撤退命令下達後，87師、88師趁當面日軍第六師團收縮後撤的機會，迅速安排撤退，103師、112師、教導總隊二旅三團余部也相繼撤退。
這國軍打仗，撤退的時候最可怕，因為一遇大規模撤退，各部隊總是爭先恐後，誰都怕留在後面殿後。特別是中央軍，一撤退往往就是大官先跑、小官後跑，到最後弄得士兵找不到指揮官。曆史上南京失守時，就出現過很悲哀的一幕：一群撤退士兵在下關附近與追上來的日軍相遇，可惜沒有一個軍官指揮，最後士兵們求著一個管後勤的中校出來指揮。這中校說他只懂後勤，不懂打仗，不會指揮。士兵們央求著說：“長官只要下令讓我們打就可以了。”這個軍官這才下令反擊，這事現在看起來有點象黑色幽默，但確實是事實，也從另一個方面證明了國軍訓練的呆板。
現在情況雖然好了許多，日軍第六師團被打的收縮了陣地，但87師、88師撤退的情況還是亂的很，王敬久很無奈，知道這樣下去一旦被日軍追上，麻煩就大了。與孫元良和蕭山令一商量，蕭山令就自告奮勇，要求率領他指揮的憲兵部隊殘部殿後，掩護主力快速撤退。
王敬久不好意思讓部隊基本打光的蕭山令殿後，想抽調自己的部隊，蕭山令傷感地說：“不要爭了，我們對南京地形熟，怎麼著都能摸出去。你們快走！”
王敬久這才給蕭山令補充了些彈藥，率領主力撤退了。
打巷戰的霍守義和戴之奇的情況也很糟糕，在日軍精銳兵團的猛攻下，兩個師損失慘重，部隊又和日軍攪在一起，這邊一松勁，那邊就撲上來了。這撤退命令一下來，各部隊無心再戰，紛紛後撤，馬上就亂了陣腳。
好在那個時候雜牌軍小部隊的凝聚力比中央軍強，因為雜牌軍最怕部隊瓦解，基層軍官都有一套收攏人心的土辦法，和士兵的關系一般都比較牢固。這樣一來，就很容易形成小部隊各自為戰。等萬式炯率領余部從火線上扯下來時，已經聯系不上代理師長戴之奇了。
這萬式炯確實硬朗，硬是指揮部隊邊打邊撤，沿途不停地收容掉隊士兵，在夜色掩護下，向下關撤去。
被打了個冷不防的谷壽夫中將，終于明白中了中國軍隊的奸計，惱羞成怒之下，下令全師團入城，追擊中國軍隊，消滅一切敢于抵抗的中國人。
第六師團這一發力，馬上就追上了蕭山令率領的負責殿後的憲兵部隊殘部。蕭山令勝在地形熟悉，能充分發揮火力；谷壽夫勝在裝備先進，部隊訓練有素。但戰爭有它的鐵法則，雖然蕭山令他們有著與敵同歸于盡的死戰之心，還是阻擋不住日軍的鐵蹄。
夜越來越深了，六朝古都南京城里卻到處都是火光，風兒飄來，夾雜著日軍的槍炮聲、狂喊聲和裝甲車、坦克車馬達的轟鳴聲。
蕭山令知道，日軍已分幾路大舉入城，已基本控制了南京，忍不住黯然神傷，看了一眼夜色中的南京，眼中淚光瑩瑩。回頭對身邊剩下的約一個連的弟兄們吼道：“南京雖然在我們手里丟了，但我們沒有給國人丟人，我們殺傷了大量的日軍，我們是好樣的！弟兄們，把炸藥包和把手榴彈准備好，等敵人上來時，炸他狗日的！炸完就撤。”
日軍又追上來了，還是老一套，坦克和裝甲車在前，步兵在後，射擊著，往前追來。
看看鬼子到跟前了，蕭山令一聲令下，登時手榴彈和炸藥包就砸了下去，砸得鬼子鬼哭狼嚎。
