1948年1月14日，傅斯年派飛機去北平接取大學教授，當時的秘書長鄭天挺覺得不大好辦，決定公開此次計劃，讓離開北平的人去登記。15日傍晚6點半，胡適乘坐的飛機抵達南京明故宮機場，傅斯年與王世傑、朱家驊、蔣經國等一起到機場迎候，並把學人們安頓在位于赤峰路的一座招待所。
傅斯年與胡適
當晚傅斯年勸說情緒低沉的胡適，並與胡適、朱家驊等一起商量再次"搶救"空運北平同仁的名單。就在胡適與陳寅恪等人飛離北平後的第6天，1948年12月21日，傅斯年安排的飛機接回了清華大學校長梅貽琦率領的第二批被"搶救"的學人，同機到達南京的還有李書華、袁同禮、英千里等人。
當此大軍壓城城欲摧之時，咨詢消息不再暢通，"搶救"也變了調子。傅斯年原來信心滿滿地以為還會有許多名教授"忠于黨國"，大義凜然地飛回南京，結果竟讓他大失所望，飛機上下來了許多不相干的人。因為飛機上有不少空位，連袁同禮的老媽子也下了飛機。原來"搶救"名單上有的人轉向進步而不願同國民黨同流合汙，有些講師助教們卻因有家屬在南方要南行，搶得這次難得的機會。甚至有天派了五架飛機到機場，卻應者寥寥，北平大多數學者都選擇留了下來。傅斯年懊惱不已，不得不停止了飛機"搶救"。
"搶救"來的這些學者除了胡適去了美國，陳寅恪南下廣州，其余的在傅斯年的安排下大多順利轉移到台灣。傅斯年內心企圖把台灣作為反共基地，作為中華"正統"文化傳承和發展的血脈。傅斯年日後在就任台灣大學校長時，所寫《台灣大學與學術研究》道："現在台灣不僅不是殖民地，而且是'斟灌一旅一成'的根據地，將來'祀夏配天，不失舊物'，正靠這一個寶島，赤縣已沉，瀛洲遂為正朔所在。"這里傅斯年荒謬而頑固地認為國民黨為"正朔"，台灣乃中華文化的根據地。
正是這種政治正統觀的誤導，使得傅斯年對共產黨一直存有偏見，導致雙方向來格格不入。傅斯年與毛澤東在北大時就是舊識，兩人曾做過一些私下的交流，但總歸是道不同不相為謀。1945年7月傅斯年與毛澤東親密接觸過一次，他與黃炎培等5人被推選為代表飛赴延安，與共產黨商談國共合作事宜。傅斯年在延安停留了幾日，他與毛澤東兩人單獨聊了一夜。
那一夜，傅斯年與毛澤東兩人上天下地地談開，談到中國的小說，傅斯年發現毛澤東對坊間的各種小說都了如指掌。傅斯年認為毛澤東是從這些材料里研究民眾心理，所以心底認為他不過宋江一流。二人在言及五四往事的時候，傅斯年不忘挖苦毛道："我們不過是陳勝、吳廣，你們才是項羽、劉邦。"毛澤東在贈傅斯年的字幅中，題了首詩回敬道：