在傅斯年去美國期間，國民黨立法委員會選舉，蔣介石依然提名傅斯年為立法委員。傅斯年知道後一再寫信堅辭不就，說自己乃一介書生，世務非其所能，並說："如在政府，于政府一無裨益，若在社會，或可以為一介之用。"傅斯年明白他與國民黨"父子"關系的合理之處，若是再親密一步，他精神獨立的地位將一去不複返。作為在野之人或徘徊在政府外圍，既可以自由"放炮"發飆，又能同政府處在"老子"教訓"兒子"的寬松狀態之下，並不用考慮各種繁文縟節而少受拘束，避免了令人生厭的勾心斗角。自己一旦跨入政府大門，就如同媳婦過了門，一切身不由己了。
蔣介石個人對傅斯年確有知遇之恩，但傅斯年並沒有因為這層關系，就放棄了自己的獨立性。他雖與國民黨有很多淵源，但終其一生還是不肯加入國民黨，這次不肯加入政府也是他一貫的堅持。蔣介石執意讓傅斯年這個民主人士點綴自己黨國政府的門面，
最後不得不動用各種關系輪番來做傅斯年的思想工作，
傅斯年與蔣介石
傅斯年百般無奈之下只好退了一步。
1948年初，傅斯年遠在美國就醫，接到幾次關于院士選舉的文件，等他8月從美國治病回來後，國內國共形勢已經不可同日而語，國民黨政權早已江河日下搖搖欲墜。就在這風聲鶴唳、風雨飄搖的政局下，傅斯年依然積極組織並參加了中央研究院遴選中國的第一批院士的會議。這次會議一共選出81名院士，囊括了各學科的頂尖專家。院士分人文、數理和生物三組遴選產生。各組院士都是業界赫赫有名的頂級高手，生物組接近世界最高水平，數理組與世界頂尖水平不相上下，人文組幾乎達到世界一流水平。
人文組的遴選由胡適和傅斯年各擬一個名單，胡適提名17人，傅斯年提名21人，相同的人選有15人，所謂英雄所見略同。兩人都提了郭沫若，雖然郭沫若的品行操守不敢讓他們苟同，政治立場也不一樣，但郭的確是有點真才實學，可見傅斯年與胡適是任人唯賢。但對治學門徑不同的錢穆，他們卻沒有那麼大度，所以這讓後人詬病傅斯年有"學霸"作風。
比較耐人尋味的是，在傅斯年的提名中自己大名赫然在列，胡適則大公無私地不提自己，兩人性格由此可見一斑：有"大炮"之稱的傅斯年性格磊落，不怕蜚短流長；胡適則秉性柔韌溫和，廣結善緣而少有敵人，包括與他筆戰的私下也成為了朋友。胡適不提自己，符合他的為人；而傅斯年不提自己名，就顯得有點矯情了。
強將手下無弱兵。這次院士評選中，傅斯年麾下的史語所獨占鼇頭。史語所陳寅恪、趙元任、李濟、梁思永、李方桂、董作賓、吳定良等8人悉數名列人文組院士中。傅斯年大有天下英雄盡入我轂中之勢！這麼多年管理史語所，傅斯年真是功莫大焉!