總理各國事務衙門成立是洋務運動開始的標志，咸豐十年(公元1860年)十二月初十日，清廷批准設立“總理各國事務衙門”。它是根據奕、桂良、文樣等于當年十二月初一所上“通籌夷務全局折”六條章程中的首條——“京師設立總理各國事務衙門以專責成”的建議而成立的。上諭任命奕和士桂良、戶部左侍郎文樣等管理該衙門，其中以奕為首席總理大臣。從此，奕成了洋務派的首領，坐鎮中央。“總理各國事務衙門”的職能以“通商”為中心，是清政府上下一致的意見。“通商”的含義是什麼呢？在當時，即意味著在對
外開放中取洋人之長，其中心即是“師夷長技”，兼及外交和其他與“師夷”有關的一切事務，而這正是洋務運動的特征。
“夷務”，清政府本一向由理藩院處理。鴉片戰爭中闖進國門的西方資本主義侵略者，當然不是過去的所謂“四夷”，不能作為“藩”來對待了，于是設立了處理五口事務的欽差大臣，始由兩廣總督兼領，1859年改由兩江總督兼管，1858年《天津條約》和1860年《條約》簽訂後，北方天津、牛莊和長江內河漢口、鎮江等增開口岸十余處，因而南洋欽差大臣由江蘇巡撫兼任，北方則增設三口通商大臣一員。這就是後來南洋通商大臣和北洋通商大臣的由來。它們名為“通商”大臣，實際上“通商”以外的政治性外交等事務也是涉及的。在中央就再不是理藩院，而是于1861年成立的總理各國事務衙門了。在洋務運動整個過程中，總理衙門起了樞紐的作用，左宗棠說：“洋務關鍵，在南北洋通商大臣，而總理衙門攬其全局。”
由此可見，總理衙門是適應對外開放和內部改革的新形勢需要的產物。它的成立，表明以引進西方先進科學技術為中心以拯救清朝統治的自強新政（也即我們通常稱之為的洋務運動）成為國策了。因此，以1861年作為洋務運動開端的標志是適當的。總體來看，總理衙門級同軍機處，兼有管理商務、外交、、關稅財政、政治情報等權力。發展到後來，權力更大，范圍更廣，實際上是以舉辦自強新政為己任兼有軍機處、內閣權力于一身的適應改革開放需要的最高政權機構。活動的中心在于“自強”。這一點，奕在清廷批准總理衙門成立後幾天即咸豐十年十二月十四日明確說：“竊臣等酌擬大局章程六條，其要在于審敵防邊，以弭後患。然治其標而未探其源也。探源之策，在于自強，自強之術，必先練兵。”
顯然，“自強”是總理衙門的首要任務。怎樣才能達到自強的目的，奕等人也是明確的，那就是利用西方先進科學技術，首先是軍事技術，武裝和訓練軍隊。這就拉開了引進和運用西方先進科學技術以拯救和維護清王朝統治的序幕。
然而功勞也罷，貢獻也罷，奕登上總理大臣的寶座之後的第一件對外買賣干的就不是很光彩，雖然在外交上清廷取得了名義上的勝利，但是從經濟上清朝確吃了一個不大不小的虧。這就是晚清曆史上著名的阿思本艦隊事件。同治十一年（公元1861年），清政府委托英國駐華公使卜魯斯協助購買軍艦，卜當即推薦了時任代理海關總稅務司的赫德參與辦理，赫德出于個人及英國的利益考慮，在購艦上表現出了異常的熱心，但由于經費以及議論不齊等問題，清政府遲遲不能下決心。同年底，太平軍在李秀成指揮下，接連攻克杭州、甯波等江南重鎮，海內為之震動。恭親王奕緊急上奏，請求速購兵船，在嚴峻的形勢逼迫下，清政府僅用一天時間，就作出了以往爭論了5年都未能下定的決定，外購兵船。
