清入關以前，繼嗣不是由皇帝生前在皇子中指定，而是由貴族諸王議立。皇太極死前，諸王已漸漸分成黨派：一派以多爾袞為核心；另一派以皇太極的長子肅親王豪格為首，早已露出了爭立的苗頭。皇太極剛死，雙方的擁立者立即展開了活動。皇太極自將的正黃、鑲黃兩旗及豪格主管的正藍旗，誓立豪格。圖爾格、索尼、圖賴、鞏阿代、鼇拜、譚泰、塔瞻等大臣齊往豪格家，策劃立豪格為君。索尼等六人更“共相盟誓，願死生一處”。豪格又派人去探尋鄭親王濟爾哈朗的意向。濟爾哈朗是努爾哈赤的侄子，當時頗有影響，他也傾向于立
豪格為君，但是又主張要與多爾袞商議。另一方面，多爾袞和多鐸所統率的正白、鑲白兩旗，則主張立多爾袞為君。多爾袞的兩個同母武英郡王阿濟格、豫郡王多鐸和一些貝勒大臣，曾“跪勸睿王，當即大位”。雙方各不相讓，形勢極為緊張。清政權處于嚴重危機之中，隨時有發生混戰的可能。多爾袞雖然覬覦皇位，但畢竟是一位久經考驗的政治家，他審時度勢，未敢貿然行動。
皇太極死後第五日，即八月十四日，多爾袞采取主動，他召集諸王大臣會議，議立嗣君。這一天，氣氛緊張到了頂點。天剛亮，兩黃旗大臣就盟誓于大清門，並令兩旗的巴牙喇兵(精銳親兵)張弓箭，環立宮殿，擺出兵戎相見之勢。正式開會之前，多爾袞還在試探黃旗大臣索尼的態度，索尼冷冷地說，先帝有兒子在，必須立其中的一個，我就是這個意見，沒有別的可說。會議開始，索尼等人就搶先發言，力主立皇子。皇太極之兄、禮親王代善也說，應當讓豪格繼承皇位。豪格在已占優勢的情況下，略表謙讓之意。這時，阿濟格、多鐸展開了反攻，他們勸多爾袞即帝位。老于世故的代善也跟著見風轉舵，圓滑地說：睿王如果能答應，這也實屬我國之福。否則，還是應當立皇子為帝。此時代善也不再堅持立豪格，而是認同皇帝之子。兩白旗大臣進一步發動攻勢，說若立豪格，我們都無法生活，堅決反對立豪格。多鐸見多爾袞仍未明確應允，甚至又擺出立他自己或立代善。形勢更加混亂，不可預測。代善以年老固辭，退出會議。多爾袞也不同意立多鐸。這時，會議幾乎開不下去了。兩黃旗的將領們都佩劍上前說：我們吃的東西是先帝給的，穿的衣服也是先帝給的，先帝對我們的養育之恩如同天一樣大，如果不立帝子為皇帝，我們則甯死也要追隨先帝于地下。多爾袞看到，與豪格相比，他並不占優勢。兩黃旗與正藍旗堅決支持豪格，正鑲藍旗主旗貝勒濟爾哈朗、正紅旗主旗貝勒代善，也是同意或傾向立豪格的，八旗之中有其五。在這種情勢下，如果多爾袞強自為帝，必將引火燒身。于是，多爾袞提出一個折衷方案：立皇太極第九子六歲的福臨為帝，由濟爾哈朗和他輔政，等福臨年長之後，當即歸政。這一方案，打破了僵局，為雙方接受，這樣，既排除了他的政敵豪格，又可使他實際上享有帝王之權。
但是事事難料，僅僅在達成協議兩天之後，代善之子貝子碩托、孫郡王阿達禮，又圖謀推翻成議，勸多爾袞自立。多爾袞從大局出發，揭發了這一亂國陰謀，而代善也出自為國家之社稷著想，誅殺了他的兒孫。崇德八年(公元1644年)八月二十五日，六歲的福臨即位，改明年為順治元年。睿親王多爾袞和鄭親王濟爾哈朗同輔政，繼而稱攝政王；並規定，刑法，政務等大小國事都由九王爺多爾袞專門掌握，濟爾哈朗僅管出兵等事。可見多爾袞的野心有多大。
