馮友蘭近年從文化沖突的角度對曾國藩同太平天國的斗爭賦予新的涵義，指出太平天國本質上是一場宗教革命。因此對曾國藩的評價問題提出不同于前述“劊子手”的看法。他認為：
“中國維新時代的主題是向西方學習，進步的人們都向西方學習，但不能倒過來說，凡向西方學習的都是進步的人們。這要具體地分析，要看他要學習的是什麼。中國所要向西方學習的是西方的長處，並不是西方的缺點，洪秀全和太平天國所要學習而搬到中國來的是西方中世紀的神權政治，那正是西方的缺點。西方的近代化正是在和這個缺點的斗爭中而生長出來的，中國所需要的是西方的近代化，並不是西方中世紀的神權政治。洪秀全和太平天國如果統一了全國，那就要使中國倒退幾個世紀，這是我對于洪秀全和太平天國的評價。這個評價把洪秀全和太平天國貶低了，其自然的結果就是把它的對立面曾國藩抬高了。曾國藩是不是把中國推向前進是可以討論的，但他確實阻止了中國的倒退，這就是一個大貢獻。
“洪秀全和太平天國在南京以西方的基督教為教義，以神權政治為動力，以太平軍的武裝力量為支持，三位一體，力量雄厚。曾國藩以宋明道學為理論，以清朝政權為靠山，以湘軍的武裝力量為支持，與太平天國的三位一體勢均力敵。曾國藩和太平天國的斗爭，是中西兩種文化、兩種宗教的斗爭，即有西方宗教斗爭中所謂‘聖戰’的意義。這是曾國藩和太平天國斗爭的曆史意義。曾國藩認識到，在這個斗爭中所要保護的是中國的傳統文化，特別是其中的綱常名教。從這一點說曾國藩是守舊的，他反對中國進步。籠統地說是這個樣子，但分析起來看，守舊和進步是相對而言的。綱常名教對于神權政治說還是進步的。”
台灣、香港學者大多對曾國藩評價較高，認為其在曆史進程中起到了積極作用。
蘇同炳在其《中國近代史上的關鍵人物》一書中評價道：
“曾國藩在他所生存的時代中是一個出類拔萃的人物……曾國藩雖然是清代末年的偉大人物，但他不是天才。他的成功，得力于他的勤學不懈與終生篤實踐履。他的朋輩與僚屬受到他的感化，人人以進德修養及負責盡職自期，所以才能團結眾心，群策群力，夷平大難，轉移風氣。曾國藩的道德文章，即使不能說是千古以來所罕有，至少在清代是第一流的人物。尤其是在道光咸豐以後，人心日偷，整個國家社會都有分崩離析之危險的時候，竟然能有曾國藩這樣一個節行文章俱屬卓犖不凡的人出來挽救國家危亡，轉移社會風氣，實在可說是國家與人民的福分……”
王爾敏這樣評價曾國藩：
“曾國藩固亦如常人者，而其深厚之學識修養，堅貞之志節毅力，則遠非常人所能及。曾國藩帶兵日久，曆經折磨，迭遭傾擠，無不逆來順受，忍辱含垢。經過長期奮斗，終能建立大勳，功名蓋世。此種堅苦貞定之毅力，實為曾氏過人之長。用于當日官場，乃最有效之適應方式。”
百余年來，史家蔣廷黻對曾氏之評價可謂最為公允詳盡。他說：
“曾國藩是中國舊文化的代表人物，甚至于理想人物。……平心而論，曾國藩要救清朝是很自然的，可原諒的。第一，中國的舊禮教既是他的立場，而且士大夫階級是他的憑依，他不能不忠君。第二，他想滿清經過大患難之後，必能有相當覺悟。事實上同治初年的北京，因為有恭親王及文祥二人主政，似乎景象一新，頗能有為。所以嘉、道、咸三代雖是多難的時代，同治年間的清朝確有中興的氣象。第三，他怕滿清的滅亡要引起長期的內亂。他是深知中國曆史的，中國幾千年來，每次換過朝代，總要經過長期的割據和內亂，然後天下得統一和太平。在閉關自守、無外人干涉的時代，內戰雖給人民無窮的痛苦，尚不至于亡國。到了十九世紀，有帝國主義者繞環著，長期的內亂就能引起亡國之禍，曾國藩所以要維持滿清，最大的理由在此。