這時朝臣不滿之聲鵲起。禦史朱一新奏稱：“我朝家法，嚴馭宦寺。世祖宮中立鐵牌，更億萬年，昭為法守。聖母垂簾，安得海假采辦出京，立置重典。”奏折批評派李蓮英隨醇親王視察海軍。還有人說，李蓮英妄自尊大，結交地方，收受賄賂。實際情況如何呢？清代文人、著名維新派人士王小航說：醇親王離開京城以後，每次接見文武官員，都讓李蓮英作陪。他的本意在避免攬權之嫌，以李蓮英為他佐證。而李蓮英一直記著安得海的教訓，每夜不住淮軍為他准備的華麗行館，只隨醇親王起居。醇親王見客，李蓮英穿著樸實，侍立裝煙、點煙，退歸私堂，不見外客，日夜安靜，一無所擾。當時直隸、山東的一些地方官員，想巴結這位太後身邊的大太監，但都大失所望。慈禧看了朱一新的奏折，找醇親王問明情況後，命將朱一新降級。
李蓮英在慈禧與光緒之間采取什麼態度呢？有人說他完全站在太後一邊，反對變法，陷害光緒。也有人說李蓮英生性圓滑，兩面討好，不但慈禧太後喜歡他，光緒皇帝因為從小就受到李蓮英的看護，也喜歡他，叫他“諳達”（師傅），還誇他“忠心事主”。王小航曾講述一個故事：庚子年八國聯軍侵入北京，慈禧率光緒和王公大臣出逃，第二年回京在保定駐蹕。慈禧臨時寢宮被褥鋪陳潔淨華美，李蓮英住得也不錯，而光緒皇帝如何呢？李蓮英侍候慈禧太後睡下後，前來光緒住處探望，見光緒在燈前孤坐，無一太監值班。李蓮英一看，十分驚訝：光緒皇帝竟然沒有鋪蓋。時值隆冬季節，天寒地凍，無法入睡。李蓮英立即跪下，抱著光緒的腿痛哭說：“奴才們罪該萬死！”並且親自把自己住處被褥抱過來供奉給光緒帝使用。光緒回到北京以後，回憶西逃的苦楚時曾說：“若無李諳達，我活不到今天。”
光緒皇帝和慈禧太後死後，李蓮英辦理完喪事，于宣統元年（1909年）二月初二日，離開了生活51年的皇宮。隆裕太後准其“原品休致”，就是帶原薪每月60兩白銀退休。李蓮英死于宣統三年（1911年），終年64歲。李蓮英死後，得到清廷祭奠銀1000兩。北京恩濟莊太監墓地修造了一座豪華的李蓮英墓，“文革”時被毀，現在只有李蓮英墓志銘的拓片保留下來。
家庭生活悲劇
光緒皇帝生命的第四個時期是10年“囚帝”的生活。這10年他過得太苦了。國家發生不幸：八國聯軍侵入北京，簽訂《辛丑條約》；個人也發生不幸：大清國的皇帝居然做了“囚帝”。可以說，光緒皇帝的一生，政治生活是悲劇，家庭生活也是悲劇。
在光緒家庭生活中，除了他的生母之外，影響他最大的3個女人是：慈禧太後、隆裕皇後和珍妃。慈禧既是光緒的恩人、親人，又是光緒的仇人、敵人。據瞿鴻（jī）《聖德記略》載述，慈禧對光緒也有怨氣：“外間疑我母子不如初年。試思皇帝入承大統，本我親侄；以外家言，又我親妹之子，我豈有不愛憐者？皇帝抱入宮時才四歲，氣體不充實，臍間常流濕不干，我每日親與滌拭。”所以，光緒不聽話，搞變法維新，慈禧既痛又氣。光緒同慈禧的關系，貫穿在整個光緒一生中，不單獨講述；光緒同隆裕皇後和珍妃的關系，本節略作介紹。
光緒帝有一後、二妃，沒有子女。這在清朝皇帝中是獨特的（宣統6歲遜位另當別論）。
光緒十五年（1889年）正月二十日，19歲的光緒皇帝舉行大婚典禮。光緒的一位皇後和兩位妃子都是慈禧做主選的。
光緒的皇後葉赫那拉氏，是慈禧親弟都統桂祥的女兒，就是隆裕皇後。隆裕皇後長得不漂亮，既瘦弱，又駝背。這門親事是慈禧皇太後懿旨給定的，光緒雖不滿意，卻也無奈。皇後葉赫那拉氏與光緒皇帝的婚姻，完全是政治婚姻。慈禧將自己侄女嫁給自己外甥，目的就是在宮闈椒房，探悉皇帝的內情，控制和操縱皇帝，並為爾後母族秉政、太後垂簾聽政做鋪墊瑾妃像。光緒皇帝同皇後葉赫那拉氏大婚後，情不投，意不合，始終是一門不美滿的婚姻。光緒死後，宣統繼位，上光緒皇後徽號為“隆裕”，是為隆裕皇太後。隆裕皇太後在民國二年（1913年）正月十七日，死于太極殿。
光緒有兩位妃子，一位是瑾妃，另一位是珍妃，二人是親姐妹，他他拉氏，但相貌和性格卻大不相同。瑾妃相貌一般，性格柔和脆弱。後因其妹珍妃忤慈禧皇太後，被降為貴人。宣統時，尊為瑾貴妃，民國十三年（1924年）死。
珍妃，初為珍嬪，晉珍妃。在影視作品中的珍妃，聰慧明敏，嫵媚豔麗，機敏多情，非常感人。藝術作品把珍妃理想化，甚至于說她幫助光緒推行戊戌變法。其實，珍妃不像影視作品中那麼漂亮，而且略胖，有照片為證。光緒十四年（1888年）十月，年僅13歲的珍妃與其姐瑾妃，同時被選為嬪。次年二月，姐妹二人一起入宮。光緒二十年（1894年），慈禧皇太後60大壽，宮外雖然硝煙彌漫，宮內卻是歌舞升平。在這喜慶之年，宮里的人，該賞的賞，該升的升。瑾嬪與珍嬪，沾了喜氣，同時晉封：姐姐為瑾妃，妹妹為珍妃。珍妃這年剛滿19歲，是花樣的年華。珍妃年輕熱情，性格活潑，博得光緒帝的寵愛。而正宮隆裕皇後葉赫那拉氏，卻引不起皇帝的情趣，甚而產生厭煩。皇後與珍妃，宮闈之內，漸起情波。隆裕皇後因失寵而生妒忌，又因妒忌而生怨恨。她利用自己統攝六宮的地位與慈禧姑侄的身份，“頻頻短之于慈禧”，向姑母、慈禧太後告珍妃的狀。珍妃的入宮，她對光緒的同情和體貼，激起了光緒對生活的熱情。大婚後的數年間，光緒與珍妃共度了一段愉悅的時光。而這正是慈禧和皇後所不願意看到的。皇後葉赫那拉氏經過長時間觀察、了解，終于抓到珍妃的把柄。據《西太後遺事》記載：裕寬謀求福州將軍一職，先請托于太監李蓮英，因李蓮英索銀多，又以與珍妃娘家親近關系，“乃輦金獻之珍妃，俾伺便言之上前”。這件事被李蓮英的耳目探得，于是引起一場風波。