不論多爾袞主觀上如何打算，他擁立福臨這一行動，在客觀上避免了滿洲貴族的公開分裂和混戰；並且爭取了兩黃旗一部分大臣，如固山額真譚泰、護軍統領圖賴、啟心郎索尼，對他都表示了支持。這對下一步協調一致入關作戰，奪取全國政權，無疑是很重要的。
崇德八年十二月，多爾袞以“盈庭聚訟，紛紛不決，反誤國家政務”為由，與濟爾哈朗定議，廢除貝勒們共同參政議政的權利，削弱了諸王貝勒的權力，只讓貝子、公等管理部務，而貝子、公要向攝政王負責。同時，又向各部尚書、侍郎和都察院分別發布諭令，要他們聽命于攝政王；又傳諭都察院各官，要密切注意諸王貝勒的行動，有事應糾參者，必須據實奏聞，不許隱匿不報。順治元年(公元1644年)正月又定，以後凡是外國饋贈諸王貝勒的禮物，一律都不能收取。進一步限制了諸王貝勒同外界的聯系，從而把更多的權力集中在攝政王手中，不久以後濟爾哈朗宣布，以後凡是各個衙門辦理事務，都要事先告訴他本人和多爾袞，而且一切公文，都只以攝政王多爾袞的名義簽發，而濟爾哈朗則完全被多爾袞排除出最高權力決策機關。濟爾哈朗由首位退居第二，這當然不是他慷慨讓賢，而是多爾袞巧妙地運用計謀取得的。這樣，諸王預政的權力既被削弱，濟爾哈朗也已在多爾袞之下。這時，禮部也議定，攝政王居內及出獵行軍的儀禮，諸王不得平起平坐，于是多爾袞實際上享有了帝王的尊榮。
多爾袞在爭得攝政王首位之後，即著手打擊政敵豪格。順治元年四月初一，原來支持豪格的固山額真何洛會，告發豪格對沒有立他為皇帝一直有怨言，而且還在言語中對多爾袞頗有不敬，有圖謀不軌的嫌疑。借此，多爾袞以“言詞悖妄”、“罪過多端”為由，要置豪格于死地。只是由于福臨涕泣不食，豪格才免去一死，但被罰銀五千兩，廢為庶人。同時，以“附王為亂”的罪名，處死了豪格的心腹大臣俄莫克圖、揚善、伊成格、羅碩等。至此，在短短的八個月內，多爾袞便集大權于一身。多爾袞這一系列做法，雖是個人的爭權活動，但客觀上對清政權的進一步發展卻具有重要的意義，它使得清的軍政大權得以集中，指揮得以統一。這正是不久之後，清兵入關的必要前提和可靠保證。
明崇禎十七年(公元1644年)三月，李自成領導的大順軍攻占，崇禎皇帝在煤山上上吊，至此270年的明朝滅亡。在這之前，正月二十六日，多爾袞曾以“大清國皇帝”的名義致書大順軍諸帥，“欲與諸公協謀同力，並取中原，倘能混一區宇，富貴共之矣，不知尊意如何耳？”這是要和農民軍搞統一戰線。四月初，多爾袞還不知道農民軍已占北京，他在沈陽作了伐明的緊急動員；征調滿洲、蒙古八旗軍總兵力的三分之二，以及漢軍八旗的全部。四月九日，他自己任命自己為“奉命大將軍”，率領阿濟格、多鐸以及歸降的明將孔有德
