經過三戰皆受重創之後，璞鼎查看到，在短期內武力征服台灣守軍已屬不可能，便不敢再輕犯台灣。于是，英軍便勾結一些沿海盜匪，在淡水、鹿港、彰化、嘉義、打鼓、郎嶠等地海面繼續進行窺探騷擾，以配合英軍對我國大陸沿海的軍事行動。
兩次大捷俘獲英軍二百多名，經過兵備道姚瑩審問取供後，奏請清廷發落。朝廷立即批複：“據奏稱，該逆等罪大惡極，若解省訊辦，洋面恐有疏虞，仍請在台正法，所見甚是，著即照議辦理。”清皇在另一諭旨中又說：“取供之後，除夷目暫行禁錮候旨辦理外，其余各逆夷，與上年所獲130余名，均著即正法，以抒積念，而快人心。”當時閩浙總督怡良擔心這樣處置，會引起英國報複，要求姚瑩將這些英俘解省。姚瑩斷然拒絕說：“夷性畏強欺弱，我擒其人，久而不殺，是明示之弱也。”“兩軍對仗，勢必交鋒，非我殺賊，即賊殺我，乃先存思彼報複之念，何以鼓勵士氣乎！”姚瑩按皇上禦旨，將139名英軍戰俘一律處死，只留顛林等英軍九名頭目和黃舟等漢奸兩名暫行禁錮。璞鼎查聞訊，再三提出抗議。
由于清政府腐敗無能，在英國侵略軍連續攻陷了廈門、定海、甯波、上海、鎮江，進逼南京後，清政府被迫求和，簽訂了《南京條約》。這個不平等條約第八條規定，釋放英軍俘虜。英方派船長聶夫前去台灣安平索要俘虜，他得知大多數俘虜都已經處決，便向姚瑩提出質問。姚瑩理直氣壯答複：“你們英國侵犯我國，雙方正在交戰，那有不殺俘虜之理？你們侵擾江浙沿岸，殺傷我官員，貽害我百姓，皇帝震怒，台灣軍民人人憤恨，5日才把俘虜正法，但仍留下頭目9人，已屬格外開恩。”姚瑩義正辭嚴，聶夫無言可答。
璞鼎查奸詐多計，針對清廷的昏庸，借機反誣抗英台灣愛國將士，硬說侵略中國領土的英軍是避風進港的外國難民，被姚瑩等殺害。他一面向福建地方當局提出抗議，一面發表聲明，以停止換約，重新開戰威脅清廷。當時主持和議的兩江總督耆英，閩浙總督怡良等人，害怕和局破裂，一再奏請朝廷將姚瑩、達洪阿解京訊辦。清皇最初不同意如此做法，認為斷斷不可，即使實有其事，亦當另作處置。璞鼎查進一步大造聲勢威逼，揚言要立即駕大輪船親赴天津。清廷慌作一團，急忙派怡良前往台灣查辦。耆英也乘機再奏，指稱姚瑩貪賞冒功，殺害了“遭風難夷”，皇帝在內外壓力下，下旨追問姚瑩等愛國將領“欺君冒功之罪”。1843年2月，怡良到台灣傳旨。台灣人民對清政府官員甘心媚外，懲辦抗英愛國有功將領的賣國行為十分憤慨，紛紛到怡良行營申訴抗辯，群眾情緒激昂，幾乎引起民變。怡良見局面不好收拾，只得草草結案。姚瑩、達洪阿受到革職逮問處分，所有給予基隆、大安兩役有功人員的獎賞一律收回。
耆英在這一事件中，與璞鼎查配合得異常默契。
利用投降派耆英
耆英是和英國簽訂《南京條約》的欽差大臣，事後，他在短短兩年之間，又曾兩度到達香港，自然也和這個不平等條約有關。耆英兩次到香港，都是清廷不得已而派他去的。1843年的一次，是為璞鼎查所迫；1845年的一次，則是由于第二任港督戴維斯的壓力。
1842年《南京條約》訂立後。璞鼎查回到香港，才吃驚地意識到，這份由他們草擬而認真推敲簽定的條約，“實際上只是個草約而不是條約”，許許多多屬于他們的東西，還需要具體落實。比如，條約里籠統地提到貿易貨物關稅，應有“定安則例”，而這個則例，總不能由中國人說了算；條約規定開放五口，貿易通商無礙，可是英商去了，總得有個落腳之處，還得有安全自由的保障，等等。于是他催促盡快締結更細的條約，以便付諸實施。
清政府派伊里布來廣東與璞鼎查解決善後問題，耆英此時任兩江總督。伊里布與耆英，同是《南京條約》議約時的中方代表，道光皇帝派他來解決善後問題，是合情合理的。不料璞鼎查卻堅持要清政府派耆英為代表，拒絕接待伊里布。