚩尤，說道：“蚩尤，刑天和九鳳自從巫妖大戰之後便心灰意冷，為保存我巫族的血脈和聖地二人一起在祖巫殿看守祖巫殿，卻是不見外人，你去後如何勸說他們二人？”蚩尤說道：“我巫族本為這大地之上的主宰，如今這洪荒大地卻是被女娃造出來的人族所占據，刑天與九鳳乃是我巫族中的佼佼者，以前是沒有機會，如今我身為九黎部落的首領，卻是可以用此身份來爭奪人皇之位，當我奪得人皇之位時便是我巫族再次興起之時。”說完便離開了部落。
蚩尤出了部落來到一僻靜的地方現出原身，乃是一牛頭、人身、獸足銅頭鐵額的巨人，蚩尤現出原身之後便邁步向祖巫殿行去。不一會蚩尤便來到祖巫殿外，卻見昔日無數巫人把守的巫族聖地如今卻是門可羅雀，大門緊閉。蚩尤在門外喊道：“大巫蚩尤求見刑天、九鳳二位大人。”良久只聽從殿內傳出一個女聲“蚩尤，你來這里是為什麼我和刑天都知道，相柳前日已然來與我們二人說過，但是我們不會出去助你的，巫族已然沒有多少族人了，我們不想讓我巫族真的消失在天地之間。”蚩尤開口說道：“二位大人，我蚩尤在你們兩位大人眼中不過是晚輩，而我也確實沒有兩位大人的神通，但是我蚩尤有著兩位大人已經喪失的，我巫族戰天戰地決不退縮的信念。為了我巫族的複興我不會懼怕任何人和事，縱然真的消失在天地間我也無怨無悔，兩位大人不願相助我就自己努力恢複我巫族的榮光。”
蚩尤說完轉身就欲離去，就聽祖巫殿內傳來一聲怒吼“蚩尤！你給我站住，你說我二人已經喪失了祖巫戰天戰地的精神嗎？”隨著話音剛落就見祖巫殿的大門大開，從中走出一位一手拿斧一手操盾，渾身經脈盤結，肌肉鼓起，直如盤古在世的大漢，以及一位看似較弱但眼中英氣逼人的女子。只見蚩尤對那二人拜道：“蚩尤拜見刑天相柳二位大人。”原來這二人正是巫族現存高手中最為厲害的刑天、九鳳二人。