南京圍城
咸豐三年元月初二，太平軍在武昌慶祝了新年後，棄武昌順江直取江南。吸取蓑衣渡慘敗的教訓，天王洪秀全先行登舟，楊秀清、韋昌輝、石達開、秦日綱、羅大綱、賴漢英統率水師護衛，林鳳祥、李開芳、胡以晃、吉文元率陸軍夾岸護衛，老幼婦女也乘船隨行，浮江萬艘，帆檣旗幟如云，浩蕩東下。清軍與太平天國打了許久的仗，一直在數量上占有優勢，如今太平軍已擴充至數十萬，沿途防堵清軍卻不過數千人，于是望風而逃。
面對咄咄逼人的攻勢，咸豐帝罷免徐廣縉，改任老于行伍的向榮為欽差大臣，指揮尾追太平軍的部隊，又加派琦善、陸建■兩名欽差負責江南防務。向榮采取平行追擊戰術，意欲集重兵于九江，與太平軍決一死戰，但清軍沿途圍堵甚不得力，除老鼠峽爆發一場不大的戰斗外，武昌至九江數百里，官兵逃散一空。陸建■膽戰心驚，下令開船拋棄下屬連夜逃遁，撤至九江等待向榮援軍。陸建■愁苦萬狀，夜不能寐，起床巡視，竟被和他同樣神經過敏的巡夜士兵當成賊人抓住一頓胖揍，折卻牙齒兩個。陸建■撤退到九江，依然覺得離太平軍太近，安全缺乏保證，又星夜下彭澤，到了彭澤，越加膽戰心驚，放火燒了自己的坐船，乘小舟返回南京。張芾原在九江駐防，見陸建■逃竄，心想欽差都逃了，自己這個空頭巡撫不逃更待何時，張芾又自稱"菩薩心腸"，索性都是敗仗，不如救人性命，于是將他能調動的部隊全部後撤，讓士兵與己一同逃竄。
太平軍得張芾相助，進展順利，不數日即攻克九江、彭澤、小孤山，沿途守軍未作任何抵抗。正月十七日太平軍前鋒抵達安慶，總兵王鵬飛率先逃跑，逃跑前突然想起空城計故事，于是打開城門才逃跑。太平軍狂笑進城，大殺清軍。清軍武官未讀過忠孝節烈的聖賢書，無恥地帶頭先跑，留下數百名文官。文官們也各自計劃逃跑，但畢竟都是讀聖賢書的人，"名不正則言不順"，凡事總要討個說法，故文官都暫住太平軍尚未攻到的城南，焦急地尋思逃竄的借口。最有機智的是知府傅繼勳，聲稱安慶告急，其他城市肯定更加危險，自己要以大無畏的精神押解餉銀出城，支援別處抗戰。傅繼勳押送餉銀——隨身銀票二百兩化裝出城，布政使李本仁義憤填膺，直斥傅繼勳為欺世之巨騙。李本仁說經自己檢查，城中數十萬餉銀猶在，傅繼勳根本沒有押送餉銀，于是自告奮勇，要出城捉拿巨騙傅繼勳，順便把餉銀和溫暖真正送到友軍手中。李本仁輕裝簡從，攜帶數十萬餉銀的賬目清單和百余兩餉銀"樣品"，也化裝出城，與傅繼勳懷著同一個偉大的人道主義目的在舒城相會。其他官員也大為感動，聲稱自己也要為押送餉銀出一份力，各自分批攜帶餉銀百兩出城，士兵們也紛紛逃竄，城中只余巡撫蔣文慶一人。
蔣文慶自知事不可為，決意留下遺書後自殺殉國。可惜當官日久，長年由幕僚代筆，八股文功夫大為減退，兩個時辰還未寫得幾行遺書，太平軍已經殺到。蔣文慶倉促派下人將遺書帶出城轉交摯友周天爵，然後吞金自殺，未遂，又喝下毒派大師周天爵所贈毒酒，也沒有死成，最終被太平軍抓住殺死。太平軍在安慶繳獲尚未出城的餉銀四十萬兩，錢四萬串，米糧三萬石，銅炮數百門，火藥炮子無數。
安慶日後是湘軍與太平軍劇烈爭奪的要塞，地理位置險要，是扼守長江，屏障江甯的重要軍事據點。如將日後太平天國沿長江的勢力比著一條長蛇，安慶就是長蛇的七寸，曾國藩、胡林翼一眼看出安慶的重要性，拼著天下財賦占其半的江浙不要，也要奪取安慶。太平天國要在南京立穩腳跟，必須以名將重兵控制安慶，可惜楊秀清等人初下江南，不明地理，在安慶瘋狂擴軍後，攜帶百萬餉銀和七十萬部眾棄城而走。
