段祺瑞功高震主，讓袁世凱感到不安，再加上段身邊還有個能量極大的徐樹錚，于是袁段之間開始了勾心斗角
載灃也曾想收買段祺瑞，有一天，他去逛琉璃廠，見到一副永昌產的上佳云子，按徐霞客的點評：“永昌之棋，甲于天下。”而這副棋又是佳品中的極品。更絕的是那棋盤，用上好的碧玉打磨而成，綠得柔和，讓人看著舒服，據說原為乾隆朝權臣和所藏。載灃出生于皇室貴族，什麼樣的珍寶沒見過？卻也是嘖嘖稱奇，當場就要買下。
掌櫃討好地奉承道：“王爺真是好眼力，這副云子軍營里的段軍統早就看中了，但他嫌價貴，讓小號為他留一個月，湊齊了銀子再來，算起來今日已有一月之數，王爺正好拿走。”聽說段祺瑞也看上了這副云子，載灃留了心眼：“這副棋要多少錢？段軍統居然買不起。”
“嗬，價雖然貴了點，但貨是好貨，一千兩銀子，這點錢當然不在王爺眼里。”
載灃心里轉了轉，一千兩銀子段祺瑞都掏不出，可見是個清官，放眼滿朝文武，這樣的人倒不多，他對段祺瑞的惡感少了許多，有心將此人拉到自己身邊。
一封大紅燙金帖送到了段府，說是攝政王府請來了京城梨園大腕、大內供奉楊小樓唱堂戲，請段軍統過去賞光。
攝政王的面子不能推卻，段祺瑞當然得去。聽完了戲，載灃又將他留下，問候了幾句，十分客氣。段祺瑞一面應付，心里卻不耐煩，他對這幫清朝權貴沒有好感，吃喝玩樂都很在行，軍國大計一塌糊塗。載灃拿出了那副云子：“聽說段大人很喜歡圍棋，我這里倒收了一副云子，還說得過去，只是我對此道並不精通，有道是寶劍贈壯士，紅粉饋佳人，送予你啦。”
段祺瑞淡淡一笑：“無功不受祿，卑職軍務繁忙，也沒有時間消磨，這副云子還是留著王爺自個兒把玩吧。”說著，起身告辭。載灃何時碰過這樣的釘子，氣得愣在了當場。載灃的報複來得又急又快，段祺瑞很快就接到了懿旨，說是隆裕太後要召見他，詢問練兵事宜，段祺瑞整裝上朝，山呼萬歲一通後，跪在地上一一道來。
隆裕太後哪里知兵，聽得沒頭沒腦，盡問一些不得體的問題，段祺瑞性子急，語氣里不免有了些不耐煩，在這之前，載灃沒少向隆裕太後說段祺瑞如何霸道等等，所以心中也有點光火：“段祺瑞，你莫不是以為皇上年幼，就可以欺負了。”
這是什麼話！如果段祺瑞被落實了這個罪名，那是要殺頭的，他把頭猛地向上一抬，聲音不自覺地抬高了八度：“臣不敢，臣只是在回答太後的問題。”
段祺瑞的聲音確實大了點，小皇帝溥儀剛剛在太後的懷里睡醒，猛聽到這炸雷似的聲音，嚇得哇哇大哭。
“瞧你這凶巴巴的樣子，難道想造反不成？”隆裕太後也想學她前任慈禧那樣，玩弄群臣于股掌，但她沒有那樣的殺伐決斷，只是用眼睛看著攝政王，讓他拿主意。
載灃要的就是這種效果，一退朝，他就向太後奏道：“段祺瑞這個人是與袁世凱一黨的，留在京中很危險，最好將他遠遠地支在一邊，以免變生肘腋。”
于是，段祺瑞一夜間連降三級，來到蘇北做一個小小的提督官。正好袁世凱快出山了，袁世凱安慰說：“芝泉兄稍安勿躁，我這次出山，有一個條件，就是要調你重回北洋系統，擔任第二軍軍統，朝廷不久就會下旨了。”
真個是時來運轉，段祺瑞剛到信陽接任第二軍軍統職，興奮勁還沒過，又有捷報飛到，任命他為署理湖廣總督，段祺瑞幾乎不敢相信自己的眼睛，這總督可是正二品啊，標准的封疆大吏，在清代，一個漢人做官做到極致也不過如此了。
但段祺瑞沒有謝主隆恩，他知道，這不是朝廷對他特別青睞，而是袁世凱的背後操作，要謝，應該謝袁世凱。
人贈我木瓜，我予人瓊瑤。段祺瑞接到任命，他就去袁世凱處表示感謝。
袁世凱擺擺手：“自家人不說別家話，此事我應該做，不提也罷，你今天來得正好，去前線替我將馮國璋換下來。”
段祺瑞大吃一驚，這馮國璋在前線打得不錯，已經攻下漢陽，正准備一鼓作氣拿下武漢三鎮呢。
“姓馮的是個粗人，不懂政治。”袁世凱正私下里和武漢方面及孫中山的同盟會進行南北和談，南方提出只要建立共和，廢除清朝，這大總統一職就非袁莫屬;與此同時，他也在和朝廷討價還價，以優待皇室為條件，取消帝制，以朝廷牽制亂黨，以亂黨嚇唬朝廷，方能火中取栗。