蕭山令裂著嘴笑了一下，站起來剛喊了聲“撤”，一發子彈就打中了他。蕭山令身體晃了一下，罵了句狗日的，正要低頭查看傷口，又是幾發子彈打來，蕭山令再也支撐不住，摔倒在地。
等幾個弟兄跑過來拉起蕭山令，他已經再也睜不開眼了。幾個人背著犧牲了的長官，隱入了夜色。
到天明的時候，日軍已經徹底占領了南京，膏藥旗也飄了起來。
松井石根接報大喜，激動得忙給大本營發報，稱已于15日晨徹底占領支那首都南京。
這一天，日本國內陷入了瘋狂，報紙上連篇累牘都是介紹南京和占領南京的新聞，電台上也是一會兒播占領南京新聞，一會兒放歌曲，不停地折騰。就連普通的日本民眾，也都發了失心瘋，見面攀談必然要說南京大捷，必然要說吉住良輔中將小的時候就曾經偷看過某君母親雪白的胸脯，某某君的妹子曾經與谷壽夫中將共浴溫泉，某某某君的妻子曾經是中島今朝吾中將的情人，只不過現在將軍忙于征戰支那，顧不上回來與情人一敘舊情罷了。甚至有人斷言，以如此精銳的大日本皇軍，如果殺向蘇聯，估計可以直下莫斯科。如果與美軍對壘，估計也沒有問題。反正大日本子民的身高有點問題，急需改良人種，打誰都是打，還不如干脆玩大一點，打一下蘇聯或美國，那樣就可以實施改良人種的千年大計、萬年大業了。
特別是那些瘋狂的日軍少女，竟然紛紛要求做慰安婦，到支那去慰問勞苦功高的皇軍勇士。
一時間，日本國內烏煙瘴氣，人人都象喝多了酒一樣，暈暈乎乎地，不知道自己是老幾了。
倒是進占南京的幾個日軍師團長高興不起來，原因無他，搜遍南京，竟然沒有找到幾個活著的中國人。費盡千辛萬苦，耗費了那麼多的彈藥物資，犧牲了那麼多忠勇的皇軍將士，這南京竟然是一座空城！
吉住良輔、谷壽夫、中島今朝吾幾個日酋會師後就聚到了一起，開始還是討論中國軍隊主力去向，說著說著就開始了互相指責，到後來竟然發展到了巴嘎巴嘎不離口，最後，幾個家伙順理成章地互相問候開了對方家的女性，結果自然是厮打到了一起。
第九師團第六旅團旅團長秋山義允少將，被巨大的反差刺激得神經失常，拔刀連砍三個衛兵，脫光軍服，裹著一片兜襠布，揮著戰刀，在南京的大街上滿街亂竄，嘴里還不停地喊著：“卑鄙的支那人，膽小的支那人，給我滾出來，還我的第七聯隊！”惹得路邊宿營的日軍士兵紛紛躲避，唯恐一不留神，做了這個神經病少將的刀下鬼。
等松井石根趕到南京、視察了南京攻防戰的戰場情況後，臉色由紅轉白，再轉成青色，最後成了一片醬紫色。
一群日軍高級將領圍在松井石根身邊，大氣都不敢出一下，生怕松井石根大將盛怒之下，說出一些羞辱的話，讓人下不來台。
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這松井石根上陸軍士官學校時以第二名畢業，上陸軍大學時以第一名畢業，是日軍中有名的攻堅戰專家和老牌中國通。此人身材短小，但野心極大，曾經與胡漢民、陳濟棠、李宗仁、白崇禧、張群、蔣介石等人會談過，平時最大的願望就是推行大亞細亞主義，侵占中國。
這家伙最喜歡在中國煽風點火，哪里一旦發生事變，他只要能插上手，就必然暗中資助，巴不得中國越亂越好。
