段祺瑞的護短一向是出了名的，為了徐樹錚，他不惜得罪人
袁世凱死後，段祺瑞成了政府的當家人，負責組織內閣，任國務總理，黎元洪則繼任為大總統，不過，他這個大總統當得很不痛快，要看段祺瑞的眼色行事，在討論內閣班子時，黎元洪只提了一個條件，誰干秘書長都無妨，但徐樹錚不能干。段祺瑞歪著頭問：“為什麼？”
“我有點怕他。”黎元洪實話實說，他忘不了當年徐樹錚用槍頂著他離開武昌的那副凶神惡煞樣，如果此人做了秘書長，黎元洪就少不了要與他打交道。想到這里，他腦袋都大了。
段祺瑞哈哈大笑：“徐樹錚是有點性子急，但為人直爽，軍人脾氣嘛，大總統不必與之計較。”見黎元洪還要嗦，他有點不耐煩了，“黎大總統大概也聽說過，當初為了小徐子，我段某人連袁項城也照樣得罪。如果你實在容不下小徐子，這個總統不當也罷。”
這叫什麼話？段祺瑞也未免太霸道，太蠻橫了。黎元洪氣得直哆嗦，但他得忍著，北京政府是北洋系的天下，而段祺瑞是北洋系的領袖，若是他一翻臉，黎元洪這個總統怕是一天也坐不穩。與徐樹錚共事那是活受罪，哪里有個上下之分，倒好像徐樹錚是黎大總統的上司，頤指氣使的，有一次拿去一份人事任免名單，黎元洪也就是多瞧了一眼，他已經不耐煩了：“這是急辦的事，快蓋章簽字，不要磨蹭。”
黎元洪脾氣再好，也受不了這樣的輕慢，當時就拍案而起，找段祺瑞訴苦。誰知段祺瑞只是淡淡一笑：“大總統不必為這些小事計較，現在國家不是提倡提高辦事效率嗎，都像徐秘書長這樣做，要免去多少扯皮現象。”
黎元洪苦笑了笑，“似段總理這樣一味縱容徐樹錚，怕是今後要捅出大婁子的。”
對黎元洪的告誡，段祺瑞卻無動于衷。得罪了黎元洪不要緊，反正他手上無兵無勇，就是後來鬧翻了，也照樣給段祺瑞擺平;但得罪了吳佩孚這樣的實力派，就不好收拾了，後來段祺瑞就是被吳玉帥給趕下台的。
說起吳佩孚，本來與段祺瑞也有一段師生之誼，吳佩孚是從武備學堂出來的，段祺瑞是那所學堂的校長，但兩人那時地位隔得太遠，段祺瑞還沒有注意到這位未來的常勝將軍。
吳佩孚引起段祺瑞注意，還是因為段祺瑞與郭緒棟有過一席交談，這個姓郭的是山東一位隱士，與北洋軍中上層人士多有來往，據說很識人，就是他向曹錕推薦吳佩孚的。“聽說先生對曹三手下的那位吳標統很推許，說他是潛龍在淵，總有一日一飛沖天，可有這事？”
郭緒棟點點頭：“確有此事，環顧北洋將領，無出吳佩孚其右者。”
“比我手下的小徐子如何？”段祺瑞總認為徐樹錚有經天緯地之才。
“各有千秋，論心計，論手段毒辣，論縱橫捭闔，小徐子要高一籌;但論行軍布陣，進退攻守，吳佩孚強他多矣，兩個人對主子也都是忠心耿耿，但總的來說，吳佩孚乃堂堂正正做人，小徐子愛走極端，更偏激一些，說句不好聽的話，有點像死去的袁項城。”
“我看那個吳佩孚今天也沒干出什麼名堂。”段祺瑞有點為徐樹錚鳴不平。
“我替吳佩孚看過相了，他在四十歲以前坎坎坷坷，四十歲一過，就要出人頭地。”郭緒棟一副神秘莫測的模樣。
