大約是2002年12月5日或6日的樣子，黃杏初覺得不舒服，發熱，畏寒，全身無力，于是到附近的診所看病，醫生說問題不大。到8日的時候，他感覺在診所的治療效果不好，就到醫院去打針，仍未見好轉。這一拖就是四五天。黃杏初打電話告訴了柏埔鎮老家。農村里講究辟邪，認為他可能撞邪了，就讓他回老家來。然而回老家休息大約一個星期後，黃的病情開始急劇惡化，高燒不下。
2002年12月15日，黃杏初轉到河源市人民醫院，病情加重，出現呼吸困難。黃杏初的二妹夫黃小飛此時已辭了在廣州的臨時工作，專門照顧他。2002年12月17日，廣州軍區總醫院接到黃杏初家屬的求助，要求將一名重症病人轉到該院呼吸科，下午快要下班的時候，一輛從廣東省河源市疾馳而來的救護車，就這樣將高燒不退的黃杏初轉到了廣州軍區總醫院。此時，黃杏初已經發高燒整整7天，檢查發現，黃杏初高燒39.8度，明顯的呼吸困難，全身發紫，同時，還神志不清，躁動不安，護士無法打針給藥，醫生無法采取治療手段，只好叫幾位醫師來把他按住。但是，由于病人身體強壯有力，四五個醫生才好不容易把他固定住，打上適量的鎮靜劑，黃杏初勉強安靜下來。病人命懸一線，醫院馬上展開搶救。抗炎藥、鎮靜劑、激素都用上了，但病人的病情仍得不到緩解，主治醫師迅速做出決定，給病人進行插管，上呼吸機。
黃杏初的主治醫生廣州軍區總醫院呼吸內科主任黃文傑博士說，他當時覺得非常奇怪，這麼年輕的人，身體又這麼好，怎麼會有如此嚴重的肺炎？令黃醫生印象非常深刻的一件事是：由于給病人上呼吸機時，病人非常痛苦，醫院出動了好幾位醫務人員才按住他，盡管如此，這個身體強壯的漢子還是一腳踹斷了病床邊的護欄。
黃杏初病情十分嚴重，情緒很不穩定。主治醫師黃文傑和另外七八個同事使勁按住他，並迅速將導管插進他的口腔。就在這時，隨著劇烈咳嗽，積蓄在病人胸腔內的一股股痰液帶著血腥味噴濺到病房的天花板上。病菌充斥著病房，但在場的醫護人員沒有絲毫的畏懼和芥蒂，繼續搶救病人。在五個多小時的搶救中，光給黃杏初接痰的痰盂就換了好幾個。直到次日黎明，黃杏初的情況才慢慢有所穩定。
接下來的幾天里，主治醫生黃文傑每天多次查看黃杏初，嚴密檢測他的病情，同時大膽采用無創通氣法、營養支持、靜脈注射胸腺肽和免疫球蛋白等措施對症治療，有效避免氣管插管後所帶來的損傷和繼發感染。經過精心護理，2002年底，黃杏初病情好轉，結束靠呼吸機維持的日子。黃杏初激動地說，"謝謝醫生，我覺得自己好像重新出生了一樣……"2003年1月10日，黃杏初康複出院。