蔣介石聞訊後，囑咐陳誠動員台灣所有的名醫，不惜一切代價來搶救傅斯年，並要陳誠每半個小時給他通一次電話，及時報告傅斯年的病情。蔣介石終止一切公務活動，守候在電話機旁邊，焦急地等待。晚上11點23分，傅斯年終于停止了呼吸。
傅斯年逝世的消息猶如晴空霹靂，使得整個台大都沉浸在悲痛之中。"參議會副議長"李萬居對外宣布：傅斯年校長于20日夜"棄世"了。結果這位議長的國語不太好，被一些記者聽成"氣死"了。消息馬上傳開，說傅校長是被郭國基"氣死"的。
郭國基平常以盛氣凌人著稱，傅斯年以"大炮"之名行世，深愛傅斯年的台大學生們深信此說不謬，于是第二天有二百多名學生打著"痛失良師"的旗幟，圍在"省參議會"門口，強烈要求郭國基出來解釋。郭國基見學生來勢洶洶，就偷偷地溜走了。陳雪屏等多方勸導說明，學生們還是要郭國基出面作答，最後台北市警察局局長親自出來維持秩序。這時天下起了磅礴大雨，學生們在雨中呼喚著他們心愛的校長的名字，誓要揪出"氣死"校長的罪魁禍首。直到台大訓導長趕到呈明真相，並答應學生這個問題由"議會"書面答複，悲傷的學生們
才一一散去。
傅斯年猝然棄世，在台灣引起了巨大反響，台大師生為了悼念校長，特意在第二天停課一天，並下半旗志哀。各院系學生主動列隊高舉"國失楨干"、"痛失良師"白布橫幅，前往極樂殯儀館瞻仰校長的遺容。遠在美國的胡適聞訊後說："有人攻擊我，傅斯年總是挺身而出，說：'你們不配罵胡適之。'
夜幕之下的傅園
傅鍾
在台灣——國學大師的1949
傅斯年歸骨于田橫之島
那意思是只有他才配罵。他也承認這一點。"從此，這個世界上胡適認為再沒有人有資格罵他了，這一點令胡適無比痛惜。
設在殯儀館的靈堂中懸掛著傅氏的遺像，靈案前放滿了各界悼念的鮮花。蔣介石親臨追悼會，各界要人絡繹不絕，都踏著泥濘的路來為傅斯年送行。台灣大學師生挽聯曰："早開風氣，是一代宗師，吾道非歟？浮海說三千弟子；忍看銘旌，正滿天云物，斯人去也，哀鴻況百萬蒼生。"
人們給予這位大氣磅礴的學人以高度評價，台大在校園內實驗植物園擇地專門建造了一座羅馬式紀念亭。亭中砌長方形墓一座，墓前立有無字碑。園中人們捐贈架設了一口紀念鍾，鍾上刻著傅斯年提出的台灣大學的校訓
"敦品、力學、愛國、愛人"八個大字。在傅斯年逝世一周年祭日時，他的骨灰被安葬在紀念亭內的墓鍾。從此傅斯年最後的安身之地被稱為"傅園"，那
口紀念鍾則被稱為"傅鍾"。每節上下課"傅鍾"都會響21聲，因為這位校長曾說過："一天只有21小時，剩下3小時是用來沉思的。"