在這第二次模擬進攻中，一切順利。入侵者沒有遇見空中或水面的偵察，藍軍迅速地取得了完全的制空權。當南云的轟炸機撲向港內的紅軍艦隊時，他做到了他所希望的最大的出敵不備。估計敵人遭到的損失計有：3艘戰列艦被擊沉，一艘戰列艦被重創，航空母艦“列克星敦”號和“約克城”號被擊沉，航空母艦“薩拉托加”號被重創，3艘巡洋艦被擊沉，另3艘損失掉一半的戰斗力。瓦胡島的紅軍空中力量實際上陷于癱瘓，50架戰斗機被擊落，80架被摧毀在地面上。
藍軍受到輕微損失並逃脫了。紅軍的飛機最後發現了南云的艦隊，炸沉了一艘航空母艦，使另一艘失掉一半的戰斗力。作為回報，藍軍又擊落了50架紅軍的飛機。然後，日本艦隊逃回了日本本土。日本艦隊還得到了老天的幫助，在艦隊即將離開夏威夷水域時刮起了海上風暴，沒有給艦隊造成嚴重的傷害。
在這次演習中，攻擊後迅速撤離構成了南云戰略的基本點。在“秘密房間”中，沒有討論重複攻擊珍珠港的題目。雖然源田和佐佐木在這次演習前曾多次談論這種可能性，但許多人都主張應迅速安全地撤回日本寶貴的航空母艦。
這次夏威夷作戰的預演，只進行了一天——9月16日。第二天上午，參加者們又回到“秘密房間”，對藍軍戰術進行分析，聽取各種報告，會議一直進行到下午。在17日的討論會之後，參加者們共進晚餐，結束了夏威夷作戰的模擬演習。
演習結束後，南云的心情毫不輕松。實際上，在“秘密房間”里進行的第二次模擬攻擊的成功，加重了而不是減輕了他的擔心。這次圖上演習使迄今為止一直作為抽象概念存在的珍珠港作戰直觀地表現了出來，從而使南云更加清楚地認識到了這次作戰的全部影響和極大冒險性。南云感到作戰計劃成功的可能性不大，在需要通過的無數關口中，哪怕是有一個關口出現問題，就可能斷送整個計劃。南云可以用很多普通淺顯的道理，來支持他的對珍珠港計劃的悲觀看法。
南云特別反對走北線。“在圖上演習中沒有海上風暴，所以我們能走北線。但當我們真的去夏威夷時，情況就不同了。”他言辭激烈地爭論道。在演習中，他不只一次地向山本表示：哪怕有一件事出了差錯，就會在作戰中出現可怕的損失和極其嚴重的後果。當他有一次這樣說時，山本用手友好地摟著他的寬肩說：“別擔心，我會負全責的。”
南云並不是膽小怕死。如果命令他去執行這次冒險的話，他將不遺余力地去干，但他坦白地對別人說，他被演習所展現的前景嚇住了。對山本來說，在地圖上指揮作戰並聲稱由自己擔負所有責任當然沒問題，因為他並不親自帶領艦隊出戰，而是待在本土水域的“長門”號軍艦上。但南云卻不同了，他要率領帝國艦隊紮進老鷹的巢里去，如果作戰失利，山本不可能把沉艦浮起來，也不可能恢複被毀的飛機和使死人複活，所有的困難都要由在現場指揮的南云去克服。南云的悲觀情緒溢于言表，以至有人和他逗笑說：“如果您死在這次戰斗中，將為紀念您建一個專門的神社。”
軍令部的小川盡管一直對攻擊珍珠港很感興趣，但他對這一作戰行動的可行性同樣有很大的懷疑。小川從情報的角度提出了許多令人不安的問題，所有關于美國港口布置、防禦設施和艦隊調動的必要的情報，都能有效地收集、估價和分發嗎？誠然，海軍情報部門在夏威夷有一個龐大的間諜情報網，但誰又能保證美國人不會追蹤這個情報網，堵住情報源頭？即便日本的專門間諜能夠不受阻礙地工作，海軍軍令部能夠在攻擊當天得到關于珍珠港的完整的情報嗎？它能及時地把這情報轉發給在北太平洋某處的南云，使這個情報起作用嗎？
對于這些問題，沒有一個人能夠回答。也沒有一個人敢保證說：這份偷襲珍珠港的計劃在最後一分鍾之前不會落入美國間諜之手。幾乎所有人都知道，若此次作戰不能保守秘密，則必敗無疑。