說到焚書，人們馬上就會聯想到坑儒。坑儒發生在焚書的次年，即嬴政三十五年，其由來是這樣的：
且說六年之前，嬴政狂熱地迷上了仙人和不死神藥，四處籠絡和招攬術士，酬以重金，資助他們為自己去尋訪仙人和不死神藥。前後幾次尋訪，都以失敗告終。嬴政並不氣餒，資助的規模和力度反而越發加大。
于是乎，在術士的小圈子內，交口傳遞著這樣的消息：此處皇帝傻，錢多，速來。一時間，滿世界的術士云集咸陽。嬴政倒也是多多益善，來者不拒，只要術士提出一個idea，馬上就能圈到一筆龐大的經費。嬴政心中清楚，這四方奔來的術士，泰半都是東郭先生，可是沒關系，他不在乎這些錢。路漫漫其修遠兮，吾將廣種而薄收。
然而，一晃眼六年時間過去了，連仙人和不死神藥的影也沒見著。術士們不免心虛起來，事已至此，不管好賴，總得給嬴政一個交待。術士們也不傻，自然不會老實承認道，世上本沒有仙人和不死神藥，因為我們術士多了，所以就有了。他們可不想砸了自己的飯碗，他們還想繼續從事這份無本萬利的職業，于是行起緩兵之計，將失敗的責任推到嬴政身上。
術士盧生向嬴政彙報道，臣等之所以屢次求仙人和不死神藥而不得，是因為有惡鬼從中作祟。陛下應該忘記皇帝的身份，將自己打扮成普通人，以避開惡鬼。避開了惡鬼，則真人自至。陛下也不能處理國事，不能接觸朝中大臣，否則就不能恬倓，為真人不喜。陛下所居之宮，亦不可讓任何人得知。陛下做到了這些，就一定可以得到不死之藥。
盧生這一番堂皇的理論，未嘗不是一種自脫之術。讓嬴政放棄權力，遠離國事，與世隔絕起來，這個要求未免高得有些離譜。按盧生的想法，最好就是嬴政知難而退，不願配合，然後求仙這事就這麼自然而然地黃掉。無奈，嬴政已是走火入魔，真信了盧生的話。為了成仙不死，這點代價算得了什麼！
嬴政誠意十足。他首先放棄了“朕”這一皇帝的專用自稱，改而自稱真人。又按照盧生的建議，將咸陽二百里之內的宮觀，以複道和甬道相連，每個宮觀之內，皆充以帷帳鍾鼓美人，以亂人視聽。行蹤所到之處，膽敢泄漏者，罪死。
帝國的政務處理，照舊在咸陽宮內進行，只是嬴政不再出席。群臣奏事，則對著空空的皇帝寶座，仿佛是在對著藍幕表演，煞是考驗他們的演技。
某日，嬴政駕幸梁山宮，從山上見丞相李斯車騎甚眾，心中大為不快。有中人悄悄轉告李斯，李斯于是輕車簡從。嬴政知道後大怒，道：“此中人泄吾語。”尋找泄密者，無人應承。于是詔捕當時所有在身邊的人，一律殺之。從此之後，再無外人得知嬴政的行蹤。
嬴政此舉，雖未必是沖著李斯去的，卻也讓李斯的面上很不好看。而在那些術士們看來，嬴政為了成仙，連丞相李斯，他最親密的戰友，都不惜翻臉，可見其對成仙的認真和執著。
嬴政越執迷不悔，給術士的壓力則越大。如果一旦嬴政意識到自己被騙，則他將要展開怎樣的報複！要知道，嬴政可不是《皇帝的新衣》里面那個笨蛋皇帝，他是絕不會吃啞巴虧的。
那些先知先覺的術士，開始惶惶不可終日。這次是蒙混過關了，可下次呢？再這麼欺騙下去，遲早要出事，而且一出必是大事。富貴誠可貴，性命價更高，三十六計，走為上策。
最早開溜的術士是侯生和盧生。荒謬的是，臨走之前，兩人還煞有其事地來了一場技術探討，得出嬴政求仙必然不能成功的結論。而這段談話，也不可思議地被史冊記載了下來：
侯生和盧生相與謀曰：“始皇為人，天性剛戾自用，起諸侯，並天下，意得欲從，以為自古莫及己。專任獄吏，獄吏得親幸。博士雖七十人，特備員弗用。丞相諸大臣皆受成事，倚辨于上。上樂以刑殺為威，天下畏罪持祿，莫敢盡忠。上不聞過而日驕，下懾伏謾欺以取容。秦法，不得兼方，不驗，輒賜死。然候星氣者至三百人，皆良士，畏忌諱諛，不敢端言其過。天下之事無小大皆決于上。每日批複表箋奏請，重達一百二十斤，不滿不休息。貪于權勢至如此，未可為求仙藥。”