"不幸的是，正當整個計劃成功的時候，它的創造者卻病倒了，活動性肺結核侵襲了兩肺。盧先生不得不被迫臥床休息，並且同意將他在病房里召開的工作會議限制在每天不超過一次。余下的時間他就轉向學習英語，正是在這一時期，我和他才熟悉的。我對他的語言學習進步感到吃驚。當他兩年前剛開始學習時，他所掌握的英語詞彙只相當于一個二年級的學生的水平。而今天，他卻很輕松地閱讀英文報紙和一些英美刊物，並且很少漏聽一次羅斯福或丘吉爾的廣播講演。"
從總體上來說，1939年以後民生公司在航運業務上開始出現較大虧損，1939年賬面上航運業務虧損78萬元，1941年虧損443萬元，1943年航運業虧損946萬元。之所以出現較大的賬面虧損，一方面是由于受戰爭影響，業務減少，且為政府運輸運費低廉；另一方面是由于民生公司有意提高了折舊率，以便可以少分股息和紅利，少交所得稅，以增加資本積累，同時較大的賬面虧損也有利于民生公司向政府索要補貼，申請低息貸款，以便爭取資金投資其他相關事業。盧作孚當時有許多時間都花在向政府追款上。國民政府的欠款總是要拖一年半載，這些收不上來的呆賬又因為通貨膨脹問題而變得日益龐大。整個抗戰時期民生公司從國民政府那里得到了相當于戰前幣值280.7萬元的補貼。
戰爭對民生公司來說意味著一些機會。民生公司除了繼續發展航運業外，也用部分資金用來投資與航運有關的煤礦、冶金、機械、保險等行業。這些投資事業也獲得了可觀的利潤。據1946年的統計，民生公司投資大小企業53家，投資總額（按1937年幣值計算）300余萬元。到抗戰後期，由于法幣貶值，為了使公司資產不因法幣貶值而縮水，民生公司也與當時許多企業一樣開始大量購買黃金、美鈔，到1945年已儲存美金100萬元，成為戰後向外國購買輪船發展海洋航運的重要資金來源。
另外，民生和其他許多公司一樣逃不過官僚的巧取豪奪。因為交通在戰爭時期尤為重要，政府必然竭力要控制在自己手中。全面抗戰爆發後國民政府就有將民生公司收歸國有的計劃。1938年5月，蔣介石又有將民生公司所屬船只交由軍政部，由運輸司令部掌管分派差運的打算。盧作孚聽說後，一方面主動搶運存放在漢口的10多萬噸軍工器材的計劃，一方面向軍政部長何應欽疏通，說明那樣會導致民生公司破產，政府再另組公司也不一定有利，經過多方游說才保住了民生公司。但是這種危險並沒有完全消除。1938年秋宋子文提出向民生公司投資的要求。盧作孚拒絕了，但不得不答應由宋子文出任民生公司董事長。宋子文做董事長後提出由中國銀行向民生公司投入巨資，企圖取得控股權，盧作孚再次拒絕，要求中國銀行和交通銀行的投資不能超過民生公司全部股額的30%。1941年民生公司打算擴充新股700萬元，宋子文、孔祥熙又分別提出入股60%的要求。盧作孚必須時刻抖擻精神，防范來自官僚的每一次入侵的企圖，並且還不能發生正面沖突。
對于當時大後方的民營企業來說，幾乎都面臨著這樣的問題。在這種如履薄冰的財富爭奪戰中，企業小心翼翼地存活著。