竹帛煙銷帝業虛，關河空鎖祖龍居。
坑灰未燼山東亂，劉項原來不讀書。
這首是唐人章碣的《焚書坑》，詩中毛澤東以"劉項原來不讀書"來自比，自謙沒有傅斯年書讀的多，言下之意耐人尋味。
關于毛澤東與傅斯年的隔閡，斯諾《西行漫記》里有段毛澤東談及的細節："在那些來閱覽的人當中，我認出了一些有名的新文化運動頭面人物的名字，如傅斯年、羅家倫等等，我對他們極有興趣。
我打算去和他們攀談政治和文化問題，可是他們都是些大忙人，
傅斯年與周恩來
沒有時間聽一個圖書助理員說南方土話。"當時傅斯年為名噪一時的五四健將，而毛澤東則是一個相當于師范中專畢業的臨時圖書助理員，兩者相形之下地位懸殊甚大。這些心理陰影可能造成了日後毛澤東對傅斯年沒有好感，同時也正是傅斯年不可能對毛澤東產生佩服之情的一個根源。
傅斯年在延安訪問時，看到會議室禮堂里密密麻麻地掛滿了各地送來的錦旗，心直口快的"傅大炮"忍不住了，語帶譏諷地說："堂哉，皇哉。"毛澤東聽出了其中的嘲諷意味，心里自然很是不爽，但礙于情面沒有出聲。當傅斯年遇見黃炎培等人時，發覺他們竟然把毛澤東送的土織毛毯，好像當作皇帝欽賜飾終大典的陀羅經被一樣供奉收藏，讓自詡清正的傅斯年極為鄙視和反感。
這次短暫的延安之旅，昭示了傅斯年同共產黨之間形成政治信仰的鴻溝，這是一條無法逾越的天塹。
歸骨于田橫之島
在那黨派紛爭的年代里，傅斯年那一代知識分子是非共即國，是很難保持自己的自由抉擇和獨立個性的，複雜的社會環境也逼迫他們必須有所傾向，沒有第三條道路可走。尤其在解放戰爭時期，和平大門已被蔣介石關閉，國共雙方必須有個你死我活，這種選擇更顯得急迫而必要。此時的傅斯年痛苦地看著國民政府一天天地潰敗，自己卻難以放下那份保持多年的忠誠。他還想憑借一己之力來改變現狀，不禁令人想到了大戰風車的堂吉訶德，透露出一絲蒼涼的悲壯。
傅斯年身體狀況在憂憤的情緒下日漸糟糕，他于1948年8月回國臨行時，美國主治大夫特別叮囑，讓他回國不要擔任繁重的行政職務，如果操勞過度，高血壓病很容易複發，後果將不堪設想。但傅斯年回國不久，眼睜睜地看著大廈將傾，不得不擔負起黨國支柱的角色，為主持史語所及其重要文物遷台事務而東奔西走，緊鑼密鼓地布置"搶救學人計劃"，一刻也沒得空閑，他本來就糟糕的身體已感不堪承受。
等傅斯年這幾件事情打理好後，兵敗如山倒的國民黨已是覆水難收。毛澤東撰寫的《將革命進行到底》的新華社社論高調宣布"宜將剩勇追窮寇"，筋疲力盡的傅斯年明白也該為自己找一條出路了。就在這時，國民黨教育部長朱家驊讓人轉告傅斯年，有意請其出任台灣大學校長一職，傅斯年立即毫不客氣地嚴詞拒絕。但朱家驊並沒有因此次失敗而改變決定，他親自找傅斯年晤談，又讓傅斯年的幾位老朋友輪流規勸游說。