"葦蓑猶泊釣，林斧不聞樵"等句描寫清兵大屠殺後的慘景。查繼佐曾寫道：清兵陷嘉興時，"城中被屠，郭外數十里無人跡至者".朱彝尊的"夏墓蕩"一詩，描寫了夏墓蕩在清兵燒殺虜掠數月後，仍然是"飛遍蘆花不見人"的慘景。上述"葦蓑"兩句詩就是借柳宗元的《江雪》所描寫的酷寒死寂景象來形容清兵大屠殺後的慘象。"霞城隱赤標"句中的霞城即赤城山，在浙江天台縣。詩中描寫的蘆葦又是江浙一帶的常見植物。因此詩中描寫的可能就是"嘉定屠城"、"揚州十日"慘劇後的景象。
"深院驚寒雀，空山泣老鴞"形容清朝統治下的白色恐怖。
"寂寞對台榭，清貧懷簞瓢"是激勵人們窮且益堅，不墜救國之志。
又如"中秋夜大觀園即景聯句"，可分為三個部分：第一部分從開始到"更殘樂已諼"，描寫中秋夜的歡樂景象，暗喻清兵入侵前人民的安樂生活。第二部分從"漸聞語笑寂，空剩雪霜痕"開始，描寫深夜雪霜降臨後的情景，暗寓清兵入侵後的淒涼恐怖景象。其中"簫增嫠婦泣"、"啼谷一聲猿"等句，用以形容清兵燒殺擄掠後的慘景。第三部分從"鍾鳴櫳翠寺，雞唱稻香村"開始，告慰人們黑夜即將過去，不要過分悲傷（"有興悲何極"），要以樂觀的姿態度過最後的黑暗時刻，迎接燦爛明天的到來（"徹旦休云倦，烹茶更細論"）。
還有"詠蟹詩"：蟹系青色，隱"清"字。"螯封嫩玉雙雙滿"隱"滿"字。"卿八足"映射"清八旗"，因此螃蟹隱喻滿洲貴族。"橫行公子竟無腸"等句就是抨擊滿洲貴族的殘暴野蠻了。
另外據脂批透露，對《石頭記》進行"披閱增刪"開始于1744年，亦即明亡一百年，這又可能是巧合。第一回有一脂批曰："武侯之三分，武穆之二帝，二賢之恨，及今不盡，況今之草芥乎？"這一批語就反映了當時亡國之痛還沒有被遺忘。也許《紅樓夢》真就是一部吊明反清的作品，一部明亡百年祭了。
明珠家事說
後來又出現了一種新的說法，即明珠家事說。
最早記載這件事的大概是趙烈文的《能靜居筆記》：
曹雪芹《紅樓夢》，高廟（按指乾隆）末年，和（和珅）以呈上，然不知其所指。高廟閱而然之，曰：'此蓋為明珠家事作也。'後遂以此書為珠遺事。
也就是說，乾隆看了《紅樓夢》，就說書中寫的是康熙朝的大學士明珠的家事。而其中的賈寶玉應該就是明珠的兒子、著名的詩人納蘭性德。
支持這種說法的，首先應當是納蘭性德所具備的家庭背景。
納蘭性德，字容若，生于1654年，與康熙同歲。他的父親明珠，辯若懸河，兼通漢滿語言文字，在平定三藩之中因贊襄軍政之力為康熙皇帝所賞識，後位至大學士。但明珠其人，操守很是一般，他的家里可謂是金玉山積，正是一幅連府通街的世家氣象。