太平軍順江而下，兵鋒直指鎮江、揚州、江甯（南京）。鎮江、瓜州是南北水運的咽喉所在，太平軍控制上述地區，就等于掐斷了南北漕運往來，抓住了清廷的命脈。北方經過多年的過度墾殖，氣候惡劣，生產力低下，產糧和經濟作物都不足以支撐這個龐大帝國的機構運轉，京師主要靠南方解往的漕糧養活，清廷的財政基本上靠漕銀支撐，太平軍向江南的進軍，給予咸豐皇帝前所未有的恐慌。咸豐帝驚呼："鎮江、瓜州江口為南北咽喉，設有疏虞，江北一帶藩籬亦難自固"。
清廷對鎮壓農民起義有自己一套比較完善的辦法，那就是不集結大兵團與敵主力決戰，只采取以遍布全國的多股少數兵力層層阻擊，遲滯消耗敵軍，再以少量精銳師團制敵死命的戰略方針。此時太平天國勢力雄強，沿途清軍勢單力薄，無人敢攖其鋒，遲滯消耗無異紙上空文，湘軍尚未組建，中興名將多半還賦閑在家，江忠源留在湖南剿匪，清廷集結的兵團倒是少量，精銳卻差得遠了。
咸豐加緊抽調文武大員救援南京，先署天師周天爵為安徽巡撫，收拾皖北。周天師再度娛樂億萬觀眾，上奏咸豐說太平軍擅長打仗，若只以兵刃相見，舉世大帥均非其敵，取勝關鍵唯有下毒一途，稱老臣但有三十萬斤爛腸草，定要洪楊腸穿肚爛。咸豐也有意促成這場搞笑大戲開演，下旨讓兩廣總督葉名琛在一月內搜齊爛腸草三十萬斤。一時間，兩廣藥農紛紛上山采藥，朝廷也派出士兵三千余人加入聲勢浩大的采藥大軍，把盛產爛腸草的山嶺統統搞得寸草不生，不少藥商發了大財。又據坊間嘲笑，石達開曾派士兵采得數萬斤爛腸草賣給周天爵，換回大批火藥裝備軍隊。
周天爵以其年高，無力兼顧用兵和民事，力辭安徽巡撫一職，咸豐帝改由刑部侍郎李嘉端任巡撫，以周天爵老于戎陣，賞兵部侍郎銜幫辦軍務。咸豐帝嚴飭湖北按察使江忠源，壽春總兵鄧紹良帶所部軍馬赴向榮營中聽令，又抽調大批浙江士兵入南京救援。清廷的總體布置是，江甯將軍祥厚主持南京防禦，江蘇巡撫楊文定守鎮江，漕督楊殿邦據瓜州，向榮自江南馳援南京，琦善自江北馳援瓜州，企圖將太平軍盡數殲滅于南京城下。小皇帝不通事務，一番部署與趙括、馬謖二位君子不相上下，試想，順江而下太平軍六七十萬之眾，有戰斗力的軍隊至少有十萬，江南那幾萬清軍，守城尚嫌不足，又如何打殲滅戰？于是向榮和琦善兩大主力統統借故拖延，拒絕遵旨參與南京會戰，兩員大將心下雪亮，眼前的局勢正是："先到先敗，後到後敗，同到同敗，不到不敗"（曾國荃名言）。
南京城雖危在旦夕，文武大員的內斗卻正如火如荼。滿清在巡撫之上又設總督，督撫同城辦公，總督雖然名義上是巡撫的上級，但權力卻並不比巡撫大，並不能干涉巡撫理政，是故有清以來，督撫就經常爭斗不休。總督陸建瀛和巡撫楊文定因為蕪湖一代的防禦部署吵得不可開交，楊文定、祥厚等人決定聯合起來，趕走陸建瀛。南京的官員先給總督陸建瀛寫信，表示不歡迎總督回省，陸建瀛厚著臉皮回來後，閉門三日，並無屬官上門問安、辦公。巡撫楊文定早就想腳底抹油了，只是苦于無合適借口逃離這是非之地，于是稱自己無法與總督陸建瀛合作，只得出走，企圖把自己出走的責任推給總督陸建瀛。此舉正中陸建瀛下懷，陸總督正盤算著趁亂把南京城的銀糧盤回家去，趕走楊文定自己正好辦事。陸建瀛打定趕走楊文定的主意，出言譏諷楊文定是要賴在南京等總督的缺。楊文定搜集到自己確系陸建瀛趕走的證據後，火速撤離。南京最大的兩位官員，一為錢，一為命，把戰前的南京糟蹋得不成樣子。