朝廷烏煙瘴氣，政議洶洶，大臣們不依不饒。皇帝朱見深實在頂不下去，只好下旨在西廠設立的五個月後罷廢西廠。皇帝心中喜歡汪直，更喜歡汪直所創設的新的內廷禁衛軍，對這支直屬的私人禁衛系統的辦事效率和秘密程序十分滿意——皇帝下旨廢了西廠，是迫于朝臣的壓力，心中實際上是十分不願意的。汪直體味著皇帝的無奈，更明白皇帝的期望。不久，投附汪直的無恥文人便派上了用場：禦史戴縉、王儀等進言憲宗，為汪直歌功頌德，請求恢複西廠。這樣，廢了幾天後，西廠又死灰複燃，汪直繼續提督西廠。西廠在汪直的主持下，校尉橫行了五年，直到成化十八年，汪直失寵，西廠才江河日下。這個時候，大學士萬安鄭重上奏：
往者妖狐夜出，人心驚惶，感勞聖慮，添設西廠，特命直督緝，用戒不虞，所以權一時之宜，慰安人心也。向所紛擾，臣不贅言。今直鎮大同、京城眾口一詞，皆以革西廠為便。伏望聖恩特旨革罷，官校悉回原衛，宗社幸甚。
汪直失歡于憲宗，奉命出鎮大同。憲宗看過大學士萬安的奏章後，便決定接受大臣們的建議。于是，在成化十八年(公元1482)三月壬申日，憲宗下旨廢除西廠。西廠這支特別的內廷禁軍，從成化十三年(公元1477)設立，到成化十八年罷廢，前後曆時五年有余。西廠的興衰實際上是內侍汪直的榮寵興衰史：汪直在皇帝需要的時候奉旨組建了這支特別秘密禁衛軍，壞事做絕，天下沸騰；五年後，皇帝沒有興趣了，汪直便失寵，西廠也隨之踏上了窮途末路——由此可見，內廷禁軍的興衰取決于皇帝的好惡，皇帝創造它，也可以輕而易舉地消滅它。
西廠在明代第二次設立是在明武宗正德初年。經過一場殊死的艱難較量，劉健等外朝大臣敗北，劉瑾等八位以內侍為代表的內侍集團在少年皇帝朱厚照的支持下掌握了禁衛軍，從而控制了正德初年的政局——劉瑾在正德元年(公元1506)十月贏得了一直被伺候長大而入主帝位的正德皇帝的信任，被正德皇帝授命入掌內廷第一衙的司禮監，並兼提督團營。這樣，劉瑾既控制了內廷禁衛軍，又統領著京師禁旅，兵權在握，開始了大規模的反攻倒算。兵權、政權全歸劉瑾等八位內侍，人稱正德八虎。
劉瑾掌管禁衛軍總指揮權以後，立即任命心腹內侍丘聚提督東廠，命另一個心腹內侍谷大用提督西廠。西廠再次以內廷禁衛軍的身份進入了明宮政治生活，谷大用這位新的西廠提督也就成了死灰複燃的西廠的代表。谷大用重新執掌西廠即西廠重開的日子是在正德元年(公元1506)十月戊午日。谷大用重開西廠後，馬上召集人馬，很快就建立了一支機構完善、人員眾多、兵強馬壯的內廷禁衛軍。這支內廷皇家禁軍衣飾華麗、裝備精良，威風凜凜。五年後的正德五年(公元1510)八月，劉瑾被八虎之一的同黨張永搞垮，以謀逆罪被判處死刑，谷大用也在這一年辭去西廠事，西廠土崩瓦解。兩年後的正德七年(公元1512)，武宗朱厚照又念舊情，想重用舊時心腹，打算起用谷大用再建西廠。但大學士李東陽等堅決反對，西廠建立不久便壽終正寢。
西廠第二次設立實際上也是僅五年多的時間，但這五年比起汪直時的五年在威儀、偵伺、緝捕上毫不遜色，而且在氣勢上實在是有過之而無不及，名聲遠播于窮鄉僻壤。劉瑾是皇家禁衛軍的總提督，下面左膀右臂的便是兩支內廷禁軍東廠、西廠和皇帝的私人衛隊錦衣衛。提督東廠的丘聚和提督西廠的谷大用都是劉瑾屬下，都互相爭寵，彼此競賽邀功，結果是東廠和西廠官校、番役橫行宮禁、京師，蹤跡遠及邊邑、村鎮，連偏僻不毛之地的百姓都知道，都為之戰戰兢兢——邊遠州邑的庶民百姓只要看見有人騎著高頭大馬，身穿華麗富貴的衣服，說著京話，有著京師口音，便知道是廠尉官校到了，人人避之唯恐不及；地方官員一見這些內廷禁軍，便只有叩頭和獻上財寶厚禮的份兒——地方官員沒有嚇出尿來就算是有些膽量。這樣，以至一些流氓無賴乘機趁火打劫，干脆就裝扮成廠尉官校，橫行不法，敲詐勒索，官吏、百姓連大氣也不敢出，誰還敢分個青紅皂白?