光緒二十年(1894年)十月二十八日清晨，光緒皇帝如同往常一樣到長春宮東暖閣向慈禧皇太後下跪請安。慈禧坐在禦榻上，對光緒閉目不視，也不答話。光緒跪在地上，不敢抬頭，也不敢多言。皇太後同光緒帝僵持了約有一個時辰，慈禧太後才放話：“下去吧！瑾妃、珍妃的事，你不管，我可要管。不能讓她們可著性子，不遵家法，干預朝政，胡作非為！”光緒莫名其妙，唯唯稱是，以禮告退，回養心殿。光緒正在納悶時，有太監跪奏：清晨，皇太後下令總管太監李蓮英，對瑾妃、珍妃杖責處罰。珍妃位下太監高萬枝，被慈禧太後懿
旨正法。珍妃的胞兄志銳被革職，發遣烏里雅蘇台。至于慈禧皇太後對珍妃的嚴懲，有書說是“褫衣廷杖”——這對皇妃來說，是宮史前所未聞的，也是對珍妃最大的羞辱。
慈禧皇太後杖責珍妃，正史沒有記載，宮廷禦醫檔案，留下一些資料：十月二十八日，太醫張仲元請得珍妃脈息，六脈沉伏，抽搐氣閉，牙關緊閉，周身筋脈顫動。十一月初一日，亥刻(21～23時)，太醫張仲元請得珍貴人脈息，左寸關沉伏，右寸關滑數，抽搐漸止，仍覺筋惕肉顫，神識已清，惟氣血未調，痰熱尚連下行，以致胸膈煩悶，兩肋串痛。有時惡寒發燒，周身筋脈疼痛。同日子刻(23～1時)，張仲元請得珍貴人脈息，左關沉伏，右寸沉滑，抽搐又作，牙關緊閉，人事不醒，周身筋脈顫動。同一日深夜，將禦醫請進內宮急診，可見珍妃病情之急重。根據上述醫案，珍妃確受重杖。
慈禧皇太後之所以重懲珍妃，其原因主要有五：
一、對光緒：甲午兵敗，慈禧太後將責任推到光緒身上，覺得光緒親政8年，膽子愈來愈大，甚至有些事情不把聖母皇太後放在眼里。慈禧太後想“殺雞給猴看”，藉廷杖珍妃，告誡光緒：要是不聽話，就給眼色看。
二、對皇後：慈禧太後覺得，皇帝結婚5年，對懿定的皇後，既不親愛，也不敬重。皇帝一心喜歡那個珍妃，太使自己傷心。慈禧太後便借此機會，嚴厲懲治珍妃，給侄女出口氣。
三、對珍妃：珍妃自恃長得嬌俏，能說會道，深受皇帝喜愛，太後心里氣不過。特別是慈禧年輕守寡，產生心理變態。見到別人甜蜜愛情，心理總是嫉妒怨恨，借個機會，懲罰診妃。
四、對宮女：內宮應是一片“純淨樂土”，竟然有人串通外朝，賣官鬻爵。珍妃也好，太監也好，賣官之事，確被抓住。于是，慈禧皇太後懲罰珍妃，名正言順，誡訓宮女。
五、對自己：慈禧太後藉此，廷杖珍妃，舒解積憤。
慈禧皇太後“廷杖珍妃”之舉，收到一石五鳥之效。
光緒二十六年(1900年)七月二十一日，八國聯軍入侵北京，慈禧帶著光緒皇帝倉惶出逃。相傳她臨行前命令太監崔玉貴把珍妃推到甯壽宮外的井中害死。這件事情正史沒有記載，但珍妃確實是那時死的。因為從那以後清宮檔案就沒有出現關于珍妃的記載。後來有個太監回憶錄提到珍妃被慈禧害死的情況。珍妃之死給光緒造成極大的精神刺激，形成極大的悲苦。光緒帝過著“囚帝”的生活，心情抑郁，病情益重，死于西苑。
光緒死因疑案
光緒三十四年(1908年)十一月二十一日，光緒皇帝死于西苑(今中南海)瀛台涵元殿。光緒
自被慈禧皇太後“廢黜”之後，整整過了10年的幽禁生活，長期憂悶，無處發泄，“怫郁摧傷，奄致殂落”。從清宮太醫院檔案選編的《慈禧光緒醫方選議》一書，可以看出光緒體弱多病。該書所選有關光緒182個醫方中，神經衰弱方64個，骨骼關節方22個，種子長壽方17個等。光緒雖常年多病，但醫藥條件極好，不會突然死亡。而光緒在慈禧死去的前一天，突然崩駕。噩耗傳出，朝野震驚。于是，光緒被人謀害致死的說法，隨之流傳開來。
光緒帝的死因，主要有兩說：一說是患病正常死亡；二說是被人下毒致死。
光緒正常病死說。有人認為：根據光緒37歲時的病案，遺精已經將近20年，前幾年每月遺精十幾次，近幾年每月二三次，經常是無夢不舉就自行遺泄，冬天較為嚴重，腰腿肩背經常感覺酸沉，稍遇風寒，耳鳴頭疼。光緒一直身體不好，體弱多病。從現代醫學角度來看，光緒患有嚴重的神經官能症、關節炎和骨結核等疾病。這是導致光緒壯年死亡的直接病因。光緒的禦醫六人，每日一人輪診，各抒己見，治法不一，也耽誤了醫治。
光緒三十四年(1908年)三月初九日，脈案記載：皇上肝腎陰虛、脾陽不足、氣血虧損，病勢嚴重。在治療上不論是寒涼藥，還是溫燥藥都不能用，處于無藥可用的地步，宮中禦醫們束手無策。五月初十日脈案記載：調理多時，全無寸效。七月十六日，江蘇名醫杜鍾駿看過光緒的病症說：“我此次進京，以為能治好皇上的病，博得微名。今天看來，徒勞無益，不求有功，只求無錯。”九月的脈案記載：病狀更加複雜多變，髒腑功能已經失調。十月十七日，三名禦醫會診脈案記載：光緒的病情已經出現肺炎症，及心肺衰竭的臨床症狀。一致認為光緒皇帝已是極度虛弱，元氣大傷，病情危重。十月二十日，光緒的脈案記載：夜里，光緒開始進入彌留狀態、肢體發冷、白眼上翻、牙關緊閉、神志昏迷。十月二十一日，脈案記載：光緒的脈搏似有似無，眼睛直視，張口倒氣。傍晚時，光緒死。