第二，尋根溯源。比如黃河，他派侍衛探查黃河之源，到星宿海，往返萬余里，並繪成輿圖。這是中國曆史上第一幅經過實際踏查而繪成的黃河圖。另如永定河。康熙巡視北京通州段河堤，隨駕的有皇太子、皇四子、皇五子、皇八子、皇十四子、皇十五子、皇十七子等。他命諸皇子分釘木樁，學用儀盤，親自檢測儀器，記錄測量數據。
第三，任用能臣。康熙任用治河名臣靳輔和陳潢。靳輔，漢軍鑲黃旗人，以安徽巡撫授為河道總督。受命後，一日八上奏疏，報告治河之策。他的治河方略是：統審全局，河運並治，浚河築堤，束水攻沙，多開引河，量入為出。他重點治理黃河、淮河、運河交彙的清口。陳潢，浙江杭州人，善治水，負才不遇，題詩祠壁。靳輔見而驚異，訪得引為幕友。疏奏多由陳潢起稿，施工亦由陳潢監理。他們督率民工，日夜辛勤，治河大成。但是，靳輔受到諸臣合訐交攻，發生了意見分歧。
第四，禦前辯論。河道總督靳輔與直隸巡撫于成龍在治河方略上意見相左。爭論的主要是兩個問題：一個是治河水退後出現的田地，是實行屯田還是由豪紳墾占？另一個是為了使河水通暢順流入海，是開浚海口還是修築大堤？康熙不妄加論斷，而是命雙方在乾清門進行禦前辯論，各申己見，互相駁難。關于屯田——于成龍說：“屯田奪民產業，不能實行！”靳輔則說：“丈出之田，作為屯田，抵補河工所用錢糧。因屬吏奉行不善，民怨是實，臣無可辯，唯候處分。”關于開浚海口，靳輔的意見是：開海口雖可泄水，但可能引起海水倒灌。于成龍的意見是：要是加高河堤，堤高一丈五尺，民居在其下面，一旦河決，無數百姓，將飽魚腹！爭論沒有達成共識，決定再廣泛征詢意見。
第五，集思廣益。辯論雙方各有各的理由，康熙不能決斷。他又命鄉里臨河的在京官員，書寫己見，上報朝廷。
第六，會議裁決。康熙帝聽了兩方面的陳述，看了大臣的疏報，交九卿會議裁決：采納了于成龍的方案，將靳輔罷官，陳潢被削職、逮京後病死。
第七，實踐驗證。康熙帝曾數次派大臣視察河工，檢驗朝廷辯論的意見孰對孰錯。後康熙帝南巡閱河，靳輔扈行隨從。回京後，康熙肯定靳輔治河功績，複還他的原來品級。
第八，改正錯誤。靳輔之後，命于成龍為河道總督。康熙帝召于成龍入京，問：“過去你說靳輔之短，現在怎樣？”于成龍回答：“臣那時妄言，現在也按照靳輔的辦法去做。”這是對靳輔治河方案最好的結論。
第九，斷不出書。康熙悉心治河數十年，撰寫治河論述，河道總督張鵬翮（he）請將治河諭旨編纂成書，雕刻頒行，永久遵守。康熙說：“前代治河之書，無不翻閱，泛論雖易，實行則難。河水沒有定性，治河不可一法。今日治河之言，欲令後人遵行，斷不可行。”這表現了《厄魯特蒙古圖》康熙可貴的謙遜的科學態度。
以上九點能夠做到一點，可以稱作明君。
再說治理蒙古。康熙講求仁道，撫綏蒙古。喀爾喀蒙古（外蒙古）分為土謝圖汗部、紮薩克圖汗部、車臣汗部三大部。諸部內訌，互相殘殺。土謝圖汗擅殺紮薩克圖汗沙喇，引起喀爾喀蒙古內部糾紛。噶爾丹乘機東犯，逼迫喀爾喀南遷。康熙巧借噶爾丹東犯威逼喀爾喀之機，于三十年（1691年）五月，親赴塞外，主持多倫諾爾（今內蒙古錫林郭勒盟多倫）會盟。盟會開始，土謝圖汗、哲布尊丹巴呼圖克圖、紮薩克圖汗沙喇弟策妄紮布、車臣汗坐在第一排，其余按次序入座。蒙古王公貴族由理藩院官員引領晉謁康熙。康熙對土謝圖汗擅殺紮薩克圖汗沙喇，引起喀爾喀蒙古內部糾紛，給噶爾丹以可乘之機的過失加以申斥，讓他領罪。然後康熙說，如此盛大的盟會，要是對土謝圖汗處以重罪，實在于心不忍。康熙當眾宣布赦免土謝圖汗之罪。喀爾喀貴族700余名、哲布尊丹巴轄下喇嘛600余名，齊向康熙皇帝行三跪九叩大禮。康熙帝在大蒙古包正式接受全體喀爾喀蒙古貴族的臣服，並編喀爾喀蒙古為49旗，封喀爾喀蒙古貴族為親王、郡王、貝勒、公、台吉等。又舉行盛大的閱兵典禮，列陣10里，吹角鳴炮，眾呼前進，聲動草原。康熙騎馬彎射，技藝精湛，令蒙古部眾心悅誠服。康熙帝通過召見、訓諭、赦免、封爵、檢閱、較射、會盟、宴賞和修廟等舉措，使喀爾喀蒙古出現冰釋前仇、化解分歧、輯睦安居、氣氛和諧的局面，實現了喀爾喀蒙古內部的重新統一。經過7天的多倫諾爾會盟，喀爾喀蒙古完全臣服清朝，加強了中央對喀爾喀蒙古的統一管轄。
對臣民：仁愛寬刑
康熙對臣民強調要實行“仁愛”。“仁”字，《孟子·盡心》說：“仁也者，人也。”儒家有“仁者愛人”的理念。“愛”字，有人說是近代的詞，也有人說是西方的詞。其實，《論語·顏淵》就有“樊遲問仁”，孔子答曰：“愛人。”《禮記·哀公問》記載孔子的話：“古之為政，愛人為大。”所以，“仁愛”是儒家基本的政治理念。康熙繼承了儒家為政“仁愛”的理念，並在施政過程中加以實踐。
康熙屢次申令停止圈占土地；又蠲（juān）免錢糧達545次之多，計銀15億兩。他賑災，設義倉，關心民眾疾苦。他宣布：自康熙五十一年（1712年），“盛世滋生人丁，永不加賦”。後雍正實行“攤丁入地”，中國長期以來的人丁銀被免除。其正面影響是減輕了人身依附，其負面影響是刺激人口增長。乾隆時人口到3億，道光時則突破4億。