、耿仲明、尚可喜等，向山海關進擊。四月十三日，清軍抵達遼河。明山海關總兵平西伯吳三桂遣人至清軍，報告農民軍攻陷北京的消息，並向清軍乞援。當此形勢突變之時，多爾袞顯示了驚人的應變能力。他沒有絲毫遲疑，而是立刻改變策略，接受了臨行前士范文程的建議，把農民軍當成主要敵人。他又征詢洪承疇的意見，洪承疇除同意范文程的建議之外，還著重指出，應派先遣官宣布，這次進軍的目的，就是為了掃除逆亂、消滅農民軍，有作內應及立大功者，將破格封賞。為了爭取時間，清軍應精確計算里程，騎兵在前，輜重在後，限以時日，直趨北京。十九日，清軍到達翁後，吳三桂再次派遣副將楊坤致書多爾袞。多爾袞正式複信吳三桂，表示對“崇禎帝慘亡，不勝發指”；聲稱這次出兵的目的是，“率仁義之師，沉舟破釜，誓必滅賊，出民水火”。並且一定要做到“唯底定中原，與民休息而已”。明確表示要統一才肯罷休。同時又拉攏吳三桂說：“伯(吳的爵位)思報主恩，與流賊不共戴天，誠忠臣之義，勿因向守遼東與我為敵，尚複懷疑。……伯若率眾來歸，必封以故土，晉為藩王。國仇可報，身家可保，世世子孫，長享富貴。”儼然反客為主，以全國最高的統治者自居。以這封信為標志，清政權徹底改變了打擊目標，最終完成了政治上、軍事上的戰略轉變。
四月二十一日，清軍一晝夜急行軍二百里，到天黑的時候在距離山海關十五里外駐營。當天，李自成親率二十余萬大軍到達山海關，將吳三桂部包圍于關城之內，並即刻開始了奪關激戰。吳三桂自知不敵，屢屢遣使向清軍告急，但多爾袞與多鐸、阿濟格計議後，仍不敢輕信吳三桂，故當夜清軍“披甲戒嚴，夜半移陣”。李自成與吳三桂激戰的隆隆炮聲，徹夜不止。二十二日凌晨，清軍進迫關門五里許，吳三桂見清軍至，遂炮轟大順軍，率諸將十余員、甲數百騎突圍，直馳清營，拜見多爾袞，剃發稱臣。多爾袞在軍前將吳三桂晉爵為平西王，樹立了一個給明朝降將加官晉爵的樣板。多爾袞令吳三桂先行，開關迎降，多鐸與阿濟格分率勁兵一時馳入關門，豎白旗于城上，多爾袞自統大軍繼入。複以吳三桂軍作右翼先發，出關敵李自成。李自成自知邊兵強勁，成敗在此一舉，揮軍與吳三桂死戰。山海關城內聞炮聲如雷，見矢集如雨，清軍蓄銳不發。及午，多爾袞見吳三桂不支，乃命三吹角，三吶喊，始派多鐸、阿濟格率鐵騎數萬從三桂陣右出，直沖敵陣，發矢數巡後，但見刀光閃爍。是時狂風大作，一陣黃埃自近而遠，直撲大順軍陣，農民軍敗潰。僅“一食之頃，戰場空虛，積尸相枕，彌滿大野”。是役，劉宗敏負傷，李自成收殘卒急退北京。在李自成的大軍被擊潰之後，多爾袞下令關內軍民皆剃發。並諭令全軍，“今入關西征，勿殺無辜，勿掠財物，勿焚廬舍。不如約者罪之”。又在進軍途中，以漢官范文程的名義，四處張貼安民文告，文告說：“義兵之來為爾等複君父仇，非殺爾百姓，今所誅者唯闖賊。官來歸者，複其官；民來歸者，複其業。”這就完全改變了以往清軍數度入關到處燒殺搶掠的野蠻做法，使得關內的官兵百姓，向風歸順，近悅遠來。這樣，清兵每日奔行一百二三十里，未遇任何抵抗，五月初一日便到了通州。在這前一天，李自成已滿載輜重，放棄北京，向西撤退。五月二日，明朝的故將吏出北京朝陽門外五里，以帝王之禮，迎接多爾袞。多爾袞乘輦入城，升座武英殿，正式接受明朝降官降將的拜謁。
