和清廷的情況相類似，李自成的死訊在南明的隆武朝廷里也激起了波瀾。何騰蛟上奏自成身亡的經過情形以後，南明的隆武帝朱聿鍵"大喜，立拜東閣大學士兼兵部尚書，封定興伯，仍督師".盡管何騰蛟關于李自成死于九宮山團練之手的消息直接得自跟隨李自成的許多大順軍將領，其中甚至包括了李自成犧牲時就在身旁的養子張鼐，應當說是相當可靠的。但是，由于何騰蛟也未能獻上李自成的首級，隆武朝廷內部表示懷疑的便大有人在。右副都禦史郭維經就曾經上書，認為李自成死于九宮山，五月死的，這些都是傳言，而且是等到七月他的部下投降何騰蛟時才知道的，又是過了年以後上報的。就這樣行大賞，似乎不太合適吧。況且李自成是生是死，是死在誰的手里都不知道。萬一哪天殺李自成的人提著李自成的頭來請賞，真不知道何騰蛟該怎麼解釋？而且萬一李自成沒死，以後在哪個地方出現了，到那時，皇上您可怎麼辦哪？這麼一說，朱聿健也起了疑心，讓何騰蛟再報一次，然後再宣布這一捷報。在這種情況下，何騰蛟又第二次上疏辨明"闖死確有實據，闖級未敢扶同，謹據實回奏"（即《逆闖伏誅疏》）。
這樣，明、清雙方雖然分別得到了李自成犧牲的准確消息，卻都不同程度地表示了懷疑。其根本原因就在于誰也沒有找到李自成的遺體，所以不敢十分確定。
李自成首級為什麼沒有落入彼此雙方之手呢？原因很簡單。就南明來說，大順軍在安葬了李自成遺體後就轉入江西和湖南，通山縣已屬清軍的勢力范圍。何騰蛟當時在湖南長沙，不大可能派人前往清方控制區去發掘李自成遺體。其次，何騰蛟名為五省軍務總督，實力卻相當有限，只是由于大順軍將領的主動才建立了聯合抗清陣線，"一時驟增兵十余萬".即便有可能派軍隊進入通山縣，何騰蛟也絕不敢開罪于實力遠勝于自己嫡系軍隊的大順軍余部，跑去把李自成遺體挖出來梟首"報驗".這個道理十分明顯，但他在疏中不便明說，只好含糊其辭地解釋說剿撫道阻音絕，沒法拿到他的首級報驗。
至于阿濟格未能取得李自成首級的原因，大約是由于時間相隔稍久，農曆五月以後南方天氣已相當炎熱，"尸朽莫辨"也是完全可能的。上引康熙《通山縣志》記載大順軍在領袖犧牲後曾對當地的地主武裝實行報複性打擊，殺了幾千人。而清政府真正弄清楚李自成被害的具體情節，還是在順治二年（1645）七月十五日江西湖廣等八省總督佟養和上任後，"有至武昌出首者，行查到縣"，才找到殺害李自成的凶手程九伯。阿濟格向清廷奏報的時候還沒有找到這個線索，他派去實地查驗的人在幾千具朽尸當中瞎轉，無法取得實證就毫不足怪了。
總之"闖王"李自成是中國曆史上一位千古少有的傳奇英雄，他發動和長期堅持的大規模的農民戰爭，推翻了盛極一時的明王朝，但他卻敗在關外新興的北方少數民族——滿族所建立的清廷之下。無論是失誤也好，即使有天生缺憾也罷，由于當世、後世都對于這次起義和與這次起義有關的曆史資料的禁毀，致使我們今天對李自成一生中的許多問題已不可能充分地了解了。因此關于李自成失敗後，直到最後歸宿的疑案，至今也同樣真相難明，雖然各方面各執一詞，但諸多的記載與傳說，還是有待于進一步去澄清和發現。