"搶救大陸學人"
一切都預示著國民黨政權末日的來臨，傅斯年不是什麼政治人物，他此時此刻所考慮的是學術機構的去留和學術研究的前景。他一向認為共產黨是"土匪流寇"，他們也許會毀滅了文化研究，斷送了學術前途。在這個成見的左右下，傅斯年找到蔣介石，建議將一批珍貴文物資料運出北平，同時設法勸一些學者離開北平赴台灣。
蔣介石盤算著日後的退路，看著自己身邊人才凋零，退守也總是需要一些知識分子來支撐門面，更何況將這些大科學家、大學者留給共產黨，無疑是助長赤焰。他考慮除了把國庫的黃金儲備以及故宮博物院、中央研究所、北平圖書館的圖書文物運往台灣外，同時也不要放棄對高級知識分子的"搶救"工作。
蔣介石批准傅斯年的建議，倚重傅斯年與朱家驊負責"搶救大陸學人"。在具體執行上，由傅斯年同陳雪屏、蔣經國三人組成小組，協助者為教育部長、國防部長、華北剿總。他們磋商謀劃細節辦法，來"搶救"平津學術教育界知名人士。這樣就出現了蔣介石在敗離大陸前的"搶救大陸學人"那一幕，這與蔣介石在經濟上搶運國庫儲存的黃金美鈔比肩並行，為蔣介石日後在台灣經濟文化的複蘇打下了基礎。
傅斯年認為有四種人必須"搶救"送赴台灣：各院、校、會負責首長；中央研究院院士；因政治原因必須離開大陸者；在學術上有貢獻者。傅斯年在大陸的最後這些天，一直東奔西跑，他聯系交通部、教育部、行政院……安排"搶救學人"需要的飛機。席不暇暖，茶飯不思。自己的朋友、同事還在北平，古道熱腸的他不可能扔下他們不管。
很快他與陳雪屏和蔣經國商議擬定了需要"搶救"的名單。在這次南京政府派飛機去北平接取的著名學人中，北平各個大學均列了一個詳細的名單，而名單均是傅斯年所擬，幾乎是清一色的有成就的知識分子。在第一份名單里，院校負責人包括湯用彤、饒宗泰等，因政治原因搶救的如毛子水等，在學術上有所貢獻的如楊振聲、羅常培等。傅斯年的老師和摯友胡適自然是搶救的首選和重點。
無論是于公還是于私，胡適都是傅斯年要"搶救"的第一號人物，當年胡博士從海外學成歸來，年紀輕輕就被禮聘為北大教授，他的課堂里一時間聽眾如云。作為國學大師黃侃與劉師培高足的
傅斯年在同學慫恿下負責去探下虛實，他們之間一聽一問，一問一答，胡適站在講台上就心里發毛了。後來胡適坦言像傅斯年這樣的學生，當時國學根底跟自己是難分仲伯，所以從那以後，胡適上課常常是提心吊膽，無形的壓力之下，他不得不激勵自己要加倍用功。而傅斯年聽了年輕有為的胡博士的課後，被其"截斷眾流"從周宣王講史的方法所震動，向同學們力保胡博士並非徒有虛名，並毅然從太炎學派和儀征學統中改投胡適門下。從此他們便建立起了亦師亦友的特殊關系，而且在最後政治抉擇上都站在了蔣介石一邊，成了拴在一條繩子上的"螞蚱"。