胡亥的殺戮
趙高得勢後，便想起蒙毅曾經判過自己死刑，可以說是深仇大恨，便說動胡亥誅殺蒙恬和蒙毅。胡亥對趙高言聽計從，下詔處死蒙恬和蒙毅。後來，趙高又讓胡亥殺了右丞相馮去疾，將軍馮劫，秦朝的幾根棟梁，都讓胡亥伐倒了。
殺完了蒙氏，趙高還不過癮，對胡亥說，陛下剛即位，急須大振威力。要立威，就必須制定嚴酷、苛刻的刑法，使那些有罪的人彼此連坐，直至株連九族。再采取賤者貴之，貧者富之，遠者近之的辦法，換上一批親信，這樣，既可除去先帝的那些舊臣，又可安置陛下所親信的人，誰不感恩戴德，忠于陛下呢？這樣國家就安定了，陛下也可以高枕無憂了。胡亥的天下原本就是偷來的，做賊心虛，害怕諸公子與他爭位，決定一不做二不休，殺個乾淨。只剩下自己一人是先皇的骨肉，就不會有人來搶帝位了。
于是在趙高的羅織誣陷下，胡亥連興大獄。趙高將公子十二人、十人，舊臣近侍若干人一起拘捕，在嚴刑拷打之下，全部問成謀逆重罪。結果，公子十二人戮死在咸陽，公主十人則在杜郵被肢解，所有財物抄沒入官，被株連者不可勝數。
公子將閭等兄弟三人，是胡亥的同母兄弟，以為哥哥會網開一面，被囚于內宮後還自認無罪，只待不久即可獲釋。接到將他們處死的詔書後，將閭叫屈道：“我平時出入宮廷，未嘗失禮；隨班廊廟，未嘗失節，奉命應對，未嘗失辭，怎麼叫作不臣？”高呼“無罪”，痛哭流涕，最後也只有拔劍自殺。
還有一個公子高，雖未曾被拘系，自知不能幸免，本想逃走，但又怕因此株連全家，禍至滅族，只好“犧牲我一個，保住全家人”。他上書胡亥，情願殉葬父皇。胡亥非常高興，賜錢十萬以葬。
秦始皇的子女都被殺完，所有功臣除李斯之外，也被清洗乾淨，一時朝堂空虛，幸存者人人自危。趙高趁機把自己的親信安插到朝中要害位置，如弟弟趙成被任為郎中令，掌握京師和皇帝的衛隊，女婿閻樂為咸陽令。其他如禦史、侍中等官，也都換成了趙高的人，朝中到處都有趙高的爪牙和耳目。
感覺坐穩了寶座後，胡亥效法秦始皇，也巡游天下。南到會稽（今蘇州），北到碣石（今河北昌黎北），最後從遼東（今遼甯遼陽）返回咸陽。在巡游途中，趙高建議胡亥趁機樹立自己的威信，將那些不聽話的官吏全部誅殺。胡亥一路下來，殺了不少地方官吏，以致于許多地方都沒人敢當官了。
趙高“愚君”
趙高把持了國家大權，便開始蒙蔽胡亥。胡亥對國家大事根本不通，只想尋歡作樂，一天對趙高說：“人生在世，如同白駒過隙，現在朕既然已經君臨天下，那就應該悉耳目之所好，窮心志之所樂，這樣終百年壽，你看可以嗎？”趙高說：“天子所以稱貴，就在于深居九重，高高在上，只讓群臣聽到他的聲音，不讓他們見到面孔。從前先皇在位的時間長，群臣無不敬畏，所以即使每天與群臣見面，他們也不敢胡作非為，妄進邪說。現在陛下還很年輕，又剛剛即位，對各種事情未必樣樣精通。如果在朝廷中現場處理政務，萬一言語有誤，處置失當，就在群臣面前暴露了您的弱點，這豈不有損于陛下的聖明嗎﹖所以，陛下不必再臨朝和臣下見面，只管深居宮禁，有什麼事情由我和侍中來批答處理一下就行了。”這番話正中胡亥下懷，從此便深居九重，不和朝臣見面，一切政事交由趙高處理。從此，胡亥只是個名譽皇帝，趙高成了執行皇帝。
李斯看到胡亥深居禁宮，只聽從趙高的話，惟恐自己失寵，于是寫了一篇文章《行督責之術》，向胡亥獻出了獨斷專權、酷法治民的治國方法，給胡亥的暴政火上澆油。他不知道自己已經成了趙高的最後一塊絆腳石，後來果然遭到報應，死得比誰都慘。
趙高殺李斯
有了李斯的主意，胡亥把秦始皇的暴虐發揚光大了。他繼續大量征發全國的農夫修造阿房宮和驪山墓地，調發五萬士卒來京城咸陽守衛，同時讓各地向咸陽供給糧草，而且禁止運糧草的人在路上吃咸陽周圍三百里以內的糧食，必須自己帶糧食。除了常年的無償勞役外，農民的賦稅負擔也日益加重，最終導致了陳勝吳廣起義的爆發。
陳勝及吳廣均為穎川郡（今河南）人，二世元年（前209）七月，兩人奉命押解一群工役500人，將糧食送到漁陽（今）的長城工地上去。但當他們到達蘄州（今安徽宿縣）大澤鄉時，遇上了傾盆大雨，道路全為洪水淹沒，車人皆動彈不得，被困了好幾天。如果他們無法依限期到達目的地，以秦國刑法可能被判處死刑。兩人殺掉監軍，領著這500人造反，假冒扶蘇及項燕之名，向全國各地發出檄文。不久，便有武臣自立為趙王、魏咎自立為魏王、田儋自立為齊王，一時間群雄並起。胡亥即位一年不到，起義軍已遍布全國各地了。
天下大亂的責任，大半還是該秦始皇負，胡亥剛上台，頂多算推波助瀾而已。但慣耍詭計的趙高，看不到天下大勢，不知道覆巢之下，焉有完卵，卻把這看作是一個除掉李斯的好機會。他一邊對胡亥封鎖消息，一邊對李斯說，關東群盜蜂起，可皇上根本不把這事放在心上，勸諫他也不聽，還是丞相的話有分量，你去勸勸看。
李斯不知是計，答應下來。趙高故意在胡亥擁姬挽妾燕樂正濃時派人通知李斯，李斯趕緊去求見，結果引起了胡亥的反感。一連幾次都是這樣，惹得胡亥大怒，覺得你李斯故意趁我忙的時候來，找我的不痛快。趙高乘機進讒言，說李斯沒有從胡亥即位中撈到好處，心生怨恨，並誣陷李斯的長子李由是三川郡守，造反的陳勝是李斯鄰縣的人，陳勝的軍隊經過三川時，李由故意不出擊。兩人有文書往來，有可能要謀反。胡亥就讓趙高調查此事。