這次談話後不久，段祺瑞就找到曹錕，說是向曹三要一樣東西。“段大人看中的，盡管拿。”曹錕巴結段祺瑞還來不及呢。“我不要你金銀財寶，我只要你手下的一位小團長。”段祺瑞點明了來意。
沒想到剛才說得好好的曹三立刻翻臉，他問段祺瑞：“當年袁世凱向段大人要小徐子，你為什麼不給？”
段祺瑞打個哈哈，他知道曹三貪財，因此預先聲明，因為最近要舉行秋操，他忙不過來，只是暫調吳佩孚，忙過這一陣子就歸還，不用擔心他搶人才。接著說：“最近，政府里剛從國外進來了一批軍火，這北洋六鎮個個伸手，我也不知道該分給哪家，曹三你看看誰最缺？”
這分明是話中有話，拿軍火換吳佩孚，曹三立刻動了心，他也變了口氣：“說定了，那個姓吳的只是借用，到時得還給我的。”聽說吳佩孚將要改換門庭，郭緒棟向段祺瑞進言，“吳子玉確是個人才，但他不適合你段大人，他在你這里要受委屈的。”“你說我嫉賢妒能？”這話段祺瑞不愛聽，難道他不如曹三。“曹三和段大人相差不可以道里計，說句不好聽的話，曹三為人貪鄙，沒有主見，處事圓滑，但也正因為此，他什麼都由著吳佩孚。段大人眼里揉不得沙子，性格剛烈，這和吳佩孚的性子倒相似，你們兩人在一起共事，怕是要磕磕絆絆的。”段祺瑞當然不信這一套，誰都知道他最愛護部下了，他的厚道在北洋軍中很有名，“跟著段大人不吃虧”，許多人都如是說。吳佩孚也是興沖沖地來報到的，曹錕雖然待他不薄，但他從心里瞧不起這位三哥的為人，相比之下，段祺瑞要清廉得多，自律得多，再說，在段祺瑞手下，他本人的發展空間也大。也是不巧，那天報到的時候，馮國璋剛好來過，他們兩人是一直明爭暗斗的，互相又攻訐了一番，段祺瑞這個人不善忍耐，沒有那種喜怒不形于色的克制功夫，馮國璋走後，就吹胡子瞪眼，一個人在生悶氣。吳佩孚站在他身後時，他還不知道。在段祺瑞的側面，有一面大穿衣鏡，吳佩孚看得明白，段祺瑞滿臉厭惡之色，嘴里恨恨道：“什麼東西。”
他這是罵馮國璋的，吳佩孚卻以為沖他來的，當時臉就變了色。待段祺瑞發現了吳佩孚，他也不解釋，只是淡淡地打了招呼，這是他的風格，與段祺瑞相處久了，才知道這個人是外冷內熱，平時很少對人有笑容的，但你對他也盡可以隨便，他不會認為你以下犯上的。
吳佩孚哪里受過這等冷遇？曹錕對他可客氣了，一口一個子玉老弟，毫無上司的架子。
這次見面可想而知，很不愉快。段祺瑞高高在上慣了，一臉的嚴肅，三言兩語交代了任務，吳佩孚又是恃才傲物，他在骨子里不脫人的本性，需要別人的尊敬，不善討好上司，因此神情也冷淡，雙方很不投緣。
“這份秋操計劃，你得給我十天之內拿出來。”段祺瑞道。“何須十天，我倚馬而就。”吳佩孚說的是實話，但與段祺瑞初次見面就這樣講，未免狂妄了。
段祺瑞果然心中騰起了火，就是小徐子也不敢這樣大話炎炎，“言大而誇”，他為吳佩孚下了四字評語，“那好，明天我就去取。”
