現在錢禦史害怕的是再回到他原來的位子上去，因此他必須勤勤懇懇地效忠于隆武帝。他最擔心的是人家把他看做是鄭芝龍派進來的人。要使人家不這樣看，最好的辦法是做出不利于鄭芝龍的事情。
鄭芝龍把營救陳謙的事委托給他昔日的幕僚錢禦史，而現在這位錢禦史卻是最不可信的人。
“浙江的魯王對陛下即位很不高興，他想自己當皇帝，可是又沒有實力，因此派了鄭芝龍的密友陳謙來做活動，鼓動鄭芝龍倒向魯王一邊。因為鄭芝龍現在掌握著兵權。現在如不殺陳謙，他一定會進行種種陰謀活動。我看下決心把陳謙斬首算了。”錢禦史向隆武帝這麼說，起了挑撥離間的作用。
“那麼，明天處決吧。把他帶到軍隊的刑場上斬首。”
“明天太晚了。鄭芝龍已經知道了陳謙要被處死的消息，他要求用自己的官職、爵位贖取陳謙的性命。再說，要帶到軍隊的刑場上行刑的話，走出行在所就是鄭芝龍的官邸，說不定他會干出劫持罪犯的行動。鄭芝龍這幫人是海盜出身啊！”錢禦史閉口不提他自己過去所干的勾當。
“在行在所斬首嗎？這可有點兒不正常啊！”隆武帝還是認真地考慮了一下這個問題。
“現在是非常時期，采取非常措施當然也是可以的。”
“嗯，就這麼辦吧。”隆武帝下了裁決。“皇叔父”這個詞兒始終像一團火在他的腦子里燃燒著。
當天夜里隆武帝令人在行在所把陳謙斬首了。
鄭芝龍命令部下第二天清晨監視行在所的大門。行刑的地方除了軍隊的臨時刑場外沒有別處，他打算陳謙從行在所被帶走時，在門口把他搶走。
鄭芝龍認為這是盡“朋友之道”。可是行在所卻再次派來急使報告說：“陳謙大人昨夜已在行在所被誅殺！”
“什麼！”鄭芝龍大叫一聲。不，應該說是悲痛的呻吟吧。
在這一瞬間，他決定放棄在隆武帝下面建立鄭氏王國的計劃。
隆武帝明明知道陳謙和鄭芝龍的關系，卻處死了陳謙。如果是陳謙本人犯了什麼大逆不道的罪名，那還情有可原。但他只不過是一個傳話的使節嘛！
鄭芝龍恨得咬牙切齒。他心里想：皇帝既然拒絕我的要求，他也別指望我跟他合作。
皇帝一心想從江西去湖南親征，鄭芝龍下決心不但不予協助，反而要加以阻撓了。
收殮罪犯的尸體，一般只限于罪犯的家屬，而鄭芝龍卻親自出來收殮尸體。皇帝早已走進里面去了。大臣們都屏息斂聲地看著鄭芝龍的行動。
史書上記載著：鄭芝龍“伏尸哭，極哀”。
鄭芝龍放聲大哭，而且哭了很長的時間。他的目的就是要讓里面的皇帝能聽到。
“這一來可不會善罷甘休了！”大臣們面面相覷，心驚膽戰。
鄭芝龍收殮了陳謙的尸體之後，舉行了隆重盛大的葬禮。
鄭芝龍親自寫了祭文。祭文中說：“我雖不殺伯仁（陳謙的號），伯仁卻因我而死。”意思說，我鄭芝龍沒有下手殺死陳謙，但我是在保證他性命的情況下把他帶來的，而他死了，責任還在我。
鄭芝龍下令說：“用大字把參加葬禮的人的姓名寫出來，貼在牆上！”
在建甯的文武百官中，那些仰鄭芝龍鼻息的人全都參加了陳謙的葬禮，那些害怕鄭芝龍的人也克服困難，參加了葬禮。鄭芝龍一發怒，什麼事情都干得出來，沒有人不害怕他。
“對一個犯了大逆罪而被誅殺的人，居然舉行這樣盛大的葬禮，這算怎麼一回事呀！身為朝廷的大臣，竟然參加這樣的葬禮，這也太輕率了吧！”一個名叫郭遷的都督同知，在百官的面前憤慨地指責說。他素以硬骨頭聞名。
第二天在建甯城外的一條水溝里發現了郭遷的尸體。郭遷是被石頭、棍棒打死的。奇怪的是傷痕都在頸部以下，看來打死他時，歹徒特別注意不傷著他的面部。目的是讓尸體自己說話：“我就是郭遷！”
沒有參加陳謙葬禮的大臣們當然感到恐慌。
在發現郭遷尸體以後幾天，接連有三四個都督、侍郎級的大人物不見了。他們都沒有參加陳謙的葬禮。人們竊竊議論說：