南京城興工于洪武二年，曆時四載方始告成，除了沈萬三負責三分之一的工程以外，並遣發重囚服役。南京城的堅固是出名的，以花崗石為基，巨磚為牆，並煮糯米為漿，加入石灰，塗敷牆外，所以隨便找一處敲擊，所呈現的顏色都為純白。這樣堅固的城池，只要糧食不缺，守個三年五載都不成問題。
但是，只要有了奸細，金湯之固亦如片紙之薄。奸細有二：一是谷王橞，二是兵敗還京、建文帝不忍加誅的李景隆。這兩個人守南京北面靠西首的那個金川門，望見燕師沿長江迤邐西來，開城投降，京師淪陷。
建文帝之謎，即從此一刻開始。先要從燕王說起，照《明史·成祖紀》載：“是日王分命諸將守城及皇城，還駐龍江，下令安撫軍民。”按：龍江有二：一為龍江關，在儀鳳門外，那是在南京西門；一為龍江驛，在離金川門十五里的江邊。照燕王進兵的路線看，此龍江自是龍江驛。
問題在這里，燕王既入金川門，何以不進皇城而退處龍江？這是給時間讓建文帝有以自處。在燕王的想法，結果不外乎遜位讓國或者自裁。照明朝的官史記載，建文帝是走了第二條路，如仁宗禦制“長陵功德碑”：
皇考慮驚乘輿，駐金川門，遣人奉章，言所不得已來朝之故。奸臣蒼黃，知罪不宥，閉皇城門不內，而脅建文君自焚。皇考聞之大驚，發眾馳救，至已不及。皇考仰天慟哭曰：“臣之來也，固將清君側之惡，用甯邦家，何不寤耶？”遂備天子禮殮葬。
按：燕王即位，是為成祖，崩後葬長陵。仁宗以子述父，應該是最正確的；可是到了仁宗之子宣宗修《成祖實錄》，說法又不一樣了：
時諸王及文武群臣父老人等皆來朝，建文帝欲出迎，左右悉散，唯內侍數人而已，乃歎曰：“我何面目相見耶？”遂闔宮自焚。上望見宮中煙起，遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，還白上，上哭曰：“果然若是癡耶？吾來為扶翼爾為善，爾竟不諒，而遽至此乎？”