無奈之下，吳之榮找上了另一個出資刊刻《明史輯略》的朱佑明。朱佑明也是一個腰纏萬貫的大商人，他購買了一間大宅，加以擴建裝飾，並收購朱國禎家的匾額——"清美堂"一塊，掛在家中的正堂上，頗為自得。誰知這恰好也姓朱的匾額，即將為他引來滅門之禍。
朱佑明聽說莊允城這般強硬，于是也對吳之榮置之不理。沒想到吳之榮這個無賴竟親自登門勒索。朱、莊兩家也自有一套對付的辦法。家中所有的男子全都回避，只留婦女一百多人，等吳一進門就群起辱罵他，亂成一團，當地的守備官兵前來查看究竟，朱、莊兩家于是支使銀兩，將吳之榮又一次趕了出去，一直攆到吳江才回來。
吳之榮幾次受辱，惱羞成怒，必欲雪之而後快，但是當地從省到州縣的大小衙門都被朱、莊兩家用錢給買通了。他于是向北京進發，摘取了書中的一些違逆字句，以造寫逆書為名，並將書中原指朱國禎的"朱史氏"下面添刻"即朱佑明"字樣，向刑部控告朱、莊兩家。
案子一到北京，就受到了高度的重視。
清朝統治者以異族的身份入主中原，這在一向標榜自己是"中央帝國"，輕視周圍蠻夷之族的華夏民族來說，是難以接受的事實。在他們看來，滿洲人統治中原，是野蠻民族凌駕于有著悠久文化和曆史的漢族之上，這就好像是青天塌陷、大地分解一樣。因此，盡管清朝人已經進入北京即將20年，也成功地擊敗了幾個在江南苟延殘喘的明朝小朝廷，但是，在廣大的老百姓，特別是南方的讀書人中間，對這個異族的抵觸情緒仍然很深。他們采用結社交流文學的方式，從事著反抗清朝統治的活動。對這種情況，順治皇帝生前就已經注意到了，他曾經下令禁止民間文人之間的結社活動，朝廷也曾經通過幾次大的案件來打擊江南文人的反抗情緒。在和我們的故事發生地相距很近的南京，在一年之前，兩個月之內，連續發生了"奏銷"和"哭廟"兩起大案，被處死和流放的超過百人。
那麼，對于緊接著出現的同樣涉及到違逆的莊氏史獄，清廷自然不會放過。
康熙元年（1662）十一月，刑部派一個叫羅多的滿族官員來湖州調查此事。經過一番初步審理，莊允城、朱佑明被押解北京，打入刑部監獄。莊允城經過這一番驚嚇，再加上拷打，一個月以後就病死獄中。而朱佑明，恰好同趙君宋關在一處，朱佑明知道趙是首先出來告發此事的，便以事成之後以家產的一半相贈，請趙為他掩飾。趙君宋一時心動，便在審訊中說："此書（指吳之榮所持，到北京控告兩家的書）並不完全，我自己就有一部，經過細查，其中朱史氏下就沒有朱佑明字樣。"浙江督撫一聽這話，立刻抄出那部原刊本的《明史輯略》。