進入北京之後，多爾袞的同母兄、武英郡王阿濟格曾提出，當初我們得到遼東的時候，漢人殺了我們不少人，現在我們得了北京，我們也應該把漢人殺掉，然後退回滿洲。這個野蠻而愚蠢的建議，遭到了多爾袞的斷然拒絕。多爾袞繼續采納漢官范文程、洪承疇等人的建議，不失時機地采取了一系列籠絡明朝士人的措施。為崇禎帝、後發喪：多爾袞入京伊始，就“為明莊烈湣皇帝發喪”三日，以帝禮葬之。同時將周後、袁貴妃、熹宗張後、神宗劉貴妃等，“喪葬如制”。改變對明王室的態度：規定原來明朝的諸王投降的一律不奪其爵位。有一個叫朱帥欽的宗室來投誠，受到歡迎，後來還讓他作了保定知府。明朝殉難諸臣，照舊錄用故明各衙門官員，對一些有影響的人還加以重用，如馮銓、陳名夏等明朝降官，都任命為大學士或尚書。對降官穿戴明朝衣冠也暫不加限制，七月山東巡撫朱郎碟向他請示，新補官吏能不能仍以紗帽圓領的明朝官服繼續當官行使職權，多爾袞說，目前軍事斗爭還沒有結束，衣冠禮樂也尚未制定，所以一切還悉數按照明朝的樣子。對明陵采取保護措施，六月派大學士馮銓“祭故明太祖及諸帝”，又“以故明太祖牌入曆代帝王廟”，還規定“明國諸陵，春秋致祭，仍用守陵員戶”。申嚴軍紀，取悅百姓，當時多爾袞把多數清軍留在城外，“凡軍兵出入城門者，有九王標旗方得出入”。規定“軍兵出入民家者，論以斬律”。對于清軍中一些違反禁令，“毀傷民間，動用家伙者”，則“悉置重典”。所有這些安撫明朝統治階級、整肅軍紀的做法，都是為了收買人心，即范文程說的：“治天下在得民心。士為秀民，士心得，則民心得矣。”事實證明，這些辦法確實起到了籠絡明朝士大夫、安定民心的作用。當時隨清軍入關的朝鮮人就指出，“九王入關之初，嚴禁殺掠，故中原人士無不悅服”。這對清朝統一中國，有著很大的影響。
清軍入關後，對于清朝應否建都北京，要不要統一中國等問題，在滿洲貴族內部有著激烈的爭論。當時，由于到處是戰火，漕運不通，北京一帶的“公私儲積，蕩然無余，芻糧俱乏，人馬饑餒”。而這時的關外，則是“禾稼頗登”。因而八旗官兵“皆安土重遷”，對于立即移居北京，“多有怨苦者”。在這內外交困的同時，五六月間又謠言四起，“有訛傳七八月間清兵東遷者”，“將縱東兵肆掠，盡殺老壯，止存孩赤”。在這種形勢下，多爾袞的同母兄八王阿濟格就主張，將諸王留下來鎮守北京，而大兵或者還守沈陽，或者退保山海關
