劉錫彤取得了小白菜口供，真是樂得合不攏嘴，立即傳訊楊乃武。楊家人聽說葛品連被人毒死，正在詫異，縣里來傳，便隨差人前去。楊乃武一到，劉錫彤便審問，叫他供出如何用毒藥毒死葛品連。楊乃武怒斥劉錫彤憑空誣陷，劉出示了小白菜的口供，楊乃武堅決否認此事。因為楊是新科舉人，按律規定，必須先革功名才能用刑。十二日，劉錫彤即申請上司將楊乃武的功名革去。不等上面的批文下來，第二次審問時便立即動刑，一連審了數次，夾棍、火磚等刑都使用過了，楊乃武堅決不肯讓劉錫彤得逞。楊的堂弟楊恭治與詹氏的弟弟詹善政聞知後，以楊乃武初五日正在南鄉岳父家里除靈為由赴縣衙為楊乃武辯白。劉錫彤提案質訊，小白菜畏刑，仍然照前供說。劉錫彤認為案情已查明，便將情況詳報上司。
劉錫彤自恃與現任知府陳魯關系密切，認為上司批准即可定罪。陳魯翻閱原供，見楊乃武並未承認，就命令把全案人犯案卷解府複審。十月二十日，楊乃武和小白菜、沈喻氏、喻王氏、詹氏以及其他有關人證都被解送到杭州。劉錫彤親自到杭州打點，解送杭州的原供都作了篡改。死者口鼻流血改為七竅流血；銀針未用皂角水擦洗改為已用皂角水擦洗；初五日給小白菜毒藥改為初三日。陳魯是軍功出身，看不起讀書人。他早聽說楊乃武慣作謗詩，毀謗官府，認為楊乃武是個不守本分的人；倉前鎮糧戶鬧糧的事，也知道是楊乃武為首，又有劉錫彤先入之言，所以此案一解到府，即不容楊申辯，第一次審問便用刑逼供。小白菜因有供在先，不敢翻供。愚昧荒唐的沈喻氏聽小白菜誣供毒藥是楊乃武所給，竟然也改供說在葛品連死時，見死得可疑，即盤問小白菜，小白菜說是楊乃武叫她下毒的。陳魯並不追問沈喻氏，卻用嚴刑逼問楊乃武，跪釘板、跪火磚、上夾棍，幾次昏死過去。一連幾堂，楊乃武熬刑不過，只得誣服，亂供曾到小白菜家給她毒藥。陳魯又問毒藥從何而來，楊乃武說是前次到杭州回余杭路過倉前鎮，花了40文錢買了一包砒霜，說是毒老鼠的。問他在哪個店里賣的，店主叫什麼，楊乃武說在愛仁堂藥鋪，店主叫錢寶生。陳魯取得楊口供後，不傳錢寶生對質，卻叫劉錫彤于二十七日轉回余杭傳訊錢寶生，訊問他賣毒藥經過。
錢寶生到縣衙，劉錫彤問他賣砒霜經過，錢寶生說這個月並沒有看見過楊乃武到倉前，更沒有賣過砒霜，愛仁堂是個小藥鋪，從來不進砒霜。劉錫彤一再威逼利誘，錢寶生還是堅決否認此事，並說他的名字叫錢坦，從來沒用過錢寶生這個名字。錢寶生的弟弟錢塏聽說哥哥被捉到縣衙，趕來打聽內情，設法營救。他知道陳湖與劉錫彤很熟，就去懇求陳湖說情。陳湖私下里對錢塏說楊乃武供詞中是買砒霜毒老鼠的。賣砒霜的藥鋪並不知道是毒人，所以承認下來，也沒有什麼罪，至多是杖責，不承認，反而有罪。如果承認，馬上可以請縣衙給一張無干的諭帖，這樣就不會有拖累了。于是錢塏勸錢寶生承認。錢寶生聽他們這樣一說，就答應了，當即在門房里出了一張賣砒霜的甘結（舊時交給官府的一種畫押字據）。陳湖拿了甘結進去見劉錫彤，劉見取得了甘結，所以就給了錢寶生無干的諭帖。劉錫彤騙到了錢寶生的賣砒霜甘結後，即日趕到杭州府。陳魯即根據供詞及甘結定案，按律擬罪：葛畢氏凌遲處死，楊乃武斬立決。