段祺瑞點點頭，他明白了。從此後，他的每一步行動，都合著袁世凱的節拍，一個唱文戲，一個唱武戲，相得益彰，揮灑自如，不多久，就將各方擺平，袁世凱登上即將成立的中華民國的臨時大總統寶座已是指日可待。
然而這大清國畢竟立國有二百多年了，所謂祖宗基業，隆裕太後雖然是一介女流，但也懂得心疼，整天是哭哭啼啼，能拖一日是一日。袁世凱心中著急，卻不好使蠻，就指使段祺瑞來做惡人。段祺瑞領銜發出通電，要溥儀小兒盡早遜位，那話說得不客氣之至，全沒有一點君臣情分：“三年以來，皇族之敗壞大局，罪實難數。事至今日，乃並皇太後皇上欲求一安富尊榮之典、四萬萬人欲求一生活之路而不見許。祖宗有知，能不恫乎。蓋國體一日不決，則百姓之因兵燹凍餒死于非命者日何啻數萬。”
接著，他筆鋒一轉，發出威脅，假如朝廷尚不就范，則“率全軍將士進京，與王公剖陳利害。祖宗神明實式鑒之。揮淚登車，昧死上達。”
段祺瑞的威脅讓隆裕太後花容失色，她早就聽說這個姓段的很蠻橫，很不講面子，如果真的動起粗來，那將不堪設想。在各方面的壓力下，1912年2月13日，清帝正式宣布遜位。袁世凱如願以償地成為民國臨時大總統，論功行賞，段祺瑞自然是頭一份，于是內閣中最重要的陸軍總長一職也非他莫屬。袁段之間的矛盾也就此開始。
矛盾由徐樹錚而引發。那一天，段祺瑞向袁世凱提交了陸軍次長的名單，袁世凱一眼刷過徐樹錚的大名，眉頭頓時皺了起來：“這個姓徐的面冷氣傲，眼中帶煞，怕不是個安分守己的人。”提議換個人選。
但段祺瑞堅持：“小徐對大總統很忠心，也很能干，這陸軍次長一職很適合。”
袁世凱臉上不動聲色，心中卻在琢磨：“這段祺瑞並不簡單，他也掂得出徐樹錚的價值，知道收攬人才。”
袁世凱與段祺瑞的矛盾在慢慢加深，袁世凱精明過人，事必躬親，恨不得大事小事全部抓在手中;段祺瑞則是個直性子，軍人做派，不習慣那種唯唯諾諾，拍馬逢迎，因此凡陸軍部的事，都是自己說了算。
袁世凱對此心知肚明。決定先剪除段祺瑞的得力臂膀徐樹錚，非如此，姓段的不會安分。
袁世凱將段祺瑞喚到了中南海，兩人沿著湖邊看風景，袁世凱試探著道：“不少人對陸軍部的作派很看不慣，都說徐樹錚那小子盛氣凌人，我看是不是給他挪個地方。”
沒想到段祺瑞立刻就蹦將起來：“可以，大總統是一國之主，想撤誰都行，我這個陸軍總長連著小徐子的那個次長也一齊撤了吧。”說完，轉身就走。
望著段祺瑞的背影，袁世凱氣得直哆嗦，這也太沒規矩，太沒尊卑上下了：“不像話，很不像話。”這句話他重複了不知多少遍。但袁世凱卻強咽下這口氣，段祺瑞在目前還有不可替代的作用，因為他的強橫做派，從不遮遮掩掩，迷信武力，在關鍵時候，很能起作用。
當時，副總統黎元洪仍滯留武漢，控制著湖北地區，具有強烈的政治象征和戰略意義，這當然讓袁世凱很不安，幾次催黎來京就職，但黎元洪就是不上當，你有千變萬化，我有一定之規，給你來個老虎不出籠。
見袁世凱為此事傷透腦筋，段祺瑞他主動請命，保證將黎元洪請來。
來到漢口，段祺瑞輕車簡從，只帶上徐樹錚幾人即過江與黎元洪相見，一陣寒暄，拱手而別，段祺瑞畢竟是陸軍總長的身份，遠道而來，按官場規矩，黎元洪得送一送的。
不知不覺間，黎將段送到了江邊，伸出手來道：“送君千里，終有一別，黎某就此止步了，請代我向袁大總統問好。”他很謹慎，對岸就駐紮著北洋軍，不能輕入險地。
段祺瑞也滿臉堆著笑：“黎副總統的問候還請自個兒去北京當面對大總統說，段某就留在此地了。”說著話，手上一用勁，抓牢了黎元洪不放。黎元洪神色一變，待要抽手，段祺瑞的五指像鐵鉗一般，他做夢也想不到，段祺瑞竟敢在他的地盤上動粗。回過頭來，就要招呼身後的衛兵。
徐樹錚迅速貼了上來，“黎副總統請上船吧，咱們好話好說，你可聽說我徐樹錚脾氣的。”說著話，藏在口袋中的手槍頂在了黎副總統的腰上。
黎元洪頓時渾身僵硬如泥塑一般，徐樹錚的名頭委實嚇人，這可是個無法無天的主。沒有他不敢做的事，沒奈何，只能隨著段祺瑞上了船。
將黎元洪在船上安頓好，段祺瑞又回到了武昌，部隊也隨即開了過來，就這樣將黎元洪帶到了北京，還順勢取了湖北。