1862年，赫德和清政府商定了購買中號、小號兵船共7艘，一共需銀65萬兩，並函請在英國休假的總稅務司李泰國具體承辦購船事宜，李泰國認為這是控制中國軍隊的大好機會，在英國政府的支持下，挑選了曾參加過鴉片戰爭的英國海軍上校阿思本為艦隊司令，公然把艦隊命名為“英中聯合艦隊”，艦隊全由英國官兵操縱，並擅自為軍艦命名和制訂海軍旗，而且規定艦隊只接受中國皇帝和李泰國二人的命令，李泰國還有權決定中國皇帝的命令是否有效。這支幾乎是李泰國私人部隊的艦隊，史稱阿思本艦隊。而此時艦隊還在英國沒有起航，而遠在地球另外一端的中國，各方勢力為了角逐這支夢想中的洋艦隊也在斗爭得不可開交。當時國內共有三大勢力角逐對艦隊的支配使用權。其中曾國藩集團是當時清王朝內最大的實力派。對控制該艦隊，曾國藩期盼之至。他除持本集團的實力地位，還運用其他的狡猾手腕，與奕等斗法。曾國藩從一開始就堅持三條對該艦隊的期望，其一、輪船駛至安慶、漢口；其二、配用楚軍水師之勇丁；其三、有關事宜由“臣與胡林翼商定”。其實曾國藩的三點期望都是有很大目的性的，第一條駛至漢口是假，但漢口在曾國藩的實力范圍卻是真，他想借助艦隊駛至漢口，對奕和洋人來一個既成事實，把艦隊的控制權納為己有。後兩點中，也有含糊其詞、欺上瞞下的意思。總之曾是准備把該艦隊收歸己有，“稱霸”一方。奕則反對艦隊上駛至安慶，他則要求該艦隊駐守在上海，用于襲擊南京之用。而曾國藩硬說“用之于江面”，“所部兵丁並非生長海上，勢不能于重洋用武，不敢不據陳奏。”好笑的是，曾國藩從1861年1月起就強調“是皖、吳官軍之單薄，在陸而不在水，金陵發逆之橫行，亦在陸而不在水”，以後又不斷重複此論。司馬昭之心路人皆知。其實曾國藩為了能夠得到該艦隊已不乏掩耳盜鈴之拙。但根據當時的情況，清政府對此事只得睜一只眼，閉一只眼。
而另外一股勢力是以李鴻章為代表的淮軍一方，李鴻章率淮軍抵滬後，與上海的買辦官紳結合，羽翼漸豐，上海相對優勢的條件使他頗為躊躇。從籌購該艦隊起，至該案結束，上海處于近水樓台的地位。最重要的是李鴻章掌握了上海這個財賦重鎮，並同曾國藩聯系密切，結成“湘淮一家”式的聯盟，上海當時號稱“月收百萬”，僅海關稅收就占全國海關稅收的一半以上。李鴻章“當暴富之名”，奕不得不對他折腰請助。李鴻章卻對曾國藩特別照顧，常撥銀餉接濟，對奕這股勢力則敬而遠之。就這樣他們之間上演了一出鬧劇，一個求
勢，一個要錢，又誰都想控制這支艦隊，故而能心志不一地聯合起來對付奕集團。
而奕集團也想得到該艦隊。奕身為先帝咸豐的弟弟、當朝皇帝同治的叔叔，又是議政王之尊，主持軍機處、總理衙門、內務府、宗人府，為臣者無出其右者，清政府的外交、政治、軍事以至皇室事務都歸其秉持，可謂軍國樞紐在握。奕集團可代表清政府名正言順地控制該艦隊。而且慈禧太後頒發的上諭也與奕為此事的奏請完全一致。其實慈禧太後也是在利用恭親王這個人，才在很多事情上順著他。其中有很多原因，首先是在不久前的“麒祥政變”中，奕幫了嫂子慈禧太後的大忙，慈禧不得不在某些事情上感恩戴德。其次，當時時值清朝末期，滿洲大員當眾有能力的人已經不多，能夠有恭親王這樣一個辦事得體的人也確實難得，所以在很多事上兩宮太後也不得不多想著小叔子。然而，“周室式微，諸侯稱霸”，在可能當艦隊主任的名單上奕集團只可排到第四位，根本不是曾國藩集團、李鴻章集團以及英國人的對手。