天父和天兄
馮云山在紫荊山地區迅猛發展，洪秀全則回到花縣家中。花縣的父老是淳樸厚道的，他們很快原諒了洪秀全搗毀孔子牌位的所作所為，繼續讓他擔任村里的塾師。一年多的時間里，洪秀全實現了拜上帝教的基本宗教理論建設，寫成《原道醒世訓》、《原道覺世訓》、《百正歌》、《改邪歸正》等通俗的文獻。前文筆者也提及，基督教上帝是舶來品，教義和偶像並不對中國人的胃口，基督教的傳播在國內困難重重。要想傳播教義，必須對基督教的理論改弦更張。這時洪秀全與馮云山不約而同地想到一個高招，就是利用儒家傳統來反對儒家社會，把反傳統反儒家反滿清的理論包裝在傳統的思想信仰、風俗習慣的外殼之下，給洋人的上帝穿上唐裝。洪秀全極其高明地指出他所宣傳的上帝，就是中國古代經書上所崇拜的上帝。他在《原道覺世訓》中宣稱說："曆考中國史冊，自盤古至三代，君民一體，皆敬拜皇上帝"，中國與外國本來都是同走這條大路的。"至秦政出，遂開神仙怪事之厲階"，差入鬼路，致"惹蛇魔閻羅妖纏捉"。這樣，就把西洋上帝，等同于中國古代經書上的上帝，從而與中國曆史結合了起來。這樣，洪秀全的教義上承三代，成為中國最純正的法統，而不是被人排斥的西洋邪說了。
洪秀全又到廣州府傳教士羅孝全的禮堂學習了四個月基督教教義，研究基督教的儀式和教條，讀了《舊約》和《新約》，豐富了宗教理論。但羅孝全並不願意給這個中國人施行"洗禮"，因為他發現，這個中國人來教堂，並不是要為上帝獻身，而是要試圖證明自己上帝之子的神聖地位，換句話說，上帝只是洪秀全企圖利用的一個工具。這對基督徒來講，幾乎是褻瀆神靈的行為。洪秀全不厭其煩地給羅孝全講述他的夢境，希望這個基督教的理論專家幫忙確立自己上帝次子的地位，羅孝全則認為洪秀全神經不太正常（羅孝全《洪秀全革命之真相》）。
洪秀全得知馮云山在紫荊山後，立刻動身趕往紫荊山，馮云山率領久盼教主聖駕的教眾迎接。見到紫荊山大好形勢遠遠超過最初期望，洪秀全大喜過望。洪秀全的性格遠比馮云山激烈，眼見拜上帝教聲勢極壯，開始推行過激的搗毀神像和清理異教徒政策。道光二十七年（1847年），洪秀全和馮云山遠赴象州，摧毀當地香火最盛的甘王廟。洪秀全宣布甘王十大罪狀，然後令馮云山把神像眼睛挖出，頭發割去，弁冠踏爛，龍袍扯碎，身放倒，手折斷。洪秀全搗毀甘王廟，詩興大發，又在牆壁上打油一首，現錄于下（錯別字改于括號中）：
題詩行檄斥甘妖，該滅該誅罪不饒。
打死母親干國法，欺瞞上帝犯天條。
迷纏男婦雷當劈，害累世人■（火）定燒。
作速潛藏歸地獄，腥身豈得掛隆（龍）袍！
洪秀全毀壞甘王廟後，下令"該處人等永不准複立此廟，拜此邪魔，倘敢抗命，定與此妖一同治罪"。接著，洪秀全又派人把紫荊山花雷、天泗左右兩水所有社稷神壇全部搗毀，香爐打破，宣布在當地只能信奉唯一真神皇上帝。據羅爾綱先生說，甘王是一個凶神，當地百姓是因為懼怕其作惡才以香火供奉，洪秀全所做大快人心。但無論如何，洪秀全的行為已類似歐洲中世紀的宗教迫害。
馮云山所收信徒多數為當地遭到土著團練和會黨土匪侵擾的客家人，他們在村社的仇殺中因為缺乏凝聚力而處于下風，馮云山創立的拜上帝教給了他們一個可團結的核心和紐帶。在拜上帝教的旗幟下，散居的客家人針對擁有共同家族和設防村落的本地人的嚴密編制而實施軍事自衛。拜上帝教信奉的外來教義和它的刻板的二元論（在靈魂得救和罰入地獄之間作出抉擇），使他們在當時廣西社會環境里處于不兼容的地位，因此拜上帝教旗幟所團結的客家人和以士紳為領導的本地土著形成兩大對立的武裝團體。由于馮云山一直推行溫和政策，約束客家教徒狂熱的宗教信仰和複仇情緒，避免了雙方的沖突升級。因為洪秀全的到來，這種和平局面被打破。拜上帝教教徒在狂熱的信仰下，越益好戰，搗毀神像和強迫當地群眾信教的行動，使客家人與土著之間的緊張關系更形加劇，雙方的流血沖突此起彼伏，廣西農村的形勢急劇惡化。