徐樹錚暗暗注視著這一切，他也知道吳佩孚是人中龍鳳，因此起了嫉才之心，以為吳佩孚是來與他爭寵的，因此定下一計，下午他去了吳佩孚的寓所，說是拜訪新同事，實際卻是來騷擾。吳佩孚正在趕寫演習計劃，見徐樹錚來，急忙熱情招待，他也久聞徐樹錚的大名，有惺惺相惜之意。
兩人談話果然投機，年齡相近，才情相近，這一番談話，天上地下，國家大事，無所不包。談得興起，吳佩孚吩咐馬弁：“去譚家園定一桌上好魚翅席，再取出曹三爺送來的陳年紅，我與徐先生大醉一場。”把段祺瑞的任務拋到了腦後。這正是徐樹錚此行的目的所在。
這一頓酒，直喝到月過中天，東方既白。吳佩孚一向貪酒，失去了節制，待徐樹錚告辭時，他已經爛醉如泥。徐樹錚可是藏著心眼的，第二天上班時，就向段祺瑞打聽對吳佩孚的觀感，段祺瑞發火道：“吳子玉第一天上任就不在差上，我還等著要他所擬的計劃呢。”突然，他心血來潮，吩咐道，“備車，我倒要看看，他在家里干什麼？”
見段祺瑞不期而至，吳佩孚慌忙起身，段祺瑞一打量，只見他宿酒未醒，兩眼血紅。段祺瑞忍住火氣，向吳佩孚索要演習計劃。吳佩孚並不認錯：“段大人一大早就是為這來的？只是今天還沒有結束，太陽落山之前一定奉上。”
“我不要醉鬼的東西！”段祺瑞甩下這句話，轉身而走。當天，吳佩孚又重回曹錕軍中，他與段祺瑞的怨算結下了。特別是後來知道徐樹錚暗做手腳，又把徐樹錚恨個死。有人說，如果不是徐樹錚設了這個套，吳佩孚肯定能讓段祺瑞驚訝一把，說不定就成了他的左右臂膀，曆史也許會有所變化。後來，吳佩孚與皖系集團刀兵相見，原因固然眾多，但感情上的交惡也是一個重要因素。
眼看著與直系鬧翻，爭取關外的奉軍力量就至關重要了。本來，段祺瑞與張作霖的關系很好，于是派出了徐樹錚來到了奉系軍中。
乍見之下，張作霖對徐樹錚的才能、智謀佩服得五體投地，驚為天人。更難得的是，像徐樹錚這樣目高于頂的人是很難馴服的，但卻對段祺瑞忠心耿耿，由此可見老段並不像表面那樣粗豪，在馭人上還是有一套的。因此他也學著段祺瑞，對徐樹錚絕對放手，讓他擔任了奉軍副總司令。然而，徐樹錚的忠心只針對段祺瑞一個人。不久，張作霖就發現徐樹錚搞到了自己頭上，開始插手他的部隊，像楊宇霆等奉軍大將都對小徐子言聽計從，伙同著冒領軍費准備成立自己的軍隊。他這一驚非同小可，若是這樣長久下去，那賴以安身立命的根本都要動搖，奉軍的旗號該姓段不姓張了。
張作霖怒氣沖沖趕回了軍中，當即扣押了徐樹錚，有人甚至勸道，不如一殺了之，留著這個人將來是個禍害。
聽說張作霖對徐樹錚動了殺機，段祺瑞怒不可遏，不惜以武力相威脅：“張雨亭算什麼東西？一個馬賊而已，竟敢扣押國家大員，告訴他，只要小徐子少了一根汗毛，我親自帶兵打過山海關去。”
這倒並不是嚇唬人，以段徐之關系，那是絕對說得出做得到的，張作霖也只能忍著氣放了徐樹錚：“段總理如此護短，只怕將來要為徐樹錚得罪天下英雄。”
徐樹錚自然知道有人在段祺瑞面前詆毀他，但一點也不擔心，他憑什麼為段祺瑞殫精竭慮，忠心赤膽？看重的就是那份信任，那份無猜，所謂以國士待之，以國士報之。他現在又在策劃一個大計劃，准備刺殺張作霖。
