1857年5月，曾國藩傾全力進攻九江。
曾國藩在軍事會議上這樣跟他的部將說，九江城高牆厚，易守難攻，城里的太平軍也是久經戰陣，戰力不俗，從兵力上來說，湘軍四萬對太平軍三萬，實力相差無幾！自古兵家攻城，必擁三到四倍于守城兵力，從這一點說，湘軍是不具備攻克九江的可能的。
但凡事不可以定論，當年武昌之役，湘軍僅兩萬眾，便攻克了六萬太平軍鎮守的重鎮，只要仔細籌劃，找准了太平軍的缺點，攻克九江還是有可能的。
九江的致命弱點就是他們的主將，偽燕王秦日綱。
此人好大喜功、剛愎自用，又好擺官架子，典型的家長作風。
曾國藩料定，秦日綱必然不會坐守孤城，定會趁著湘軍初來乍到、立足未穩之際偷襲，因此密令悍將曾國荃和李續賓各率一枝人馬埋伏在小孤山兩側，自己則親率一枝人馬虛張聲勢，前往九江城下安營紮寨。
當夜，秦日綱不顧林啟容等部將的激烈反對，果然率軍偷襲，曾國藩按事先計劃佯裝大敗而逃，秦日綱不知是計率大軍掩殺，結果在小孤山下慘遭重創，前去偷襲的一萬大軍只逃回來兩千多人。
湘軍初戰獲勝，士氣高漲，將九江城四面合圍起來，就是水門也以水師嚴密監視起來，九江城和外界的聯系被徹底切斷，陷入孤立無援的絕境。曾國荃以一貫的戰術，在九江城四周挖掘暫壕，准備以攻克吉安的戰術，長期圍攻九江，待九江城彈盡糧絕之後自行告破。
秦日綱再度否定林啟容等人的建議，太平軍緊閉四門，任由湘軍在城下鬧翻天也相應不理，結果曾國荃環繞九江城的暫壕挖掘完成，形成了一道堅固的封鎖線，太平軍要想突破這道封鎖線已經沒有可能了。
到了5月底，九江城里的情勢已經十分嚴峻了，萬不得已，秦日綱只得命令周國虞集結了太平軍水師，發起了一次自殺式攻擊，不求克敵只求逃出一兩艘船，向天京求援。結果，周國虞戰死，其弟周國賢率殘部順江而下，在安慶又遭受塔齊布部將周公望伏擊，最後僅剩十余艘小船逃到天京。
至此，太平軍水師已經全軍覆滅，千里長江已經不再控制在太平軍手里了。
6月初，洪秀全認為西線局勢惡化，天京外圍松動，不宜再行北伐，遂不顧韋昌輝的極力反對，詔命石達開率北伐軍主力南下返回天京，石達開留下石祥禎經略山東、河南，韋俊繼續向北進攻，自己親率一部返回天京。
1857年6月，滿清政府終于和英法聯軍簽訂塘沽條約，滿清賠款九千萬兩白銀，將江甯和上海兩地割讓給英國，將廣州割讓給法國，江蘇省成為所謂中立省，大清朝不再駐軍管理，英法兩國在江蘇享有一切應得之權力。
塘沽條約簽訂生效之後，英法聯軍從塘沽撤軍，准備從上海向西進攻太平天國，以從太平天國處擠榨更多的好處。但英法聯軍剛剛抵達長海，印度就爆發了轟轟烈烈的民族大起義，將大英帝國在遠東的大後方鬧成一團糟，英國政府緊急命令遠征軍返回印度，鎮壓起義，6月中旬，英國遠征軍從上海撤走，下旬，法國也相繼從上海撤軍。
6月底，韋昌輝命石達開率師進駐上海，滿清政府最大的外貿港口落入太平天國的控制。
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平！
曾國荃憤怒之極，重重一拳砸在案板上，頓時將已經稍顯腐敗的案桌從中間砸成兩截。
“太氣人了！是可忍熟不可忍！大哥，我即刻率吉字營回師長沙，將秦漢這***抓來！什麼東西？無故截我兩尊火炮不說，居然還敢憑一句話斷了湘軍的餉銀供給！”
“老九！你冷靜些。”曾國藩有些不悅地瞪著曾國荃，如今這九弟是出息了，帶兵打仗都不含糊，已經替朝廷立下了赫赫戰功，唯一令曾國藩有些不爽的是這九弟的脾氣也是日漸見長，長此以往，只怕連他這個大哥也壓他不住了。
“湘軍是朝廷的軍隊，可長沙衛戍第一師也是朝廷的軍隊，都是朝廷的軍隊怎能自相殘殺？不像話！”
“他的長沙衛戍第一師是誰封的？他經過大哥你的同意了嗎？秦漢他只是個湖廣提督，得受大哥你的節制啊？如果大清朝的每個提督都私自擴軍，組建什麼什麼師，那豈非要天下大亂了？”