，這樣才無後患。對于這樣一個直接關系到清朝在全國統治能否建立和保持的戰略問題，多爾袞非常堅定，他駁斥說：既得北京，“當即徙都，以圖進取”中原，統一中國。特別是在目前人心未定的情況下，更不可棄而東還，動搖人心。他堅定表示：“燕京乃定鼎之地，何故不建都于此而又欲東移？”為了安定民心，六月間多爾袞明確宣布：建都北京。並派遣輔國公屯齊喀、和托，固山額真何洛會等，去迎接幼主福臨。他還反複宣諭說：“民乃國之本，爾曹既誠心歸服，複以何罪而戮之？爾曹試思，今上(福臨)攜將士家屬不下億萬，與之俱來者何故？為安燕京軍民也。昨將東來各官內，命十余員為督、撫、司、道等官者何故？為統一天下也。已將盛京帑銀取至百余萬，後又轉運不絕者何故？為供爾京城內外兵民之用也。”這既是對京師人民而發，也是對八旗內部的軍民而發。他以破釜沉舟的決心，力排一切困難，決計建都北京，以統一中國。
九月，福臨從盛京起程進入山海關，多爾袞率諸王群臣迎于北京城東四十里的通州。福臨到北京後，馬上封多爾袞為“叔父攝政王”，並為他“建碑紀績”。多爾袞的同母兄阿濟格、弟多鐸也都升為親王。濟爾哈朗則僅被封為“信義輔政叔王”。至此，攝政王只有多爾袞一人。十月一日，福臨在北京“定鼎登基”，宣告“以綏中國”，“表正萬邦”。大清王朝終于實現了定鼎中原的目的，實現了努爾哈赤和皇太極夢寐以求的夙願。在分兵南下繼續征戰的同時，多爾袞又取法于前明，制定各種內外制度。多爾袞總攬朝綱，在明清王朝更替的曆史中起了重要作用，其權勢也越來越大，地位也越來越高，稱號漸由“叔父攝政王”進升“皇叔父攝政王”，直至“皇父攝政王”，明擺著多爾袞就是太上皇了。不過，這位“太上皇”還算是清醒，他時時告誡諸王大臣不可諂媚自己而不尊朝廷，不盡忠皇上。
多爾袞位寵功高，擅權過甚。豪格雖然鎮壓張獻忠有功于清室，但因在繼嗣問題上和他有爭，終于在功成返京後，就被他羅織罪名，置之死地。濟爾哈朗原和多爾袞同居輔政，被多爾袞逐漸排擠，終被罷其輔政。在排除異己的同時，則任人唯親。他的同母兄弟阿濟格、多鐸，都得到重用。尤其對多鐸，待之甚厚，順治四年，封多鐸為“輔政叔德豫親王”，取代了濟爾哈朗。多爾袞勉勵他說：“汝繼予輔政，益加勤勉，斯名譽非小矣。”當時就有人議論他，“凡伊喜悅之人，不應官者濫官；不合伊者濫降”。他又將應貯大內的“信符”（中國古代朝廷頒發有一種傳遞信息的物品，一般由木雕或銅鑄成魚形，時稱“魚符”、“魚契”；由于要把傳遞的信息書寫在符上，故又稱為“魚書”。使用此符時，把它剖為兩半，雙方各執半邊魚符，以備雙方符合作為憑信。宋代的時候，為了顯示使用者的高貴身份，有以黃金原料制作的魚符）貯于自己府中，國家大事也基本不向幼帝講述，完全獨斷專行。順治帝後來說：“睿王攝政，朕惟拱手以承祭祀。凡天下國家之事，朕既不預，亦未有向朕詳陳者。”所以，多爾袞才是當時實際上的皇帝，以至當他入朝時，出現“諸臣跪迎”的場面。
多爾袞身材細瘦，虯須，素患風疾，入關後病情日重，常常“頭昏目脹，體中時複不快”。剛到北京時，又複一度“為疾頗劇”，順治四年以後，由于風疾加重，跪拜不便，使他時感“幾務日繁，疲于應裁”，因而煩躁憤懣，易于動怒。上上下下都怕他，據說就是達官顯貴往往也不能直接同他說話，要趁他外出過路時借便謁見。但他始終以全副精神經營清王朝的“大業”，牢牢控制著軍國重務。為此他一再令臣下，“章疏都須擇切要者以聞”，要求文字簡明扼要，不允許有浮泛無據之辭，以免徒費精神。