十月
同治帝在大典上穿過的小朝袍初一日，命恭親王奕為議政王、軍機大臣。隨之，軍機大臣文祥奏請兩宮皇太後垂簾聽政。《清史稿·文祥傳》記載：“十月，回鑾，（文祥）偕王大臣疏請兩宮皇太後垂簾聽政。”命大學士桂良、戶部尚書沈兆霖、侍郎寶鋆、文祥為軍機大臣。
初三日，大行皇帝梓宮至京。
初五日，從大學士周祖培疏言“怡親王載垣等擬定‘祺祥’年號，意義重複，請更正”，詔改“祺祥”為“同治”。“同治”含義可做四種詮釋：一是兩宮同治，二是兩宮與親貴同治，三是兩宮與載淳同治，四是兩宮、載淳與親貴同治。
初六日，詔賜載垣、端華在宗人府空室自盡，肅順處斬，褫景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦祐瀛職，穆蔭發往軍台效力。據記載：“將行刑，肅順肆口大罵，其悖逆之聲，皆為人臣子所不忍聞。又不肯跪，劊子手以大鐵柄敲之，乃跪下，蓋兩脛已折矣。遂斬之。”
初九日，載淳在太和殿即皇帝位。
二十六日，禮親王世鐸奏遵旨會議並上《垂簾章程》。懿旨：依議。于是，皇太後垂簾聽政之舉，輿論已經造勢，章程亦已制定。
十一月
初一日，同治奉慈安皇太後、慈禧皇太後禦養心殿垂簾聽政。垂簾聽政之所設在大內養心殿東間，同治帝禦座後設一黃幔（初為黃屏），慈安皇太後與慈禧皇太後並坐其後。恭親王奕立于左，醇親王奕立于右。引見大臣時，吏部堂官遞綠頭箋，恭親王奕接後，呈放在禦案上。皇太後垂簾聽政，這在中國曆史上，既是空前的，也是絕後的。在這里附帶說一點。慈禧本來沒有文化，但她注重學習。兩宮太後命南書房、上書房師傅編纂《治平寶鑒》，作為給兩宮太後的教科書，仿照經筵之例，派翁同龢等定期進講。後來慈禧也能批閱奏章，但常有語句不通和錯別字之處。
這次政變，因載淳登極後擬定年號為祺祥，故史稱“祺祥政變”；這年為辛酉年，又稱“辛酉政變”；因政變發生在北京，又稱為“北京政變”。其時，“辛酉政變”的三個主要人物——慈安皇太後25歲，慈禧皇太後27歲，恭親王奕30歲。
“辛酉政變”取勝的直接原因是：
第一，兩宮皇太後和恭親王奕，抓住並利用官民對英法聯軍入侵北京、火燒圓明園的強烈不滿，對“承德集團”不顧民族、國家危亡而逃到避暑山莊的不滿，而把全部曆史責任都加到顧命八大臣頭上。也把咸豐皇帝到承德的責任加到他們頭上。從而兩宮皇太後和恭親王奕取得政治上的主動，爭取了官心、軍心、旗心、民心，顧命八大臣則成了替罪羊。
第二，兩宮皇太後和恭親王奕，利用了顧命大臣對慈禧與奕的力量估計過低而產生的麻痹思想，又利用了帝後雖是孤兒寡母，卻掌握“禦賞”、“同道堂”兩枚印章——顧命大臣雖可擬旨不加蓋這兩枚印章卻不能生效，兩宮太後與奕可由大臣擬旨加蓋這兩枚印章便能生效的有利條件。
第三，兩宮皇太後和恭親王奕，搶占先機，先發制人，沒有隨大行皇帝靈柩同行，擺脫了顧命大臣的控制與監視，並從間道提前返回，利用自七月十七日咸豐死，到咸豐靈柩運到皇宮，其間74天的充分時間，進行政變准備。原定九月二十三日起靈駕二十九日到京，因下雨道路泥濘，而遲至九月初三日到京，比原計劃晚了4天。兩宮太後于二十九日到京，三十日政變，時間整整差了3天。這為她們准備政變提供了時間與空間，打了一個時間差與空間差。
第四，兩宮皇太後和恭親王奕，意識到並預感到：這是他們生死存亡的曆史關鍵時刻，惟一的出路就是拼個魚死網破。慈禧曾風聞咸豐帝生前肅順等建議他仿照漢武帝殺其母留其子的“鉤弋夫人”故事，免得日後皇太後專權。這個故事，《漢書·外戚傳上》記載：漢武帝寵幸鉤弋夫人趙婕妤，欲立其子，以“年稚母少，恐女主顓(zhuān)恣亂國家”。趙婕妤遭漢武帝譴責而死。漢武帝臨終前，立趙婕妤子為皇太子，以大司馬、大將軍霍光輔少主，是為漢昭帝。但是，咸豐帝沒有像漢武帝那樣做，而是用“禦賞”和“同道堂”兩枚印章來平衡顧命大臣、兩宮太後之間的關系，並加以控制。結果，這兩枚印章被兩宮太後所利用，打破了初始的權力平衡結構。
“辛酉政變”是君權與相權的一次大的沖突，表現了兩宮皇太後和恭親王奕的聰明才智。它的重大結果是清朝體制的一大改變。經過“辛酉政變”，否定“贊襄政務”大臣，而由慈安皇太後與慈禧皇太後垂簾聽政，這是重大的改制。“辛酉政變”後，恭親王奕為議政王，這是當年睿親王多爾袞輔政的再現。但有一點不同：既由帝胤貴族擔任議政王、軍機大臣，又由兩宮太後垂簾聽政。這樣皇權出現二元：議政王奕總攬朝政，皇太後總裁懿定。這個體制最大的特征是皇太後與奕聯合主政，後來逐漸演變為慈禧獨攬朝政的局面。隨之產生一個制度：領班軍機大臣由親貴擔任，軍機大臣滿洲兩人、漢人兩人。在同治朝，大體維持了這種五人軍機結構的局面。
“辛酉政變”就滿洲貴族而言，主要是宗室貴族同帝胤貴族的矛盾與拼殺。兩宮皇太後特別是慈禧皇太後，主要利用和依靠帝胤貴族，打擊宗室貴族，取得了勝利。