留在上海的榮宗敬為求自保，于1937年底加入了名為"上海市民協會"的組織。"上海市民協會"實際上類似日軍成立的"大道政府"（即偽上海市政府），帶有偽政府的性質。榮宗敬的考慮是："上海目下事實上已無政府，在此種情況下，人民當果敢大膽，作減少痛苦之舉。"當時留在上海的工商業者大多也參加了這個組織，例如雜糧業同業工會主席顧馨一就在"市民協會"當了主席團委員。據《榮家企業史料》記載，榮宗敬還曾向《大陸報》記者指出，上海市民協會與"大道政府"毫無關系，並無政治性質。他希望在這個新組織成立後，榮家"及其余在華界擁有工廠之實業家得重理舊業"。
但是輿論並不這麼看。1938年元旦，上海《大美晚報晨刊》刊登消息：各界愛國人士集會聲討"上海市民協會"，認為"上海市民協會"是非法的，是漢奸走狗的假名活動組織。幾天後，顧馨一家的天井被人投入了一顆手榴彈。榮宗敬受到的沖擊自然也不小。1938年1月4日，榮宗敬負氣與長子榮鴻元離開上海，從水路啟程赴港。月余後的2月10日，榮宗敬腦溢血症複發醫治無效，在香港去世，終年65歲。
2月17日，國民政府頒發褒揚令："榮宗敬興辦實業，曆數十年，功效昭彰，民生利賴，此次日軍侵入淞滬，複能不受威脅，避地遠引，志節凜然，尤堪嘉尚。茲聞溘逝，悼惜殊深，應予明令褒揚，用昭激勵。"榮宗敬去世後，經過幾個月的過渡，申新總公司總經理的職務最終由榮鴻元繼承。
3月，榮宗敬的靈柩輪運回上海，兩天後安厝于陝西北路榮宗敬的住宅里（這處宅院坐落于陝西北路與南京西路交口，如今是星空衛視的辦公地）。榮宗敬的靈柩在滬停留了好幾年。直到1943年9月才扶柩回鄉，在無錫梅園公祭，安葬于太湖邊上的楊灣。梅園是榮氏兄弟從1912年起，曆時20年建成的一個公園，對公眾開放，是榮氏造福故里的業績之一，至今仍是無錫最重要的旅游景點之一。這塊墓地是由榮德生為其兄選定的，據說"乾山巽向，後枕全山面臨太湖，氣概雄渾，為不可多遇之地，與吾兄身份、事業亦相稱"。
從1938年到1941年間，榮氏在上海租界以外淪陷區的紗廠或被炮火所毀，或被日軍強占；但是租界內相對安全，而內地需要紗布"極為殷切"，所以在租界內繼續開工的紗廠"無不市利百倍"，那段時間成為上海棉紗業的高速發展期。
主營面粉業的"福新"系同樣在"孤島"時期迎來短暫的高速發展期。據上海社會科學院編著的《榮家企業史料》記載：以福新二、七廠為例，兩廠在1937年共虧損了32萬元法幣，1938年時已成功扭虧為盈，一年後盈利額已高達210萬元法幣（當時1元法幣約合0.29美元）。