1994年７月20日，日本《讀賣新聞》發表一篇文章，揭開了這個謎團：按朝鮮民族的習俗，自古以來就有為去世父母守孝三年的說法，以此體現子女的忠孝。在舉行葬禮時，喪主不發一言，是祖傳的規矩，所以，金正日在父親金日成的追悼會上只是沉痛默哀，不發一言，是遵循了這一習俗的。
中國也有類似的習俗，即"三年不改父之道"，是至孝。荀子在《禮論》中說，三年之喪必須"齊衰，苴杖，居廬，食粥，席薪，枕塊，為至痛飾也"。
實際上，從1994年７月８日金日成逝世那天起，金正日就已經成了朝鮮民主主義人民共和國當仁不讓的領袖，開始了金正日時代。只不過金正日因"有孝在身"，需素服三年，"家有殯，不巷歌"，未即就職。
直到1997年10月8日，金正日這才終于就職，正式就任那空缺了三年多的朝鮮勞動黨總書記之職。金正日還擔任了朝鮮國防委員會委員長。從此，金正日成為朝鮮黨和軍隊的最高領袖。但是，金正日並不兼任國家主席一職。
金正日作出了幾項重要決定：
取消國家主席職務，擁戴偉大領袖金日成同志為共和國永遠的主席。
朝鮮使用"主體年號"，以金日成的誕辰之年1912年為元年，同時決定將金日成主席的生日４月15日定為"太陽節"。
原最高人民會議常設會議改為常任委員會，政務院改為內閣。內閣總理代表朝鮮政府，洪成南任總理，常任委員會委員長代表國家接受外國使節遞交國書，金永南任常任委員會委員長。
那本《金正日時代的朝鮮》一書印著的出版年份為"主體89年"，也就是這麼來的。
在金正日擔任朝鮮勞動黨總書記之際，朝鮮開展了聲勢浩大的宣傳金正日運動。朝鮮在宣傳金正日的時候，反複強調的是金日成生前對于金正日的評價："金正日同志是文武兼備的真正的人民領導者"，"我對我國有金正日同志這樣的哲學家和理論家感到自豪"。
協助金正日主持軍隊工作的總政治局局長趙明錄次帥對于金正日的評價是四句話：金正日是朝鮮革命事業最忠誠的繼承者、久經考驗的社會主義政治的指導者、百戰百勝的鋼鐵元帥、真正的人民領導者。