同治有一後三妃，其中皇後的人選：慈安皇太後喜歡侍講崇綺的女兒阿魯特氏，慈禧皇太後則喜歡員外郎鳳秀的女兒富察氏。兩宮太後，意見不一，要同治自選。同治選定蒙古正藍旗崇綺的女兒阿魯特氏。于是奉兩宮皇太後懿旨，同治十一年（1872年）九月，冊立阿魯特氏為皇後，同治17歲，皇後19歲。又冊富察氏為慧妃。
皇後的祖父為大學士、軍機大臣賽尚阿，外祖父是鄭親王端華。皇後的父親崇綺，是有清一代惟一的“蒙古狀元”，是有清一代滿洲、蒙古以漢文獲翰林院編修的第一人。滿蒙士林，以其為榮。同治九年（1870年），選侍講，後充日講起居注官，再調盛京將軍。義和團事起，崇綺同朝廷勳貴多人信仰，事敗之後，隨榮祿走保定，住居蓮池書院，自縊而死。崇綺妻，瓜爾佳氏，在京師陷落時，闔門死難。《清史稿·崇綺傳附崇綺妻傳》記載：“崇綺妻，瓜爾佳氏，先于京師陷時，預掘深坑，率子、散秩大臣葆初及孫員外郎廉定，筆帖式廉容、廉密，監生廉宏，分別男女，入坑坐瘞(yi)，闔門死難。”
皇後出身于官宦名門、詩書大家，自幼習書達禮，性格耿爽，不善阿諛。據記載，皇後阿魯特氏“雍容端雅”，“美而有德”，且文才好。皇後幼年在家，崇綺親自授課，讀書聰穎，十行俱下，“後幼讀書，知大義，端靜婉肅，內外稱賢。及正位六宮，每聞諫阻，自奉儉約，時手一編”。她被冊為皇後，同治帝很喜愛她，也很敬重她，據說不久懷有身孕。慈禧皇太後不喜歡這個皇後兒媳婦，常找碴兒難為這位小皇後。慈禧不許她與同治皇帝同房，而要同治對慧妃好。同治帝不敢違抗，但他不喜歡慧妃，只好賭氣獨宿養心殿，生活寂寞寡歡。因為慈禧處處刁難，皇後日子過得很不舒心。同治病重，皇後護侍，也遭到慈禧的訶責。《我的前半生》記載：同治病重，皇後前去養心殿探視，二人說了些私房話，被慈禧皇太後知道。慈禧怒不可遏，闖入暖閣，“牽後發以出，且痛抶(chi)之”，並叫來太監備大杖伺候。據說皇後情急之下說了句：“媳婦是從大清門抬進來的，請太後留媳婦的體面！”慈禧一直以側居西宮為遺憾，也為咸豐臨終前沒有冊封自己為皇後而不滿。慈禧動怒，同治被嚇暈，病情加重。慈禧見狀，才未對皇後動刑。
同治之死，慈禧將責任栽到皇後頭上。皇後阿魯特氏見同治皇帝死，大慟大悲，不思飲食，吞金自殺，獲救得生。皇後之父崇綺，奏告慈禧皇太後。皇太後回答：“可隨大行皇帝去罷！”皇帝死了，尚未入葬，稱大行皇帝，就是說可以隨夫殉死。崇綺將此話告訴女兒。而且慈禧不為同治立嗣，卻讓同治堂弟兼姨表弟載?(tian)繼承皇位，實際上是不為皇後留余地。皇後只有自盡一條路可走。光緒元年（1875年）二月，同治帝死後75天，皇後阿魯特氏“遽爾崩逝”，年二十二。野史或謂：皇後阿魯特氏懷孕，慈禧恐其生男孩，將來纘(zuǎn)承大統，自己不能垂簾聽政，故逼其死。
同治生活放縱，同家庭關系不和諧有關。據說：同治既近女色，或著微服冶游。有人給他進“小說淫詞，秘戲圖冊，帝益沉迷”。他常到崇文門外的酒肆、戲館、花巷。野史記載：“伶人小六如、春眉，娼小鳳輩，皆邀幸。”又記載同治寵幸太監杜之錫及其姐：“有奄杜之錫者，狀若少女，帝幸之。之錫有姊，固金魚池娼也。更引帝與之狎。由是溺于色，漸致忘返。”據記載：醇親王奕曾經泣諫其微服出行，同治質問從哪里聽來的？醇親王怫然語塞。又召恭親王奕，問微行一事是聽何人所言？答：“臣子載?！蓖撾⑿校蟹醒镅錚炔荒芮嶁潘燈漵校膊荒芏先凰燈湮蓿?/P>
同治十三年（1874年）十二月初五日，同治帝崩于皇宮養心殿。同治之死，傳說頗多，主要有死于天花、死于梅毒、死于天花和梅毒三說。
主同治死于天花說。主要是根據曆史檔案和翁同龢日記。翁的日記記載：同治于十月“二十一日，西苑著涼，今日（三十日）發疹”。十一月初二日，“聞傳蟒袍補褂，聖躬有天花之喜”。又記載：“昨日治疹，申刻，始定天花也。”初九日，召見禦前大臣時，“氣色皆盛，頭面皆灌漿泡飽滿”。上諭云：“朕于本月遇有天花之喜，經?淄醯群洗視跚刖殘牡魃恪痹圃啤＞д哐芯殼騫芬槳浮鍛蛩暌┯靡┑撞盡泛筧銜和蔚巰禱繼旎ǘ饋Ｔ諭蔚昧頌旎ㄒ院螅焦疾∏橛胍┓劍紀沃∥疤旎ㄖ病薄４褥篝呶奈浯蟪級醞沃。皇腔匱扒笮亂揭┖托鋁品ǎ且勒兆嬪洗碌墓婢兀詮諭飩小肮┧投簧瘛鋇幕疃辭搿岸簧衲錟鎩比牖使牡罟┓睢９謖毆儀昂炝豕蟪濟巧澩┗ㄒ攏湊鍘扒叭笏摹鋇乃搗ǎ?天花衣。同治的“花衣期”延長為“前五後七”，就是可望12天度過危險期。慈禧、慈安兩宮太後，還親自到景山壽皇殿行禮，祈求祖先神靈賜福。內務府行文禮部，諸天眾聖，皆加封賞。一身瘡痍的同治，在皇宮求神祭祖的喧囂中離開了人世。他死在養心殿，這里恰是他的祖先順治被天花奪去性命的寢殿。《崇陵傳信錄》記載：“惠陵上仙，實系患痘，外傳花柳毒者非也！”近年專家們發現了禦醫給同治看病的《脈案》。醫學史專家對相關檔案進行了認真分析，結論是：同治皇帝死于天花。