第二，密折制度。什麼是密折呢？密就是機密；折就是將奏文寫在折疊的白紙上，外面加上封套。康熙朝有奏折，雍正朝密折制度加以完善。皇帝特許的官員才有資格上奏折。康熙朝具折奏事的官員100多人，雍正朝增加到1200多人。奏折的內容，幾乎無所不包，諸如刮風下雨、社會輿情、官場隱私、家庭秘事等。皇帝通過奏折可以直接同官員對話，更加了解和掌握下面的實際情況。奏折運轉處理程序，因“閣臣不得與聞”，而避開閣臣干預，特別是官員之間互相告密、互相監督，強化了皇帝專制權力。雍正朝現存滿、漢文奏折41600余件，是研究雍正朝曆史的重要檔案資料。
第三，設軍機處。雍正創設軍機處，作為輔助皇帝決策與行政的機構。地點在紫禁城隆宗門內北側。軍機大臣沒有定員，少則二人，多則九人。主要職掌：每日晉見皇帝，商承處理軍政要務，以面奉諭旨名義，對各部門、各地方發布指示；面奉諭旨，起草公文，由朝廷直接寄發，稱為“廷寄”，封函標明“某處某官開拆”字樣，由兵部捷報處發送；謄錄保存公文，就是將皇帝批閱的奏折，謄錄副本，稱為“錄副奏折”。這項制度使大量檔案得以保存。在清初，重要的軍政機構有三個：一是議政處，二是內閣，三是軍機處。議政處源自關外，主要由王公貴族組成，稱議政大臣，參畫機要。後設內三院，即後來的內閣。軍務歸議政處，政務歸內閣。議政處的權力逐漸減弱，到乾隆朝撤銷。內閣，仿明朝制度，逐漸排斥議政處于機務之外。而軍機處建立後，軍政要務歸軍機處，一般政務歸內閣。軍機處權力遠在內閣之上，大學士的權力為軍機大臣所分，逐漸排斥內閣于機務之外。大學士兼軍機大臣才有一定實權。內閣宰相，名存實亡。軍機處的建立，標志著皇權專制走向極端。明代內閣對皇權有一定的約束，如詔令由內閣草擬、經內閣下發，閣臣對詔令有權封駁。但是軍機處成立之後，排除了王公貴族，也排除了內閣大臣。軍機處的設立，使清朝皇帝乾綱獨斷——既不容皇帝大權旁落，也不許臣下阻撓旨意。
第四，改土歸流。在云、貴、粵、桂、川、湘、鄂等省少數民族地區，主要由世襲土司進行管轄。此前已有“改土歸流”的舉措，但雍正全面實行“改土歸流”制度，就是革除土司制度，在上述地區分別設立府、廳、州、縣，委派有任期的、非世襲的“流官”進行管理。這種管理體制，同內地大體一樣。雍正帝的改土歸流，打擊了土司的世襲特權和利益，減輕了西南少數民族的負擔和災難，促進了這一地區社會經濟與文化的進步。民族與邊疆問題，東北地區在努爾哈赤、皇太極時期已經解決；東南的台灣、北方的蒙古，到康熙時已經得到解決；西南的民族問題，雍正時已經解決；新疆和西藏，到乾隆朝得以解決。
第五，攤丁入地。中國過去土地和人丁分開納稅。康熙五十年（1711年）後，實行“盛世滋生人丁，永不加賦”，但此前出生的人丁還要繳納丁銀。雍正推行丁銀攤入地畝。這項賦役制度的重大改革，從法律上取消了人頭稅，減輕了貧窮無地者的負擔。就這一點來說，攤丁入地制度有一定的積極意義。但是，自“盛世滋生人丁，永不加賦”之後，特別是實行“攤丁入地”制度之後，社會人口，急劇增長。道光年間，人口之數，突破4億。
第六，廢除賤籍。賤籍就是不屬士、農、工、商的“賤民”，世代相傳，不得改變。他們不能讀書科舉，也不能做官。這種賤民主要有浙江惰民、陝西樂籍、北京樂戶、廣東疍（dan）戶等。在紹興的“惰民”，相傳是宋、元罪人後代。他們男的從事捕蛙、賣湯等；女的做媒婆、賣珠等活計，兼帶賣淫。這些人“丑穢不堪，辱賤已極”，人皆賤之。在陝西，明燕王朱棣起兵推翻其侄建文帝政權後，將堅決擁護建文帝的官員的妻女，罰入教坊司，充當官妓，身陷火坑，陪酒賣淫，受盡凌辱。安徽的伴當、世仆，其地位比樂戶、惰民更為悲慘。如果村里有兩姓，此姓全都是彼姓的伴當、世仆，有如奴隸，稍有不合，人人都可加以捶楚。廣東沿海、沿江一代，有疍戶，以船為家，捕魚為業，生活漂泊不定，不得上岸居住。江蘇蘇州府有丐戶，也為賤民。雍正對曆史上遺留下來的樂戶、惰民、丐戶、世仆、伴當、疍戶等，命令除籍，開豁為民，編入正戶。
雍正皇帝作為一代政治家，他留給後人的曆史遺產，還有兩點值得特別提出：一是勤政，二是選儲。
勤政，是雍正區別于其他帝王的一個顯著特征。縱觀中國曆史上的皇帝，像雍正那樣勤政者，前無古人，後無來者。他在位期間，自詡“以勤先天下”，不巡幸，不游獵，日理政事，終年不息。僅以朱批奏折而言，雍正朝現存漢文奏折35000余件、滿文奏折6600余件，共有41600余件，他在位12年零8個月，實際約4247天，平均每天批閱奏折約10件，多在夜間，親筆朱批，不假手于他人，有的奏折上的批語竟有1000多字。
選儲，是雍正留給清代的一份重要曆史文化遺產，就是建立秘密立儲制度。清朝皇帝的繼承人問題，康熙以前沒有制度化。清太祖死後，因皇位繼承演出大妃生殉的悲劇，害得多爾袞從小失去母親；清太宗死後，尚未入殮，幾乎演出兵戎相見的慘劇；清世祖死後，倉促讓一位8歲的孩童繼位，大清出現一位英明的君主實屬幸運；清聖祖死前儲位未定，演出了雍正兄弟骨肉相殘的鬧劇。大清皇朝，是家天下，用什麼辦法在家族內確立接班人，是清朝建立100多年所沒有解決的問題。用嫡長制？雖可以避免兄弟之爭，但不能保證選優。明亡教訓，已有前車之鑒。用太子制？康熙帝失敗的教訓，雍正已經親曆切膚之痛。怎麼辦？雍正想出一個辦法，既預立皇位繼承人，又不公開宣布，這就是秘密立儲。即將傳位詔書置密封錦匣中預先收藏于乾清宮“正大光明”匾後。這是建儲制度的一項重大創革。其積極的方面是，既有利于在皇子中選優，又避免皇子們爭奪儲位，相對地保證了皇位繼承的平穩過渡。