胡適靈堂設在台北市極樂殯儀館，遺體安放在冷杉木特制的靈柩里，身著藍色長袍，黑色馬褂，腳穿布鞋，遺體上覆蓋著北京大學校旗。蔣介石3月1日親往祭吊，並親書挽聯一副懸掛靈堂中央：
適之先生千古
新文化中舊道德的楷模
舊倫理中新思想的師表
蔣介石這副挽聯恰好確切地概括了胡適一生複雜的思想和經曆，終其一生乃不舊不新又又舊又新，不古不今又又古又今，不中不外又又中又外，新舊的矛盾在胡適身上時刻體現並沖突著，又以本質上的存舊去新和形式上的除舊布新為歸宿。他是一個"矛盾的人物"，既不贊成共產主義，也反對三民主義，他崇尚的是美國的民主。胡適一輩子沒寫過批判共產主義的文章，但反對國民黨的文章他倒寫過不少。
晚年的胡適正如唐德剛在《胡適雜憶》中所說："胡適之晚年洗盡鉛華，恢複他原來儒生的真面目。"唐德剛和老師在異域朝夕相處之間，同是天涯淪落人，對這一點是深有體驗的。長期以來胡適是被作為自由主義大師來看，卻忽視了他"三分洋貨，七分傳統"的真實身份。
胡適與孫子在一起。
胡適與世長辭
在台灣——國學大師的1949
胡適書生最後的鬧與寂
李敖在《播種者胡適》一文中批評胡適在"全盤西化"上還太保守，去搞什麼整理國故那樣"開倒車的學術"，脫不開"乾嘉余孽"的把戲，把文史學風帶到了迂腐不堪的境地。也許，這正是傳統中國文化的魅力在胡適身上的閃光點。胡適一生待人處事無不受到儒家思想的深刻影響，深得儒家的寬恕之道。
胡適晚年在台灣的學術工作也主要在整理國學方面，雖沒有完成他自己所謂"完成個人多年來計劃之著作"，也沒有取得什麼令人矚目的成績。但這一時期還是留下大約300萬字的文稿，內容主要在佛教和禪宗史研究，對《紅樓夢》站在更高的視角來判斷其價值，突破了狹義的"紅學"研究，打破了對《紅樓夢》文學價值的某種迷信。其學術絕筆1962年2月20日致作明的信，也是談《紅樓夢》問題。
台灣的老百姓並不因為時過境遷而忘記對這位啟蒙大師的敬意。前往靈堂瞻仰遺容的市民絡繹不絕，殯儀館前幾天內人流不息。胡適治喪委員會光收到各界人士送的挽聯挽幛就有八百余件，其中如："共黨既罵之，國人又罵之，容身無片土，天乎痛哉!"胡適一生遭遇的謾罵可謂多矣，正所謂名滿天下，謗亦隨之。這挽聯把胡適一生四處碰壁的悲劇性命運惟妙惟肖地描摹出來。
3月1日，陳誠率治喪委員會全體委員舉行公祭，參加人士近3萬多人，上至國民黨黨政大員，下至家庭婦女，都前往致祭瞻仰胡適博士遺容。10月15日，胡適遺體入殮，安葬于台北南港舊莊墓園。啟靈出殯時，從台北市到南港的馬路兩旁自動來送殯者多不勝計。靈車開至松山以後，沿途居民家家燃香，戶戶路祭，直到南港，一路鞭炮聲不斷。
胡適從年輕時就深負大名，爾後四十多年他始終維護清望而不墜，死在"中央研究院"院長的位子上也算死得其所。他身後享受的哀榮比在這個時期先後死去的任何一個"黨國要人"都要大，因為他贏得了台灣人民近乎盲目的崇拜。所以胡適的葬禮空前的隆重，百姓都自發地參加送葬。
台灣當局把胡適生前住所辟為"胡適紀念館"，並相應成立管理委員會和"胡適遺著編輯委員會"。埋骨何須桑梓地，人生何處不青山。胡適雖然沒能葉落歸根，回到自己美麗的徽州故里，但長眠在他的第二故鄉的泥土里也算無憾。
在胡適墓門上刻著蔣介石書寫的"德學俱隆"四字。右首高坡上，有北京大學校友會建造的紀念亭；左首有中國公學校友會建造的半身銅像。胡適的墓志銘這樣無限詩意地寫道：
這個為學術和文化的進步，為思想和言論的自由，為民族的尊榮，為人類的幸福而苦心焦思，敝精勞神以至身死的人，現在在這里安息了！
我們相信，形骸終要化滅，陵谷也會變易，但現在墓中這位哲人所給予世界的光明，將永遠存在！