甚至連奕內定為艦隊統治者的崇厚(1826~1893，滿洲鑲黃旗人，完顏氏)甚至都沒膽量出來較量一番，就旋即退場。盡管如此，奕集團也是頗費心機，連出惡招，為此還想出了幾個利己損人的辦法。一是擬拆開艦隊，把艦隊一分為二——北洋、南洋各半。奕奏請：艦隊運到後，酌分數只，駛趕天津，以備北洋防守之用。上諭馬上得到皇帝，實際上是太後們的同意。二是名與器不假人，裁奪之權不放，盡量不讓曾國藩集團得益過多。三是借重洋員，頗有甯付客卿、不托家臣的味道。奕由此遺禍無窮，他給李國泰的信件中有行乎不清的“一手經理”字樣，也有曾國藩統一阿思本“綜理一切”。在這方面，奕走得最遠的是在該事件的關鍵時刻同李國泰簽訂了《輪船章程五條》，沾沾自喜于該戰爭中規定的空洞的統帥權，對出讓最重要的實際指揮權卻不以為然。
在該事件中，拉攏李鴻章是奕集團的最重要措施。奕告訴李鴻章，經費上“自不能專令江海關一關支應”，行政上要李國泰、赫德“均著聽候李大人預為酌定”，“此船板就，駛赴上海聽候撥用”。奕還私下通知李鴻章：“帶兵十數人或數十人，與該輪船到時立即商船，皆阿思本版是，以分其權”。奕暗中揚李抑曾並不是真要把權力交給李鴻章，他在很大程度上是著眼于挑起曾、李之間的斗爭，著眼于促使李鴻章做出有利于將該艦隊的船只轉送北洋的行動。
但令人啼笑皆非的是，正在上述大肆角逐之時，阿思本艦隊還尚未離開英倫三島。清政府欲構建現代化海軍，好不容易與洋鬼子們“串通一氣”一回，可連它的汽笛聲還沒聽到，清政府內就已經悄悄地龍爭虎斗起來。雖然他們的目的也許都是為了國家富強，建造海軍，但是實際上的結果和影響確實是負面的。
由“北京”等6艘軍艦以及1艘軍輔船和1艘小艇組成的李－阿艦隊到達中國後，大出清政府的意料，這支不受控制的艦隊是軍政大員們無論如何也不能接受的，在經過反複爭辯後，清政府決定將這支艦隊一賣了事，在各派支持下，奕主持的總理衙門又幾經周折，終于了解了“撤退阿思本艦隊”一案。“阿思本”艦隊壽終，最終在清政府“博采眾論”後，痛下決心，“將輪船撤退”，並在新一輪談判中采取強硬姿態，取得“輝煌”成果。1863年11月23日，阿思本上校帶領被遣散的艦隊從上海駛回英國。此時，清政府已為這支艦隊支付了9個月的薪工銀，為了遣返艦隊，又支付了37萬多兩的遣散費，還額外送給阿思本一萬兩，送給李泰國一萬四千兩，以後只陸續收回一百多萬兩。實事求是地說，此種談判成果，在中國近代史中，稱得上是外交方面的案例。
雖然“‘阿思本’艦隊事件”，搞得奕很不愉快，但是也抹殺不了這位議政王在晚清的貢獻，更不會抹殺奕在中國近代洋務史上的地位。因為在奕的主持下，通過總理衙門的工作，19世紀60年代起，我國先後與英、法、俄、美、德、丹、荷、比、意及奧匈帝國等，建立了外交關系和商務關系。
同治五年(1865年)，總稅務司英國人赫德請假回國，他行前對總理衙門表示，願意率領一些中國官員出國考察。奕接受赫德的建議，派知縣斌椿和幾名同文館學員，隨同赫德到英、法、德、俄等國游曆。奕對斌椿交待的任務是：將所得到的各國山川形勢、風土人情等詳細加以記載，並以繪圖說明，以便作為今後外交工作的參考。