本來行動進行得很順利，他已經地將張作霖誘騙到段祺瑞的官邸，沒想到平日里不大視事的段祺瑞卻高坐堂上，徐樹錚急忙過去附耳說了自己的打算。
“不要胡來，這會激出事變的。”段祺瑞也是大吃一驚，都說小徐子膽大包天，但也沒料到他心狠手辣、膽大妄為到如此地步。“顧不得那麼多了，一切都安排好了，你若是不忍心，可去另一邊。”徐樹錚的口氣里竟有些不耐煩。
段祺瑞的表情很複雜，他並不在乎徐樹錚拿他的話當耳邊風，反認為這是耿介忠心的一種表現。不過，對張作霖他確實下不了手，此人至少表面上對他很尊敬，執弟子禮甚恭，今天將人家騙到自己官邸，說殺就殺，傳出去可不好聽。別看段祺瑞殺人如麻，但是他不喜歡背後捅刀子，他認為這不符合軍人做派。過去他對袁世凱很佩服，惟獨就是看不慣老袁心計太多，暗刀子傷人，這一點，他不欣賞。
但是，他也不能強行阻止徐樹錚，否則就有了胳膊肘向外彎的嫌疑，而且，他身邊人都知道徐樹錚說一不二的脾氣，不見得就會罷手。正在為難之際，張作霖已經前來赴約，見了段祺瑞，他滿面春風，又是打揖，又是問候，神態恭敬得很。
段祺瑞卻是板起了臉，大聲呵斥道：“你不回你的東北，來北京干什麼？去，去，去。”
張作霖一愣神，回頭再看看徐樹錚那滿臉的殺氣，已經明白是怎麼回事了，他從心里感謝老段對他的手下留情，也不停留，當即找了個借口溜之乎也。
眼看著張作霖死里逃生，徐樹錚臉色煞白，他知道放跑了如張作霖這樣的強敵意味著什麼。“大事休矣！婦人之仁，有時是會壞大事的。”他不滿地望了段祺瑞一眼。
段祺瑞臉紅了一下，沒辦法，這是他的性格，在人情糾纏時，他往往缺少殺伐決斷，有時候會感情用事。對張作霖如此，對徐樹錚也是如此。
果然如徐樹錚所料，脫險後的張作霖很快與直系的曹錕、吳佩孚聯合起來，向皖系宣戰。段祺瑞在北洋系中一向很有威信，做事也不那麼趕盡殺絕，因此大家也不好意思與他撕破臉，于是打著“清君側”的名義，只要罷免了小徐子，一切都好談。“什麼話？讓小徐子走？虧他們想得出。我這個做長官的，連自己手下人都保護不了，今後誰還願意跟我。打！打敗了也值。”其時，段祺瑞並沒有做好戰爭准備，但他不願屈服。
這場戰爭的結果可想而知，段祺瑞輸得慘不忍睹，灰溜溜宣告下野，敗軍之將徐樹錚在他面前長跪不起，痛哭流涕：“都是樹錚害了總理，萬死莫贖其罪。”
“起來，起來。”段祺瑞連忙扶起徐樹錚：“你對我忠心耿耿，何罪之有？他們哪里是趕你一人走，找個借口而已。”
徐樹錚因直皖戰爭失敗，被列為十大禍首之最，被懸賞10萬元通緝，四處流亡。就是這樣，他還與孫中山在廣西會面，籌組孫、段、張反直同盟，為段祺瑞重新執政而效勞。而段祺瑞戰敗之後，堅持不離開北京，左右隨從力勸，但他暴跳如雷地叫道：“要走你們走！我不走，我倒要看看他們能把我怎麼樣！”他在北洋系中的地位和影響不可低估。曹錕和吳佩孚當然不敢怎麼樣，曹錕和張作霖還派人去段府慰問他，吳佩孚甚至親自登門，對段以“老帥”相稱。