傅斯年認為"第一流的大學，不能徒然是一個教育機關，必須有他的重要學術貢獻，但是，也沒有一個第一流的大學，把他的教育忽略了的"，同時他表示"不是我要把一個大學辦成一個專是教書的大學。一個專是教書的大學，不會把書教得很好，因為學術水准低，自然不會把書教得深入淺出。所以在進行本校的教育建設上，也應該時時不忘學術的標准"。他以那種"雖千萬人，吾往矣"的精神力量，一步一個腳印地往前走去。
曾任中央研究院院士的台大考古人類學系主任李濟教授，以自己的親身體會說："無論是辦研究所或大學，傅斯年總是像一個設計的總建築師經營一個偉大的建築一樣，有一套完整的藍圖，並且與他的工程師充分地合作，按部就班，一段一段地完成他的計劃。困難總是有的，並且常常地遭遇到很大的困難，但他總有法子度過去，他真是克難英雄中的第一把手。"
傅斯年通過一年半的時間，改進各種通習科目，務使來校的學生，一進大門來便得到第一流的教授親自教誨。在台大，許多一流的教授都教過"通習科目"，比如台靜農、毛子水、屈萬里等，他們都是學術造詣很深、教學經驗豐富的教授，但個個都教過幾年大一的基礎課。傅斯年強調名教授上基礎課的目的，主要是從學術的立腳點出發，對學生進行學術的初始訓練，使得學生從一開始就能得到學術的熏陶。
在廣泛征求意見的基礎上，傅斯年建立了校務會議制度，由校長、教務長、總務長和六個學院院長及教師代表組成校務委員會定期討論，以集思廣益民主方式議決學校大事。傅斯年此舉調動了各方面的積極性，有力地促使了學校決策的民主化、科學化，使學校由一盤散沙迅速凝聚成一個指向明確並且運轉靈活的有機整體。
傅斯年對台大的影響之巨，與蔡元培對北大的貢獻相仿。至今傅斯年為台大立下的校訓"敦品、力學、愛國、愛人"被一屆一屆的台大畢業生所遵循，這看似老生常談的幾個字，卻別有傅斯年一番殷殷的期望。"敦品"即"敦厚品行"，使得青年人受到高等教育，培育完善的人格；"力學"為刻苦學習，傅斯年認為動蕩年代這等學習機會實屬難得，只有打好基礎才能在社會有所作為；"愛國"是傅斯年一直提倡的，在國民黨潰敗台灣之際，傅斯年仍能提出熱愛祖國而不談台灣獨立，是一種千年來崇高的民族精神與曆史文化的傳承；"愛人"即是調節人與人之間的關系，幫助和關心別人，傅斯年說愛人是步步著實，天天可行。
一位當時台大的學生唐本祥在《傅校長沒有死》中回憶道：
傅校長的作風，代表著民主和平等。一切都尊重多數意見，一切都以著重基層為前提。講到平等，又一個故事可以說明他。常到校長公館去的人，老是看到傅校長和他的汽車司機對坐而弈，並且神情怡然，一點沒有校長的架子。對于同學，傅校長真是愛護備至。平常在他的公館里，他接待同學，像接待客人一樣，在學校里，他會在背後拍拍同學的肩膀，問一聲訊，或是談幾句話。