這次淞滬會戰，日軍大本營又把涉嫌參與謀殺軍務局長永田鐵山的皇道派核心大將松井石根重新征召入伍，任命為上海派遣軍司令官，後組成華中方面軍時，又任命他為華中方面軍司令官，統一指揮上海派遣軍和第十軍，目的就是為了攻占南京，圍殲中國軍隊主力。
松井石根在離開日本前往上海前，就對送行的陸相杉山元說，這次無論如何要打到南京。現在，南京已經占領，但他萬萬沒有想到，中國軍隊竟然金蟬脫殼，在給日軍以重大殺傷後，全身而退。
松井石根此時恨不得將幾個師團長一個個耳光招呼，但他畢竟是幾十萬大軍的統帥，這風度氣質還是要的。因此，心情平複後，他下令各師團統計戰損，鞏固占領區，加強南京防衛，然後就召開了記者招待會。
記者招待會上，松井石根大將滿面春風，洋洋自得地宣稱，皇軍占領支那首都，既說明皇軍戰力強橫、支那軍不堪一擊，又說明建立日滿華利益共同體的時機已經成熟。今後，皇軍將不以蔣介石的國民政府為對手，要集中力量，徹底摧毀反日勢力。
被日軍請上飛機趕來南京進行采訪的哈雷特·阿班還是一副美國人特有的打破砂鍋問到底的脾氣：“大將閣下，我是美利堅合眾國《紐約時報》駐中國首席記者。我想請問，貴軍已經占領南京，可是我發現，南京城似乎是一座空城，好像這里的老百姓都跑光了。大將閣下，你能解釋一下這是什麼原因麼？”
松井石根看了一眼阿班，滿臉堆笑：“這位記者先生的觀察力很敏銳，我很佩服。是的，南京現在是沒有居民，那是因為我軍入城後，發現居民基本上都面黃肌瘦、衣不蔽體，本著人道主義精神，我軍將這些貧苦的中國人全部保護了起來，准備從大日本帝國運送衣服、糧食和藥品，徹底解決這些人的生活問題。等他們有了衣服穿，有了糧食吃，我們再邀請記者先生前來訪問。”
前往采訪老百姓，把他們平安的消息發回美國。不知道大將閣下能否批准。”
松井石根這下的語氣有點冷了：“這位記者先生，據我所知，大日本帝國和美利堅合眾國有著良好的外交關系，事關軍事行動，請記者先生不要節外生枝，給日美關系抹上一絲陰影。這對你和你的家人，都沒有好處。”
哈雷特·阿班不吃這一套，這家伙有點缺心少肺，接著就說：“大將閣下，你這樣威脅我，是侵犯我的新聞自由采訪權。我對此表示抗議！我知道，貴軍占領了中華民國的首都南京，戰斗應該很激烈，中國軍人犧牲很大是應該的。不過，我這一路行來，發現貴軍戰死者的遺體似乎要比中國軍人的遺體多了許多。請問大將閣下，這場南京保衛戰真的是貴軍取勝了麼？”
松井石根的皺紋越來越深，聲音聽起來陰森森的：“這位記者先生，大日本皇軍的戰績是不容懷疑的，我們已經是南京的主人了，你能站在這里向我提問就說明了一切。我很懷疑，你是否收了支那人的錢或者美女，帶著不可告人的目的前來破壞我們的記者發布會。我覺得，有必要將你送交美國大使館，請你們的大使先生來指導你應該怎麼和大日本陸軍大將說話。”
說完，松井石根大將揮了一下手，身邊沖出幾個如狼似虎的衛兵，用明晃晃的刺刀頂住哈雷特·阿班的胸脯，將他一直逼出了會場，塞上汽車，一溜煙地拉跑了。
松井石根再也沒有心情吹噓下去了，根本不理會一群美歐記者們的抗議聲，邁著鴨子一樣的步伐，出了記者招待會場，揚長而去。
