思宗得奏大怒，下旨切責熊文燦，而楊嗣昌為之多方維護。到了崇禎十二年五六月間，降賊張獻忠在湖北谷城複叛，羅汝才等賊共十三家群起相應。以下的演變，如《明史紀事本末》所記：
（崇禎十二年）七月，二賊（按：謂張獻忠、羅汝才）合于房縣，左良玉追及之，大敗而還，良玉失其符印。事聞，革文燦任，仍視事；降良玉職，戴罪殺賊。初，文燦與大學士楊嗣昌深相結納，嗣昌冀文燦成功以結上知。文燦既僨，嗣昌內不自安，請督師南討，上甚慰勞之。
八月壬戌，命大學士嗣昌以兵部尚書督師討賊，賜尚方劍並“督師輔臣”銀印，給帑金四萬，“賞功牌”千五百，蟒纻、緋絹各五百。
九月丁卯，嗣昌陛辭，上宴于平台後殿，平觴三爵，賜詩，勒詩于各文廟。嗣昌南征，會兵十萬，本折色銀二百余萬兩。
十月，嗣昌至襄陽，入熊文燦軍中，詔逮文燦入京，論死，棄市西。
按：熊文燦正法于崇禎十三年十月，距其拜命辦賊只三年半。及至楊嗣昌督師，又錯失了機會：
當是時官軍新勝，賊又聞宰相親出督師，大軍並集，頗懼。乘此聲勢，諸將推鋒急擊，宜可殲賊；嗣昌申養銳之戒，諸將遂無斗志。雖遺將，但遙相遏，未會合擊。……嗣昌遷延至歲暮未一戰。（孟著《明代史》）
過了年就是崇禎十四年，這時李自成已成氣候。李自成與張獻忠其實大不相同，張但暴戾而李有謀略。《明代史》記：
嗣昌自出督師，入蜀多與獻忠接觸，而自成獨收群賊走河南，得閹黨尚書李精白子信，以曾發粟活饑民，為民所德，歸賊為之號召。……又有盧氏舉人牛金星、卜者宋獻策皆歸賊……減殺戮以結民，又散所掠財物賑饑民，且為之造謠曰：“迎闖王、不納糧。”使兒童歌以相煽，從自成者日眾。福王常洵封于洛陽，擁厚資不恤士。營卒勾賊陷其城，汋王血雜鹿醢嘗之，名“福祿酒”。