在小泉純一郎搬進新的首相官邸不久，２００２年５月１９日就在官邸的網站主頁意見欄中發現了一份標題為“挑戰日本政府”的電子恐嚇郵件。該郵件稱，將在５月３０日下午６時３０分在首相新官邸制造爆炸事件，沒有發件人的身份說明。整個首相官邸如臨大敵一般頓時緊張起來，負責保護首相安全的日本保安特警隊及日本警備隊立即組織人力將首相官邸團團包圍起來，一層一層地進行搜索，結果一無所獲。日本警方最後調查的結果證實，這是“一場虛驚”。事後，日本傳媒並沒有進行渲染，其主要原因是，相信小泉純一郎的官邸是按國際最高水平建造，很難放炸彈進去，並且障礙重重，記者想報道都無從下手。
小泉純一郎首相的新官邸在舊首相官邸的西側，占地２．５萬平方米，是舊官邸面積的兩倍多，總造價為６４７億日元。新官邸是座日式庭院，庭院四周種植了９００多株竹子，庭院中還有岩石和流水。官邸地上５層，地下１層，其中，３～５層為政務辦公場所，內閣會議在４層召開，２層為首相舉行大型宴會或歡迎外國首腦的場所。第１層為記者會見室和官邸公關部門。地下１層是危機管理中心。整座官邸的辦公室寬敞明亮，配備了先進的辦公設備，鋪設了光纜，具有濃厚的現代氣息。此外，煤氣、水、電都設置了雙重系統，樓頂上還可以起降直升飛機。小泉首相在這里辦公可謂“得心應手，如魚得水”，即使是在官邸與外界斷絕往來的情況下，仍可以維持正常運轉。
更重要的是，新的首相官邸的安全設施比舊的首相官邸更加嚴密齊全。整座官邸外面都覆蓋著５厘米厚的防彈玻璃。新首相官邸對出入人員的管理非常嚴格，即使是首相本人，如忘帶通行證，照樣也進不了首相府。官邸大廳入口設在第３層。在入口處的一角設置了記者采訪席。首相步入大廳時記者可以進行采訪，但不能追隨采訪。“為了保證首相的安全和防止日本對外政策被泄露”，原則上嚴禁記者進入第４層會議室和第５層的首相辦公室。這項措施使原來在舊首相官邸出入自由，甚至能與首相同桌吃飯的“官邸記者”有很大的意見，批評首相這樣做是脫離民眾。他們表示，今後在政府做出重大決定的瞬間，他們將無法及時向國民傳達消息了。他們還指出，３層的記者間雖然可以轉播５層的首相辦公室實況，但記者間最多只能容納１５個人，並且所謂實況轉播也只能看到走廊的情況。小泉純一郎反駁說，像以前那樣被記者看個一清二楚的首相官邸恐怕世界上只有日本一家，“希望你們調查一下，國外的總統或總理的一舉一動是否都得在記者的監督下進行。”
首相新官邸的第５層是日本政府核心機密的所在地。首相辦公室和內閣官房長官辦公室就設在這里。能上第５層的只有內閣大臣、事務次官和少數官邸職員，並且需要持ＩＣ通行證。這一層每個房間的通行證都不一樣，首相辦公室更是控制嚴密，即使首相本人忘帶通行證，也進不了自己的辦公室。
小泉純一郎的官邸控制戒備如此森嚴，難怪記者們將這里稱為“忍者屋”，他們說防彈玻璃不僅擋住了可疑人的入侵，也攔住了記者的腳步。