據多爾袞自己說，他之體弱神疲，是由于松山之戰時親自披堅執銳，勞心焦思種下的病根。其實，和他好聲色也有一定關系。他的妻子是博爾濟吉特氏，當他的哥哥皇太極死後，順治五年，他又將嫂嫂、皇太後博爾濟吉特氏娶了過來，這就是當時人稱的“皇後下嫁”；在他的侄子豪格被幽禁死以後，順治七年(1650年)正月，他又將豪格的妻子博爾濟吉特氏也娶了過來；五月，又征朝鮮女成婚。
多爾袞厚自奉養，睿王府宏偉壯麗，甚過帝居。據當時人楊義說：“墨爾根王府暈飛鳥革，虎踞龍蟠，不唯凌空斗拱與帝座相同，而金碧輝煌，雕鏤奇異，尤有過之者。”他還“服皇帝之服裝”。由于感到北京暑熱，曾下令在古北口外築避暑城，為此加派錢糧，福臨親政後，才令此工程停止。李自成退出北京時，皇宮曾毀于火，多爾袞命令修複，曾從京外弄來工匠七百名，“俱皆鐵鎖所系”，舉一反三，多爾袞在修建睿王府、避暑城時，工匠的悲慘境遇可想而知。
滿洲貴族酷好放鷹圍獵，多爾袞亦如此。禮部議定有攝政王出獵的儀禮。順治二年，有幾個在北京的人曾目睹他出獵時的盛大場面，鷹就上千只。“街上的人和其他人等都要叩頭在地等候他通過”。然而，功高天下的多爾袞並不長壽。順治七年(1650)十一月，多爾袞出獵塞外，于十二月初九日(1650年12月31日)病死于喀喇城(今河北灤平)，年僅三十九歲。靈柩回京時，順治皇帝親率諸王大臣出城跪迎。順治發布哀詔，追懷其功德：“昔太宗文皇帝升遐之時，諸王群臣擁戴皇父攝政王。我皇父攝政王堅持推讓，扶立朕躬。又平定中原
，混一天下，至德豐功，千古無兩。不幸于順治七年十二月初九日戌時以疾上賓，朕心摧痛，率土銜哀，中外喪儀，合依帝禮。”接著，又追尊多爾袞為“懋德修道廣業定功安民立政誠敬義皇帝”，廟號成宗。追封其元妃為“義皇後”，夫婦一同升祔太廟祭享，即視同一位真正的皇帝，極具哀榮。多爾袞無子，以豫親王多鐸子多爾博為後。
由于多爾袞生前一直處在滿洲貴族內部明爭暗斗的中心，又專斷權威，樹敵頗多，死後僅兩月，順治八年(1651年)二月十五日，其近侍、剛被提升為議政大臣的蘇克薩哈、詹岱，即首告多爾袞曾“謀篡大位”。于是以鄭親王濟爾哈朗為首，巽親王滿達海、端重親王博洛、敬謹親王尼堪及內大臣等，合詞追論其罪，說他“僭妄不可枚舉，臣等從前畏威吞聲，今冒死奏明”。詔削爵，財產入官，平毀墓葬。有的記載說，“他們把尸體挖出來，用棍子打，又用鞭子抽，最後砍掉腦袋，暴尸示眾。他的雄偉壯麗的陵墓化為塵土”。坐落在明南宮的睿王府同時被廢。其親信多人先後被處死或被貶革。至乾隆四十三年(1778年)，乾隆帝弘曆認為，多爾袞“分遣諸王，追殲流寇，撫定疆陲。一切創制規模，皆所經劃。尋即奉世祖車駕入都，定國開基，成一統之業，厥功最著”，被“誣告以謀逆”，構成冤案，下詔為其昭雪，複睿親王爵，由多爾袞五世孫淳穎襲爵。並配享太廟，重修塋墓，又修建新睿王府。其封爵“世襲罔替”，成為清代著名的貴族世家之一。