且說侯生和盧生二人亡命而去，嬴政的憤怒是可想而知和無可指責的。別人逃跑也就罷了，可偏偏是你們兩個！要知道，我豢養的術士雖多，卻獨獨對你二人最寄厚望。凡你們所求，無不應允，凡你們所欲，無不得到。我何曾虧欠過你們？我何曾讓你們作難？試問，我還需要做些什麼，才能讓你們更加滿意？可是沒用，可是你們還是要逃！你們當我是什麼，一個可以愚弄在股掌之間的冤大頭嗎？
說起來，侯生和盧生這兩人也確實不地道，光顧著自己逃命，卻渾然不顧那些還留在咸陽的同行們的死活。果不其然，他們剛逃走沒幾天，一場災難就開始降臨在他們的同行身上。
嬴政一聲令下，還沒來得及逃離咸陽的術士們被悉數緝拿歸案，關押一處，先由禦史宣讀詔書。詔書道，
吾前收天下書不中用者盡去之。悉召文學方術士甚眾，欲以興太平，方士欲練以求奇藥。然而，韓眾入海求仙，一去再無音訊。徐市等費以巨萬計，終不得藥。盧生等吾尊賜之甚厚，冀望極深，數年來卻毫無所獻，徒奸利相告日聞，欺吾仁厚而不忍責罰也。今盧生等不思圖報，乃亡命而去，又複誹謗于我，以重吾不德。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或為妖言以亂黔首。
詔書宣讀完畢，接著就是要老實交待問題了。嚴刑拷打之下，諸生為求自免，互相揭發，乃至不惜編造，牽引誣告。審理下來，得犯禁者四百六十余人，皆坑于咸陽，使天下知之，以為警戒。
此一事件，後世往往和焚書並列，合稱為焚書坑儒。但究其原委，所謂坑儒，本只是對良莠不齊的術士隊伍的一次清理整頓而已。這被活埋的四百六十余人，乃是候星氣、煉丹藥的術士，並非儒生。司馬遷在《史記•；儒林列傳》中也有明言：“及至秦之季世，焚詩書，坑術士。”可見，根本就沒儒生什麼事。
那麼，坑術士又是在何時開始被誤傳為坑儒的呢？
首先提出坑儒的，是在東晉年間。梅頤獻《古文尚書》，附有孔安國所作的《尚書序》，其中有云：“及秦始皇滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士，逃難解散。我先人用藏其家書于屋壁。”這時，坑術士第一次被變性為坑儒。後來，隨著《古文尚書》被定為官書，坑儒的說法于是沿襲下來，遂成定論。
對于梅頤所獻的《古文尚書》及孔安國所作《尚書序》，前人多有辨疑，到了清代，其偽書的身份已成蓋棺定論。
偽造者雖千差萬別，心態卻完全一致，那就是莫不希望以假當真，成功蒙蔽世人。譬如，造假書畫的人，在造假完畢之後，總會不憚辛苦，再偽造出名家的印章和題跋，以標榜名家品鑒，流傳有緒。《古文尚書》的偽造者雖已不能得知，但其心態卻也同樣如此，所以才會多偽造出《尚書序》來，並假托在孔安國名下，以形其真。
偽造者將坑術士改為坑儒，其實也只是為了引出下句“我先人用藏其家書于屋壁”，從而表示《古文尚書》其來有自。考其最初用意，大概也只是欲售其偽，並無心向嬴政潑髒水。後世卻據此將坑儒判為鐵案，想必是大大出乎其意料之外的了。
作為掌握了主流話語權的儒者，他們也無意糾正這一錯誤。一方面，他們高唱複古師古之調，另一方面，他們卻又深諳一切曆史都是當代史的道理，只要曆史有利于當下，則其真偽又有什麼要緊的呢？
從理智上，他們也許懷疑坑儒是否確有，但從利益和感情上，他們卻甯願相信坑儒是為必有。
坑術士變成了坑儒，對他們無疑是有利的。這樣一來，嬴政就成了一個負面典型，可以被他們經常拿來念叨，他們念叨的目的，還是不外乎給當時的帝王聽。你看，嬴政就因為坑了儒生，帝國迅速土崩瓦解不說，還落下了千古罵名。所以，陛下英明，不用微臣再多提醒……
坑術士變成了坑儒，也可以滿足他們的感情需求。這倒不是說他們患有“被迫害妄想症”，而是他們作為一個群體，要維持自己的團結和信仰，除了聖賢經典之外，同樣需要一些殉道者，一些聖徒。而話語權在握，自然可以為本群體追認烈士，即使這些烈士並不存在，那也可以通過修改史料創造出來。而有了這些殉道者的存在，他們這一儒家群體也就添加了無限的榮耀和光輝。
儒者將坑術士攬到自己頭上，心安理得地將自己打扮成受害者，並從中得到了莫大的安慰。如果你說坑的其實不是他們，他們一准得跟你急，你干嗎不坑我們儒生，你瞧不起我們還是怎麼的？
然而，恕我直言，在當時嬴政的心目中，儒生的地位的確遠不如術士高。儒生只會以古非今，而術士卻可以讓他成仙不死，兩者的重要性自然不可同日而語。以儒生當時的地位，也根本不可能引得嬴政如此大動肝火，痛下殺手。
當然，自漢以來，儒家的地位迅速提高。時至今日，儒依然作為一個褒義詞而存在。比如說儒商，雖實際是商，卻也得把儒擺在商前面。然而，儒商這詞，其實和後現代這類詞一樣，純屬胡言亂語，不知所云。儒商不兩立，要麼就儒，要麼就商，焉能兼得？