他們把以前湖濱中學程式設計小組的成員征募了過來，作為微軟的第一批成員。
開始時，蓋茨與艾倫的合伙關系雖然是平分的，但不久，蓋茨就討價還價，將比率變成四六分。蓋茨得六。蓋茨對此並不覺得愧疚，他的理由是：除了轉包的工作以外，艾倫還領MITS的薪水。以微軟的員工身份，蓋茨工作的收入只限于著作權的權利金。多年來，蓋茨逐漸脫手持股，如今他擁有該公司約22%的股份權。
雖然微軟初建成立，但蓋茨和艾倫一直在MITS兼職，在等到Basic被廣大接受之前，他們是不會離開羅伯茨的。微軟創立伊始，與MIST的關系十分模糊。確切的說，微軟是寄生于MITS。
1975年7月下旬，微軟與羅伯茨簽署了協議：允許MITS在全球范圍內使用和轉讓Basic語言及源代碼，包括第三方。蓋茨協議，微軟最多可獲利18萬美元。
按照此合約，MITS必須盡"最大努力"銷售微軟的BASIC程式語言，而不是由微軟直接向客戶銷售該軟體。但羅伯茨一方面希望該語言為自己的機器所專用，另一方面他也有自己的理由：他覺得蓋茨和艾倫在寫出BASCI後，並未對該語言進行進一步改進，也沒有調試出什麼毛病。而MIST需要請一大批程序員做這些事情。再加上當時社會上到處充斥著盜拷的程式語言。于是羅伯茨放棄了對BASIC的銷售。這激起了蓋茨的憤怒。這時的微軟已在與MITS交易中初戰告捷。積累了一部分資金，羽翼漸豐。況且那兩個野心勃勃的青年人是不會甘作人家的附庸的。蓋茨早就想脫離與MITS的關系了。【1】
【1】智慧評析：毛澤東曾說過，書生難成大事，因為他們多謀寡斷。果斷是成功的必備要素。世間的事情紛繁複雜，會遇到來自各方面的干擾，這就需要有當機立斷的魄力。優柔寡斷、畏懼不前是做不成大事的。在競爭激烈、對手如云的商戰中，蓋茨憑借他果斷的作風，贏得了一場又一場的勝利。
蓋茨把情況告訴他父親，希望得到法律上的解決。做律師的父親叫比爾盡管放心，如果他為收回BASIC語言的權利而訴訟，他可望打贏這場官司。老比爾幫他兒子在坎部里奇找到一位律師。
可就在1976年底，MITS內部出現了風波。1977年羅伯茨將MITS買給了Perterc公司。Perterc要把軟件作為交易的一部分。
蓋茨與艾倫同意讓控告Perterc的訴訟交付仲裁，因為他們以為這種方式比審訊和可能的上訴過程來得迅速。可是仲裁的過程象蝸牛爬行一樣慢。剛起步的公司根本經不起這種折騰。
"他們企圖把我們給餓死。我們甚至付不起律師費。他們試著要和我們和解，我們幾乎就范，事情到了那麼糟的地步。仲裁花了九個月才發布它那該死的裁決。不過，等到一切都結束，仲裁者把他們給扯裂了，為他們所作所為付出代價。"
蓋茨在父親的朋友的幫助下僥幸贏得了這場官司。如果當時輸掉了這場官司，蓋茨不得不從頭再來，那樣微軟的曆史將會改寫。多年以後，艾倫回憶到當時的情景，仍不免歎道："這場官司讓人心有余悸，如果我們輸了。我們就得從頭再來，比爾讓他老爸出點子，我們一直如坐針氈。但這以後，微軟再也沒有借過錢。"
仲裁對于Perterc和艾德o羅伯茨來說是非常嚴厲的。但這並不能說法院有偏心，因為他們並未尊重原先的協議。他們的行為是"商業海盜行為的終極案例"。
但艾德o羅伯茨堅決聲稱，他的公司是BASIC合法的所有人，因為是他們出資發展這種語言的。
多年一後，艾德o羅伯茨談起此事時仍是忿忿不平，他覺得自己被人捉弄了。因為MITS已經付足了20萬美元，應該取得這批軟件的所有權。"真是倒黴，這個裁決完全是錯誤的。"
當年他非常懊悔地說："我很天真。現在聽起來像是自我辯護。但我真的很注意不占那小子的便宜。比爾那時候只有十九歲，艾倫只比他大兩歲，但後來事實證明他們比我還老練得多——比爾當然不用說。保羅是絕對正直的家伙。"