1992年新年伊始，獨立後的俄羅斯將"休克療法"付諸實施。放開物價後，俄羅斯市場並沒有出現總統向人們許諾的貨架充實、物價穩定的結果。俄羅斯人看到的仍然是通貨膨脹、物價上漲、失業增加、犯罪上升、社會動亂的局面，人們不僅未能從民主中得到幸福，也未能從市場經濟中獲得實惠。于是，他們走上街頭，向葉利欽及其蓋達爾政府表示抗議。這些人中有前共產黨人、前蘇聯軍人，還有新興的民族主義分子，甚至還有昔日葉利欽的忠實擁護者。此時，在最高權力機關內，圍繞著經濟改革的方針和誰擁有至高無上權力這兩大問題的爭論，使葉利欽與昔日的盟友開始出現分化。這種分化，導致了以總統和政府為一方，以議會為另一方，即權力機關與立法權力機關的兩權之爭。
自俄成為獨立國家以來，兩大權力中心——政府與議會之間在國家體制、權力分配和經濟改革等一系列問題上存在相當大的分歧。葉利欽主張實行總統制，即總統擁有決定國家事務的最高權力，但議會要求擁有立法權和至高無上的監督權，雙方反反複複較量。
兩權之爭的第一個回合始于"休克療法"孕育時期，在第六次人代會上達到高潮，以雙方的妥協，結束內閣危機而告終。還在"休克療法"政策的討論時期，為葉利欽當選總統立下汗馬功勞的副總統魯茨科伊就提出了異議。"休克療法"實施後不久，副總統便公開宣布：主張實行經濟緊急狀態，以抑制物價的不斷上漲。曾與總統有過患難之交的議長哈斯布拉托夫，為維護和爭取議會的權力，不斷抨擊受到總統支持的政府，要求把政府置于議會的監督之下。同時，作為經濟學家的議長在經過大量的調查研究的基礎上，要求政府的改革計劃刹車。
此時，葉利欽還不能置昔日擁護者的指責而不顧，更不能對最高領導層中的昔日盟友的批評等閑視之。因為，無論是在振興國家經濟、走向以私有制為基礎的市場經濟方面，還是穩定社會、確立資本主義體制方面，總統都需要他們與自己同舟共濟。
為平息盟友之間的不和，葉利欽采取了恩威並施的方法。他在分別與魯茨科伊和哈斯布拉托夫進行會談後，宣布讓副總統主管農業和更多地參與外事活動；隨後，將議長強有力的支持者調往美國任大使，並會見議會各派代表，以削弱分化哈斯布拉托夫的力量。
為穩定社會政治局勢，抑制民族分離主義的泛濫，1992年3月，葉利欽在盟友們的合作下，主持簽署了《俄羅斯聯邦條約》，確定了俄羅斯不可分割的原則。這是葉利欽為防止俄羅斯重蹈前蘇聯覆轍的重大舉措。
為緩和議會與政府的矛盾，保證俄羅斯第六次人代會的順利召開，對政府的幾根"支柱"進行了調整。他免去了第一副總理蓋達爾兼任的財政部長職務；解除了副總理紹辛兼任的勞動就業部長職務；接受了密友國務秘書布爾布利斯辭去第一副總理職務的請求。此舉雖是對議會的妥協讓步，但其高明之處則在于可以保證蓋達爾政府所推行的激進改革，使自己的得力助手們不至于在人代會上遭到猛烈抨擊，同時，還可以平息議員們的不滿。
然而，第六次人代會並沒有因會前總統的高姿態而進展順利。相反，會議一開始，總統就被議長將了一軍，即在議程問題的激烈爭論中，議會否決了總統的提議。總統只得接受議會的提議作關于經濟改革的報告。第二天總統的報告多次被鼓倒掌和嘲笑聲打斷，報告後的提問，更使總統尷尬。一些代表故意用專業性的經濟問題為難他，使他無言以對。更有甚者，當第三天總統要求暫離會場去出席憲法委員會的會議時，則被壓倒多數的表決限制在會場上。會議還出現了兩個對立的憲法草案，使修改憲法的討論毫無結果。此後，會議好不容易通過了《關于俄羅斯改革進程的決議》，但政府則以不能執行代表大會的決議：集體向總統提出辭職。最後，總統經過多方調解，才使會議通過了《支持俄羅斯聯邦宣言》，明確表示支持政府的改革方針，從而平息了這場內閣危機，草草結束了人代會。
兩權之爭的第二次交鋒，是在1992年12月第七次人代會上進行的，以蓋達爾政府下台，議會取得初步勝利而結束。
第六次人代會後，兩大權力機構以各自的支持者為後盾，進行角逐。隨著第七次人代會召開時間的接近，各派力量的活動更加頻繁。雙方勢均力敵，在誰也無法取勝的情況下，各方有了一些策略性的妥協。
在議會和政府都作出姿態之後，葉利欽重演丟車保帥的做法。1992年11月24日，葉利欽解除了雅夫列夫奧斯坦基諾廣播電視公司總經理的職務，免去了波爾托甯政府副總理和新聞出版部部長職務，解除了布爾布利斯國務秘書的職務。葉利欽以犧牲自己的忠實朋友和支持者為代價，企圖在人代會上保住蓋達爾政府及其既定的改革方針。