天王進城
咸豐三年二月初十，天王洪秀全身披黃色龍袍，坐十六人抬的大轎，在數十名宮女的簇擁下進入南京，宣布定都南京，南京更名為天京。從紫荊山傳教到定鼎南京，洪楊等太平天國領導人九死一生，終于迎來一場巨大的勝利。
徹底將南京城內原清朝屬官和士兵剿殺乾淨後，洪楊著手按拜上帝教的教義改造南京城內的政權和社會組織。按照一貫的做法，南京城內強化聖庫制度，將居民的財產全部沒收，由太平天國政府統一分發口糧。南京城內的家庭全部解散，把男丁全部編入軍隊當兵，女子除選少數機靈美貌的進入諸王府擔任女官和侍女外，挑選善于女紅的編入錦繡營，其余編入女營。城內廢除所有的工商業、手工業，有手藝的匠人編入諸匠營，在軍官的指揮下生產工業品。老弱病殘則特別挑選出，編入牌尾館，做點簡單的粗活。
太平天國的社會組織形式，大致上是按《天朝田畝制度》實行的，也在武昌等地經過了多次的實踐。這種用兵農合一的組織將所有的群眾組織起來，徹底廢除土地私有，建立一種一切財產公有的制度。按照洪秀全的構想，用軍隊的方法組織起群眾，以一萬三千一百五十六家為一軍，設立軍帥、師帥、旅帥、卒長、兩司馬等鄉官。其構成一軍最小的單位為一家，而其基層組織"兩"則為二十五家，故一切施政對象都以二十五家為基礎，由兩司馬管理。凡二十五家中，設有國庫一所，保管公有生產物，其陶冶木石等匠，俱用伍長及伍卒擔任，農隙治事，使二十五家成為一個農村公社組織。這套方法在管理農村上面，至少短期看來，是有效的，由一個准軍事組織把所有農民的生產、分配管理起來，有利于動員對清軍的作戰。但是，洪秀全的制度設計里，並沒有給手工業和工商業留出應有的地位，在洪秀全長期的農村生活經驗里，他似乎也想不出在他這套完整的公有制方案里，如何加入手工業。在洪秀全的眼里，除了農民的農業生產是創造社會財富的來源外，商人不但不能增加財富，反而會削弱社會的整體財富，于是他毫不留情地將商人清除出他的"天國"。手工業的產品在洪秀全看來，是需要的，但洪秀全卻不能承認手工業也是社會財富的創造者，他只願意承認手工業的產品是一種非必要的、可有可無的、錦上添花的東西，手工業至多只是農業的附庸。于是他只把手工業作為軍隊組織的一部分，把手工業部門附屬到軍隊里軍營生產的營里去。
南京城內管理手工業的部門有諸匠營和百工衙，諸匠營和百工衙的組織有些不同：諸匠營人數眾多，完全依照軍制，各營以指揮統領，其總制、監軍、軍帥至兩司馬一如軍隊的編制；百工衙所屬人數多寡不一，有百人則置一卒長，分轄四兩司馬，二百人則置兩卒長，沒有軍帥、師帥、旅帥各級官員，其組織不盡依照軍制。在職掌上也有些不同，諸匠營只管制造，百工衙則凡所典的事，俱兼司收發。
諸匠營分為瓦匠營、木營、金匠營、織營、金靴營、繡錦營、鐫刻營七種（《賊情彙纂》卷四）。瓦匠營所轄都是泥水匠，擔任建築工作。木營所轄都是木匠，也擔任建築工作。金匠營所轄都是金銀匠，擔任制造金銀器皿工作。織營所轄都是織機工，擔任織緞工作。金靴營所轄都是靴鞋匠，擔任制造靴鞋工作。繡錦營所轄都是繡匠和畫士，擔任刺繡和畫壁畫、彩畫、畫旗、畫散、畫轎衣等繪畫工作。鐫刻營所轄都是刻字匠，擔任鐫刻詔旨、畫籍、印璽等工作。太平天國在天京設立的百工衙種類繁多，其范圍從軍事工業、食品工業、服用工業以至美術工業，包括了當時百工技藝的手工業。
總體而言，太平天國的制度在農村搞得比較好，在城市就很難推行。《天朝田畝制度》能夠實行的基礎，首先是完全自給自足的自然經濟，其次是毫無貪念和私心的國民。而南京城內，手工業相當發達，長江中下游地區，商品經濟自明中葉以來，已經達到相當高的水平，從生產力的基礎上講，洪秀全的社會構想很難實現，另外，太平天國提倡的公平和平均，並沒有完全實現，太平天國的公有和平均，似乎只執行到了中級將領，太平天國諸王的生活實質上是相當奢侈的，這一方面破壞了平均主義在南京城內的公信，一方面為滿足奢侈品的需要，諸王不得不適度地放松對手工業的壓制。于是不久後，南京城內開始有了商店，憑借太平天國發放的文件出售聖庫提供的物品。消滅手工業後，聖庫無法提供源源不斷的商品，于是又在一定程度上開始私營手工業，開始以奢侈品的生產為主，慢慢地開始有了生活用品的生產，當然，這些手工業生產主要集中在南京城外和附近的集鎮。到最後南京城恢複了商業稅，開始允許經營工商業。實踐證明，太平天國的聖子們，消滅不了商品經濟這個魔鬼。
嚴格地講，洪秀全設想的完全公有和平均在農村也沒有真正實現過，太平天國不久後又恢複了農業稅。可見，《天朝田畝制度》不過是一副交織著現實和幻夢，交織著斗爭性和不切實際的空想圖畫。
天京城內遭陸建瀛等洗劫後，城內糧食很少，加上太平軍進城男女老幼近百萬人，糧食供應很緊張，據記載，每日男丁能分發三四兩糧食，女性減半，到後來女營只能食粥。《金陵雜記》說："賊並逐日發米谷，每日約三四兩"，女營的就少得多，"賊給之米，每人一日不過二三合，並不夠食"。《粵逆紀略》則說："每人日給米二合，煮粥食之"，"五月杪，賊提偽示，令湖南北女館俱食粥，惟廣西女館准食飯"。太平天國待廣西老兄弟厚于湖南北新教徒，被不少城內潛伏的忠于清朝的人比如張炳垣利用，煽動了一場小規模的叛亂，死者千人。
徹底鎮壓張炳垣叛亂後，又經過一番改造，整個南京城已經成了一個大軍營，城內只有兩種人，一種是太平天國政府的屬官和士兵，其余的則是他們的家屬，不存在普通百姓。直至天京變亂後，南京城內才開始有不屬于政府編制，自行謀生的普通百姓。這種軍事化改造，最大限度的擴充了太平天國的軍事實力，據稱，"金陵建都，精兵六十萬"。但南京城內完全廢除工商業，生產效率很低，糧食也無法供給，對社會生產的破壞很大，也違反了自古以來的家庭傳統。再加上其他方面的原因，南京城完全無法在糧食上做到自給自主，只能靠軍隊從其他地方征集糧草後運入城內，富庶的南京城非但沒有能夠為太平天國提供物質上的支持，反而成為一個巨大的包袱。