就在日軍攻陷南京的時候，華北方面軍司令官寺內壽一大將在北平也導演出了一場丑劇，成立了中華民國臨時政府，王克敏任行政委員會委員長，湯爾和、高凌霄、齊燮元、董康、江朝宗、王揖唐、朱深等七人任委員。其中，行政委員會下設四部，行政部由王克敏主持，治安部由齊燮元主持，法制部由朱深主持，賑濟部由王揖唐主持。議政委員會由湯爾和任委員長；司法委員會由董康任委員長。以後行政委員會增設教育、建設、財政等部，並改行政部為內政部。偽“臨時政府”決定改北平為北京，懸掛五色旗。
這王克敏，是浙江余杭縣人，清末舉人，曾任駐日公使，三度出任北洋政府的財政總長，以後又擔任張學良署辦的北洋財政整理委員會副委員長。這家伙看上去鳩形鵠面，狀如骷髏，因淫亂過度兩眼畏光，不得不常年戴一副墨茶眼鏡，人稱“王瞎子”。
孔子說老而不死謂之賊，說的就是王克敏這類人，不但老而不死，而且甘心做賊，滿腦子都是榮華富貴、吃喝嫖賭，沒有一點羞恥感。做了傀儡的王克敏，不但沒有感到自己是日本人手中的玩偶，反而出主意想辦法，唯恐中國毀滅的太慢。
偽臨時政府成立會議後，王克敏顧不上回家歇息一下，就慌忙跟著寺內壽一大將的屁股來到了華北方面軍司令部。先是跪下來給寺內壽一磕了三個響頭，然後就用日語嘰里呱啦、千恩萬謝地感謝司令官閣下的再造之恩。完了，才說清來意，就是要大規模地擴充部隊，維護華北乃至整個皇軍占領區的治安。
寺內壽一很欣賞王克敏，認為他在這群頭面漢奸中最精明能干。見王克敏一上任就提出這麼好的建議，寺內壽一連聲說喲西，接著就誇贊王克敏有頭腦有眼光，讓他放手去做，大日本皇軍會大力支持他的。
然後，寺內壽一話鋒一轉，就說聽說王君對于鑒賞女色很有一套，家里藏有絕色，有機會的話是不是請本司令官前往鑒賞一番。
王克敏此時早已天良喪盡，哪里還知道什麼羞恥二字，立馬就說多謝司令官賞臉，聽說司令官閣下龍精虎猛，內人們盼司令官如盼甘霖。擇日不如撞日，司令官如果有雅興，現在就可前去鑒賞。
樂的寺內壽一眉毛都笑的直抖，連說王君對大日本帝國大大的忠誠，朋友的干活。說完，也不管他派出去的部隊進攻到了什麼位置，跟著王克敏就去開展另一場攻堅戰了。
張治中一直在浦口等到87師、88師、102師、112師全部撤退，下令各部隊迅速分頭轉進，到指定位置集結。自己還一直帶著衛隊隨74軍守在浦口，等候殿後的蕭山令。
直到天色微明，最後撤退的憲兵部隊才趕到浦口。張治中一見三個團的憲兵部隊最後只剩下了30多個人，司令官蕭山令戰死，登時就淚如滂沱。向回來的士兵們一一敬禮後，張治中命令這些憲兵隨自己的衛隊行動，將蕭山令的遺體帶回，然後就下令74軍撤防轉進。
接到張治中南京保衛戰勝利結束、我軍殲滅日軍1萬余人，憲兵副司令蕭山令少將殉國的電報後，蔣介石默然不語，隨即下達命令，追授蕭山令國民革命軍陸軍中將，稱此次南京保衛戰，曆時雖短，但既轉移了民眾和工廠，又重創了日軍，取得了重大勝利。我軍雖然撤出南京，但取得了戰略上的主動；日軍雖然占領了南京，但沒有達成圍殲我主力的戰略目標。以後各戰區作戰，務必學習南京保衛戰經驗，發揚犧牲精神，積極主動尋殲敵人。
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