咸豐十年，江南大營再度潰敗，咸豐帝無兵無餉、無計可施之時，仍不甘心將督撫實權交與曾國藩，先命荊州將軍都興阿督辦江北軍務，廣西提督張玉良署理欽差大臣，江甯副都統魁玉署理江甯將軍；後來在萬般無奈下，方下令授予前任侍郎曾國藩兵部尚書銜，署理兩江總督，典兵之權尚且不給。直到太平軍占領余杭，才最終實授曾國藩兩江總督並以欽差大臣督辦江南軍務。
對清廷而言，依靠地方精英結團自保、練勇出隊、集隊成軍，以犧牲基層社會的低度軍事化聽任其在地方精英主宰下向高度軍事化演變為代價“防剿”太平軍，無異于飲鴆止渴。這是清廷不願意接受，又不能不接受的現實。
然不管清廷願不願意，十九世紀中期地方精英終以特殊形式進入了上層政權。且正是由于地方精英的進入，國家政權結構發生了深刻變化。
清朝官制，同為省級封疆大吏的總督巡撫之間沒有統屬關系，均直接向皇帝負責。一般來講，總督管軍事，節制省內綠營提督、總兵各官，且自轄“督標”三至五營；巡撫管民事，總管省內政務監察，也自轄“撫標”二營，用兵時負責糧餉。督撫以文人銓任，不用武人。蓋以武人知兵，不能輕與事權，文人不習兵事，不妨假以重任。平時以文制武，戰時由朝廷另外特簡經略大臣等專事征伐。一省政務另有主管民政財政的布政使、主管司法的按察使及其佐貳分守道、分巡道道員分任。總督巡撫與他們之間也無統屬關系，只行督率之責。布政使、按察使有辦事衙門，向上分別聽命于戶、刑等部，且各有專折奏事之權。
曾國藩當時卻是亦文亦武、亦官亦紳的古怪角色。他受任的欽差大臣、兩江總督，具有統轄江、皖、贛、浙四省軍務之大權，所有四省巡撫、提督以下各官，均受其節制。且前有車後有轍，不少巡撫由湘軍將領出任或兼任節制本省各鎮綠營總兵的提督銜，並加兼理糧餉銜。這樣，巡撫變成了總督的下屬。與之同時，布政使、按察使則又成為督撫的屬員。按照清制，文職道府以下、武職副將以下均由總督奏請升調免黜，這樣大批湘軍將領開始受任地方實職，相繼進入政權機構。攻陷天京後，曾國藩主動裁撤大量湘軍，湘軍遂為淮軍所取代。
一批因湘軍崛起的湖南地方精英，紛紛出任封疆大吏，以曾國藩模式掌握地方大權。所謂“楚省風氣，近年極旺，自曾滌生領師後，概用楚勇，遍用楚人”。全國總督計有八人，同治二年湘軍將領任總督者三人；全國巡撫十五缺，湘軍將領九人任七缺。“至提鎮兩司，湖南北者，更不可勝數”。值得一提的是，由于清廷不承認湘淮軍為國家經制軍隊，湘淮軍作為地方基層社會的私軍勇營，軍餉自籌。又因戰事所需，清廷被迫允許其以厘金、票鹽等形式就地籌款，自行支配。無形中，從湘淮軍領袖到督撫大員的地方精英，手中掌握了財政大權，加之所轄蘇、皖、贛三省富甲全國，軍隊乃至“七八省政權，皆在掌握”，凡設官任職國課軍需，悉聽調度，成為五髒俱全、擁有獨立軍事、財政、後勤系統，甚至學校、兵工廠的可以分權割據的力量。
湘淮軍領袖憑實力進入中央津要，左右政局，打破了清入關以來滿清貴族忌防漢人、獨攬大權的一統天下。盡管曾國藩及其繼任者並未割據分權，但他們手中掌控的政權、軍權、財權卻逐漸形成了“重地方、輕中央”的政治格局，直接影響到後來的曆史發展，為其後形成的軍閥割據局面埋下了種子。