接著他就要做第二階段的准備。
清軍的力量如果占絕對優勢就不好辦了。那樣就會帶來雙重困難。
在絕對優勢的面前投降，今後肯定不會得到重用。最好的情況是戰爭打個平手時，由于自己倒戈而使清軍獲勝。不過，即使如此，如意算盤也許還會落空。
再說，如果清軍以壓倒性優勢控制了南方，長年培植起來的鄭家勢力就會被摧垮。
所以需要使清軍在南征中遭受重大的損失，因此他才讓鄭家的部將也跟隨隆武帝親征。
可是，鄭芝龍帶著陳謙到建甯來一看，了解到隆武帝根本打不了仗，不僅不可能使對方蒙受損失，說不定還會把自己的鄭氏兵團搭進去。
那麼，讓誰來承擔打擊清軍的任務呢？——鄭芝龍下了狠心，決定讓鄭成功來干，把配備給隆武帝的部隊交給兒子鄭成功來指揮。
鄭芝龍的理想是在中國的南半部建立鄭家王國。過去他已在福建南部建立了一個小小的王國，他想乘這次戰亂的機會來擴大這個王國。
鄭家的王國有三種可能：一、完全獨立的王國；二、在明王朝的下面，獲得其承認的王國；三、獲得清國承認的地方王國。
當然是第一種完全的獨立最理想。但要做到這一點，鄭芝龍考慮到需要有荷蘭和日本的援助。
把二和三比較，鄭芝龍准備放棄二。現在的狀況最接近于二，但一看建甯的狀況，他不由得悲觀起來。
鄭芝龍徹底放棄了第二種打算，是在來到建甯數天以後。
他在行在所前面的官邸里接到一個緊急報告。
“陳謙大人被捕，陛下已宣布了他的死罪。”
鄭芝龍大驚失色。
“什麼？！”
鄭芝龍把陳謙帶到建甯來，答應保證他的生命安全，而且向隆武帝提出請求時說：“陳謙是臣最親密的朋友，請陛下一定賜見。”
隆武帝明知陳謙是鄭芝龍的好友，卻宣布了他的死罪。
“是什麼罪名？”鄭芝龍問道。
“說是魯王的書信中稱陛下為皇叔父。”報告人回答說。
“這有什麼不好？！”鄭芝龍一向討厭那些不會打仗還想坐上席的文官，他這個人確實不那麼拘泥于序列，對繁瑣的形式也不擅長。
“大概是沒有稱陛下吧。”這位由行在所里鄭家將領派來的報告人，大概原來也是個小海盜，對朝廷的那一套規矩更是一竅不通。
“皇”字是有關皇帝的稱呼。皇太子就是皇帝的太子，皇後就是皇帝的妻子。那麼，“皇叔父”當然就是皇帝的叔父了。
鄭芝龍按此類推，也模模糊糊地明白了隆武帝為什麼要發怒。
魯王是隆武帝的遠房侄兒，他送來了一封信，信中稱隆武帝為“皇叔父”。這大概讓隆武帝嗅出了這樣的味道：“我魯王才是皇帝，你不過是皇帝的叔父。”
隆武帝經曆過逆境，在某種意義上是很精明的。可是一碰到皇室的身份關系，他就固執到一步也不退讓。
“即使這是一封失禮的信，失禮的也是魯王，不能歸罪到使節陳謙的身上。信是密封的，魯王也可能把大致內容跟他說過，但他並沒有看過信，不會知道稱呼是寫著皇叔父。陳謙是無辜的，不能見死不救！”鄭芝龍越說越激動。陳謙是他的為數不多的密友之一，他不能坐視密友無辜被殺。他大聲地喊道：“這叫什麼事呀！”
“大人責怪小的也沒辦法啊！”報告人不知如何是好。
“好吧，你去跟陛下身邊的錢禦史說，就說我鄭芝龍願意放棄賞賜的一切官職、爵位，以贖陳謙一命！”鄭芝龍倒豎著濃眉，這麼說道。
隆武帝身邊的這位錢監察禦史，原來是鄭芝龍的幕僚。他以前多次參加過科舉考試，但每次都名落孫山，沒有辦法才當了鄭芝龍的幕僚。沒想到隆武帝在福州建立了朝廷，鄭芝龍把他派了進去，撈了一個接近宮廷最高領導集團的監察禦史的職位。
錢禦史為此而欣喜若狂。這位落第書生曾經多少次夢想過自己能當上大官、出仕朝廷啊！而現在這個夢想竟變成了現實。不論發生什麼事情，他也要抓住禦史這個寶座不放，再也不願回到海盜的手下去當什麼幕僚。