同治七年(1867年)，駐華公使蒲安臣任滿回國，總理衙門在蒲安臣自薦和赫德的推薦下，聘請他充當清政府的全權特使，以“辦理各國中外交涉事務大臣”的頭銜，代表中國到歐美各國訪問，並由英法兩國各派一人作協理，清政府陪同前去的是記名海關道志剛、禮部郎中孫家谷。奕在蒲安臣出訪時曾和他約定，在訪問中凡遇到有損于中國的事，必須力加阻止；凡對中國有益的事，必須先請示總理衙門，經同意後再辦。蒲安臣等首先到達美國，他並不把總理衙門和奕放在眼里，竟擅自與美國簽訂了一個《中美續增條約》，使美國在招募華工和擴大在華傳教等侵略利益上，得到合法的依據。蒲安臣等離開美國後，又以中國政府欽差大臣的身份，到英、法、俄等國訪問，直到他于同治九年(公元1870年)在俄國病死，其他成員才經由意大利回到中國。以上兩個由外國人率領的所謂中國外交使團出國訪問，成為中外曆史上的一大笑柄，說明當時清政府和奕等封建統治者對國際外交事務的無知。
真正由中國政府派出的第一位駐外使節，是光緒二年(公元1876年)因馬嘉理案件在奕主持下派往英國，常駐倫敦的郭嵩燾。他以花甲之年，甘于冒當時頑固派的誹謗與詆毀，不避艱險，遠渡重洋，首先為中國在倫敦建立起第一個常駐外國的公使館。光緒四年(公元1878年)，郭嵩燾又兼任法國公使，開辟了駐法公使館。在英、法建立我國使館，開中國使節常駐外國的先河。郭嵩燾在海外目睹流居海外華僑備受凌辱的慘狀，于光緒三年(公元1877年)九月上疏清政府，提出仿效外國，在各國主要通商口岸設立領事館，以保護中國僑民的建議
，得到總理衙門和奕等的支持。光緒四年(公元1878年)在新加坡設立了中國第一個領事館，隨後又陸續在美國舊金山、橫濱和神戶等華僑集中的地方，設立起領事館。此外，郭嵩燾還參照外國的經驗，為中國制定了一套外交人事行政管理辦法，受到奕的贊許，對中國外交事業的開展作出了很大貢獻。後來，郭嵩燾因受頑固派的誣陷而回國，脫離仕途，歸回鄉里。
繼郭嵩燾之後，光緒四年(公元1878年)曾紀澤出任駐英、法兩國公使。光緒六年，曾紀澤又受命兼任駐俄公使，與俄國談判，經過反複斗爭，于光緒七年二月簽訂了中俄《伊犁條約》，收回被俄國強占的伊犁和特克斯河地區，使國家領土主權的損失，得以部分挽回。
此外，清末時期還由總理衙門先後派出了很多在國內曆史上非常有名的駐外使節，如許景澄、楊儒等，有的是在奕主持總理衙門工作時期派出的，有的是在奕被罷黜時派遣的，但都與奕開創中國近代外交，設立總理衙門有著直接和間接的聯系。奕先後主持總理衙門近三十年，對建設中國近代外交事業作出了一定努力，也為中國的外交事業打下了比較堅實的基礎，取得了不少經驗。
此時的奕集軍政、外交、皇室事務大權于一身，地位僅在慈禧太後一人之下，而且在朝廷內外也有很大的威望。權力日益膨脹的奕成了慈禧的心腹大患，對慈禧的統治根基構成極大的威脅。光緒十年（公元1884年）春，慈禧借清軍在中法越南戰爭中失利之名，借機撤銷奕的一切職務。失去權力的奕深知慈禧的狡詐與陰狠，為躲避殺身之禍，他以養病為由離開政治漩渦，躲在西山戒台寺不問政事隱居長達十年之久，恭親王奕在戒台寺期間，居住在北宮院。奕在院內遍植牡丹，因此後人又稱北宮院為牡丹院。牡丹院坐北朝南，大門懸掛奕手書“慧聚堂”匾額。此間他名義上是頤養天年，實際還是一直在注意國家的政治動向，試圖東山再起。