十一月二十一日，武宣縣團練頭目秀才王作新本著捍衛名教的目的，率領團練突襲拜上帝教總壇，抓走馮云山。尚未解送官府，盧六率拜上帝教武裝在路上救回馮云山。王作新極狡猾，待拜上帝教放松戒備後，于十二月十二日，再起團練數千人把洪秀全、馮云山、盧六、曾玉珍都捉了押送大湟江司。巡檢王基放走洪秀全、曾玉珍，把馮云山、盧六解去桂平縣，下了監獄，告馮云山聚眾謀反。
這是拜上帝教創立以來遭遇最大的危機，馮云山在獄，洪秀全逃亡廣東，拜上帝教群龍無首，更因為首腦被捉時並未表現出神力而人心動搖，幾乎就要潰亡。然而一個本來默默無聞的小人物挺身而出，拯救了拜上帝教，這人就是楊秀清。
楊秀清是廣西桂平縣人，生于清道光三年（1823年）八月十九日。他的家境遠比馮云山、洪秀全惡劣，是真正的"上無片瓦，下無寸地"的赤貧之家。楊秀清長到九歲時，父母全已亡故，"煢煢孑立，形影相吊"，靠伯父楊慶善教養成人。《天情道理書》說："至貧莫如東王，至苦亦莫如東王，生長深山之中，五歲失怙，九歲失恃，零丁孤苦，困厄難堪。"楊秀清沒有土地，"以種山燒炭為業"，生活異常艱苦，大致相當于我們所說無產階級。但汪士鐸、張德堅等人說楊秀清"販木料者也，鄉間為人治病"（汪士鐸《汪悔翁乙丙日記》），閑時"同洪秀全結伙護送洋貨，積殖自封"（張德堅《賊情彙纂》）。筆者近來頗傾向汪張二人說法，楊秀清的見解氣度，並不似常年在深山燒炭之人，說是跑江湖的販子倒有幾分相像。
楊秀清系半文盲，在教中本來"並不知機"，屬于普通教徒。但他頗有權謀干練，野心勃勃，晚清一等一的奇才，自不甘心久居人下，做"黑鍋你背，送死我去"（香港演員羅家英名言）的馬仔。楊秀清與其妹夫蕭朝貴暗中謀算要在教中執掌大權，此時馮云山被捉，洪秀全外逃，教中分崩離析，正是大好機會。自古創設宗教者，只敢稱自己是最高神的使者、仆人，以耶穌基督的才德，也只敢私下宣稱是最高神的兒子。楊秀清下手卻極狠，橫豎都是騙，不如就橫下心干票大的，于是干脆宣稱自己是洪秀全他爹，最高神天父皇上帝。這大概是古往今來，凡人敢僭越的最高尊號。
中國向來迷信一種降童巫術，或稱請人（神）上身，大致原理是為維護天地輪回、陰陽次序正常運行，保護六道眾生各不相擾，盤古大神設有禁制，天界神靈和地府鬼魅無法在日光下現身，萬不得已欲通消息于人間，則暫借凡人之體代言。被借體凡人先要選一塊不容易跌傷人的軟泥地，待眾人聚集後突然昏倒，把後腦勺朝地面最軟處狠狠砸去，然後口吐白沫，癲狂不止，過一會蘇醒站起，暴喝一聲，"吾神（鬼）乃張三李四王二麻子等等等等也"，接著口吐神靈鬼魅的啟示，言畢再次昏倒，重複口吐白沫程序一次。這極可能是裝神弄鬼的巫婆神漢，借神鬼言事糊弄群眾，神鬼卻從沒在人間現身，屢屢被人質疑拆穿後想出的一個遮羞的損招。楊秀清就利用這最低級但是也是最有效的損招，在教徒集會時走到中庭，響亮地跌在地上裝作不省人事，過了一刻，待眾人注意力集中過來，他微閉眼睛扶著妹夫蕭朝貴站立起來，瞬即擺出一副關公張飛之類的肅穆面孔，厲聲對眾人說："眾小子聽著！我乃天父是也！今日下凡，降托楊秀清，來傳聖旨。希伯來語朕就先不講了，諒爾等也不省得，且用客家話傳諭爾等……(末一句系筆者杜撰)"楊秀清宣講了一番天父無所不在，無所不能的權能，命令會眾同心同力去殺妖，不可懷疑主，不可心生動搖，要死命追隨洪秀全，信仰天父可得救，當然也沒忘記告知群眾，以後楊秀清為天父專用肉體，大家要追隨楊秀清等。《天情道理書》記其事說："當其時真道兄弟姊妹多被妖人恐嚇，若非天父下凡教導作主，恐伊等心無定見，安得不忘卻真道，差入鬼呼乎！"群眾的迷信當然占了很大成分，但最主要的原因是楊秀清本人有雄才遠略，對形勢看得分明，對教眾心理把握得深刻，這才能假借天父，為教眾分析局勢，穩定軍心。楊秀清極有統率才干，假借天父下凡樹立教中威信後，逐漸在教內強化集權管理，分派教眾各司其職，將拜上帝教管理得井井有條。