過了幾年，太宗為晉王時的舊僚揭發秦王廷美陰謀造反。太宗將信將疑，就問趙普的看法。這給了趙普表白的機會。關于秦王廷美，趙普說了些什麼，不得而知。但這次趙普趁機說自己為權奸（當然是指盧多遜了）所害，並詳細說起杜太後的金匱之盟以及自己的上表等事。這下，太宗感覺到趙普原來是自己的大忠臣，于是對趙普加官晉爵。但不多久，太宗君臣都意識到了金匱之盟所存在的隱患。趙普提醒太宗不可一誤再誤的話一出口，就已經決定了廷美的結局。
沒多久，趙普就查到了盧多遜私遣堂吏交通廷美之事。趙普毫不客氣地捅給皇帝，說盧多遜盼太宗早日晏駕，就好盡力侍奉廷美，廷美表示滿意，還送盧多遜弓箭等物。太宗大怒，借題發揮，嚴懲盧多遜及其同黨。大臣王溥等74人聯名上奏盧多遜及廷美怨望詛咒，大逆不道，宜正刑章。盧多遜被削奪官爵，其同黨不少被處死；廷美勒歸私第，其兒女不再稱皇子皇女。
趙普借盧多遜交通秦王案，既打擊了政敵盧多遜，又討好了太宗，一箭雙雕。但廷美的悲慘命運還沒到頭。趙普更進一步，他挑唆開封知府李符落井下石，上言說廷美不思改過，反多怨望。于是，廷美被降為涪陵縣公，安置到房州。太宗命人嚴加監管。廷美氣憤難平，兩年後便死在房州，年僅38歲。順便提及的是，李符並沒有得到什麼好處。趙普怕他泄漏秘密，後來找了一個別的茬兒，將他貶到地方做了一個小官。
廷美死後，太宗對外稱廷美乃是乳母陳國夫人耿氏的兒子，並非杜太後所生，這樣就徹底地將廷美排除在皇位繼承系統之外。當時，杜太後早已去世，太宗兄弟也只剩下他一人，太宗所言無人能夠反駁。因此，廷美到底是誰的兒子，恐怕也只有太宗自己最清楚了。
經過上述種種手段，太宗終于清除了將皇位傳給兒子的障礙。不過，太宗對皇位繼承人的挑選卻並非一帆風順，也頗多曲折。
太宗長子元佐自幼聰明機警，長得又像太宗，頗為太宗喜歡。元佐有武藝，善騎射，還曾經隨太宗出征過太原、幽薊。
太宗迫害廷美時，元佐頗為不滿，力加營救，請免其罪，但未能成功。後廷美死于房州，元佐得知此事，悲憤成疾，竟然發狂。左右仆從若有小錯，元佐即以刀棒傷人。太宗命太醫治理，才稍有好轉。
然而，雍熙二年（985）重陽節，太宗召集幾個兒子在宮苑中設宴飲酒作樂，因元佐病未痊愈，就沒有派人請他。散宴後，陳王元佑去看望元佐。元佐得知設宴一事，說：“汝等與至尊宴射，而我不預焉，是為君父所棄也。”忿氣難平，一個勁喝酒。到了半夜，索性放了一把火焚燒宮院。一時間，殿閣亭台，煙霧滾滾，火光沖天。太宗得知後，猜想可能是元佐所為，便命人查問，元佐具實以對。太宗怒不可遏，欲絕父子之情。眾人營救不得，元佐被廢為庶人。有人說元佐是在裝狂，以表示對父親的不滿和對皇位的拒絕。
太宗去世後，其妻李皇後曾打算立元佐為帝，但元佐並不知情，所以未受牽連。元佐的同母弟真宗即位後對元佐很好，努力幫他治病，只是元佐在其弟做了皇帝後，終身未見他。元佐死于仁宗天聖五年（1027），享年62歲。在真宗即位後，元佐竟能安享富貴達30年之久，真是幸運。