“九弟，話可不是這樣說。”曾國華不樂意道，“長沙衛戍第一師其實就是長沙協，無非只是換了個名字而已！還是一碼事嘛。”
“換名兒也不行！”曾國荃厲聲道，“長沙協才多少人，撐死了兩千人，可這個衛戍師得多少人？將近兩萬人哪！有我們湘軍在前面頂著，湖廣地區安如泰山，長沙城用得著那麼多官軍去把守嗎？秦漢他這是想干什麼？沒經過朝廷和上司的允許，就私自擴軍，簡直就是造反！”
“老九，閉嘴。”曾國藩拉下臉來，狠狠地瞪了九弟一眼。
“總之，老三你給我轉告秦漢那狗東西，十天之內不把兩尊火炮以及十萬兩銀子送到吉字營，我要他好看！哼！”
曾國荃悶哼一聲，拂袖而去。
曾國華道：“九弟他這是干什麼嘛？怎麼有氣沖自家兄弟來了？”
曾國藩幽幽地說道：“老三，不怪老九生氣，這個秦漢做的確實有些出格了，先不說他擅自擴大長沙協的規模，將兩千人擴成了將近兩萬人，就是他在荷葉塘以及許許多多鄉鎮做下的事情，簡直就是于禮不合、有傷風化！我們大清朝尊崇的是儒學，講究的是禮儀尊崇，可他秦漢呢，不但不思教化百姓尊崇禮儀、克守道德，反而派出他的軍隊教唆貧苦百姓拒不繳租、一旦窮人和富人有了爭執就必然偏袒窮人，如此大逆不道之做法，在和平時期那就是滅他九族亦不為過呀。”
曾國華道：“這倒是，還有他取消岳麓書院的供奉之事，也未經朝廷批准。”
“你說什麼？”曾國藩眉頭猛地一跳，沉聲道，“秦漢將岳麓書院的供奉也取消了？”
曾國華無奈地點頭，說道：“藩庫沒有銀子，各司衙門里的差役都只能支給一半俸銀了。”
“太過分了！秦漢他將大清朝儒學之尊崇置于何地？”
曾國藩終于雷霆大怒，平心而論，他對秦漢沒什麼惡感，心下甚至還是極佩服的，此人打仗勇敢、戰術往往出人意料，帶兵也很有一套，一支無能的綠營兵，在他手下就能脫胎換骨變成一支虎狼之師，這樣的大將之才，堪稱大清朝的柱石。
如果不是戰事繁忙，秦漢又屬于塔齊布的綠營體系，曾國藩真想將秦漢調入湘軍，和他兄弟相稱！可現在看起來，這已經有些不太現實了！曾國藩隱隱感到，這個秦漢不是個簡單之人，此人似乎對大清朝尊崇的儒學懷有仇恨之心，跟發逆賊首洪楊沒什麼區別，只不過所使用的手段要隱蔽得多，也高明許多。
洪楊是赤裸裸的屠殺，而這個秦漢卻是另辟蹊徑，竟唆使下層平民來反抗鄉紳富戶，試圖借助平民的力量來挑戰千百年來，中華史上傳承至今的尊卑禮教。
想到廣大的中華大地上，貧苦百姓的龐大數量，曾國藩不禁不寒而栗，這可是整整四萬萬人哪，一旦被人喚起了反抗意識，不再承認鄉紳大戶的尊崇地位，那將是一股可怕的摧毀一切的力量，任何人都將無法阻擋！
不行，絕不能放任這股力量覺醒！曾國藩決定將這股力量扼殺在萌芽狀態。
“老三，你即刻返回長沙，勒令秦漢就地解散長沙衛戍第一師，恢複長沙協的編制！屯田的各部官軍立即返回長沙，不得再在鄉下逗留！”曾國藩想了想，還是感到不放心，又說道，“我立刻寫封書信，你須親自面呈駱巡撫。”
曾國華不敢違逆大哥的意志，只得輕輕地應了聲是。
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81騎快馬從長沙城的八門飛奔而出，呈輻射狀馳向四面八方，他們肩負著秦漢的命令，將分散在三湘大地上的81個作戰排召回長沙集結。
經過整整兩個月的工作，長沙衛戍第一師的編制總算是大致組建完整了，師、團級都組建了指揮部和後勤部，營、連級也配備了後勤司，秦漢汲取了湘軍的經驗，大量後勤人員從簡編制，在戰時則臨時征調，這樣一來，不但節約了大量日常支出，又精簡了人員機構。
武漢軍械制造局生產的第一批槍械（上批五百支步槍是從國外購買配件組裝的，生產速度較快，這批才是真正的武漢造，質量次、射程短、精度低，比鳥銃稍微好點），共二十門火炮、五千支步槍以及彈藥也被秦漢直接截下、轉運長沙，連同桔洲軍械所制造的幾萬顆簡易投擲彈，已經足夠將長沙衛戍第一師武裝成一支准近代化的軍隊了。
秦漢迫不及待地下令第一師各部從各地開回長沙集結，他決定要試一試這支武裝的威力！