在元佐焚宮這件事中，有一特殊人物，即陳王元佑。宴會後，元佑去元佐府中，不知說了什麼竟惹得元佐縱火焚宮，而後太宗認為元佐宮中起火並非偶然，決意廢元佐為庶人，元佑是否對太宗說過什麼，也難以查明。雍熙三年七月，元佑改名元僖，並封開封尹兼侍中，成了准皇儲。
同年，雍熙北伐失利。趙普上《諫雍熙北伐》奏疏，頗得太宗嘉賞。後來，元僖也上疏論及伐遼之事，為太宗采納。太宗、元僖和趙普在處理對遼事宜方面有了很多的共識。元僖見太宗優待趙普，便與趙普交好，更是上疏建議太宗重新任用趙普為相。端拱元年（988），趙普第三次為相，威權一時又振。竭力支持和拉攏趙普的陳王元僖也晉封許王，更加鞏固了皇儲地位。趙普罷相後，元僖又與另一位宰相呂蒙正關系密切。
然而，事不如人願。淳化三年（992）十一月，元僖早朝回府，便覺得身體不適，不久便去世了。太宗極為悲傷，罷朝五日，贈皇太子，並寫下《思亡子詩》。元僖之死，據傳是其侍妾張氏下毒所致。元僖不喜正妻李氏，寵愛張氏。張氏欲下毒毒殺李夫人，但誤毒死元僖。張氏恃寵驕橫，對奴婢稍不如意即予以重罰，甚至有棰死者，但元僖並不知情。張氏又逾越制度葬其父母。太宗後來探知其事，大怒，遣使按問。張氏自縊身亡，左右親吏都被處罰，其父母墳墓亦被毀去。太宗又下詔停止元僖的追贈儀式，降低其葬禮的規格。元僖本得太宗喜愛，又與宰相交好，朝中還有不少大臣建議立他為太子，本是春風得意之時，卻死于非命，而死後又被太宗所厭，實是可歎。
元佐被廢，元僖暴死，儲位空缺，馮拯等人上疏請早立太子。這是個敏感問題，太宗正為此心煩，便將馮拯等人貶到嶺南。自此以後沒有人敢議論繼承問題。不過，太宗本人被箭傷所擾，也知該早立儲君，便就此私下詢問寇准。在寇准的支持下，襄王元侃被立為太子，改名恒。
太宗冊立太子，大赦天下，京師之人見到太子都歡呼道：“真社稷之主也！”太宗得知後很不高興，馬上召寇准說：“四海心屬太子，欲置我何地也？”皇帝尚在世，太子如此深得人心，自然為皇帝所忌，有哪個皇帝不想權力為自己所操控呢？況且早在安史之亂中，太子李亨太宗像
遙拜唐玄宗為太上皇而自立為帝，尤其是五代以來，子侄逼宮之事更是史不絕書，因此，太宗心中自然不痛快。幸得寇准說：“陛下擇所以付神器者，顧得社稷之主，乃萬世之福也。”太宗聽後才消氣，請寇准喝酒，大醉方罷。
隨著病情加重，太宗又開始設法保住太子皇位。在此情況下，大臣呂端被推到了風浪之顛。呂端為相時已61歲，擔任宰相前，他在地方和中央都做過官。呂端為人穩重、鎮靜，又信奉黃老思想，這與太宗晚年所持清靜無為的政治信仰相符合，因此，呂端頗得太宗賞識。據說在重用呂端之前，太宗曾寫過《釣魚詩》，詩云：“欲餌金鉤深未達，磻溪須問釣魚人。”這是太宗以周文王自詡，而將呂端比做姜太公。當時，曾有人反對用呂端為相，說他為人糊塗，太宗說：“呂端小事糊塗，大事不糊塗。”呂端果然不負所托。至道三年（997）三月，太宗駕崩，李皇後與宦官王繼恩等人企圖撇開太子趙恒，另立元佐為帝，幸得呂端處置得當，才得以保證趙恒登基為帝，便是後來的真宗。太宗的去世，標志著宋朝開創局面的結束，守成時代的到來。