安排了生母後事，仁宗表面上並未過分追究劉後及其親屬，這大概只是一時權宜之計。事實上，早在太後生前，仁宗與太後之間就已存在極大的沖突，尤其是在自己的婚姻大事上，仁宗明顯地感到太後的專橫。仁宗最初看上了並非官宦卻富有錢財的王蒙正的女兒，曾向劉太後提起過此事，但武斷的太後根本不予理會，借口這個王姓女子“妖豔太甚，恐不利少主”，硬是將這個“姿色冠世”的少女許配給了劉美的兒子劉從德。劉美即是銀匠龔美，只可惜在劉氏冊封皇太後之前就去世了，留下了兩個兒子，劉從德便是其長子，太後此舉無疑有報答龔美的意味。然而，這一許配卻極大地傷害了少年皇帝。
王蒙正與劉太後連姻時，其父極不贊成，阻攔不住，竟然大罵：我們王家世代為民，從來沒有與外戚通過婚，今後必定要遭受災禍！沒想到此話當真應驗了。10年後，王蒙正與父親的婢女私通，生下了孩子又不承認，擔心其分走自己的財產，被婢女告到官府。經審核，證據確鑿，王蒙正被除名編管，發配嶺南。仁宗特地下詔，禁止其女以國戚身份進入皇宮，其子孫也不得與皇族聯姻，這種處罰大概與仁宗發泄他積蓄多年的怨恨有關。
仁宗喜歡的姑娘被許給劉從德後，太後也准備盡快為15歲的皇帝完婚，選了幾個有身份的少女進宮，作為皇後候選人，其中有已故中書令郭崇的孫女郭氏，已故驍騎衛上將軍張美的曾孫女張氏。當時仁宗一眼就相中了張姓女孩。本來皇帝選中誰就可以立為皇後，但仁宗的意願再次遭到太後的阻撓。原來，經過太後審視，認為張姓女子不如郭姓女子，在未與仁宗商量的情況下，便自作主張以張氏為才人，而冊立郭氏為皇後。這一決定又一次使少年仁宗遭受到了沉重的打擊，進而造成此後長時間內皇帝對正宮的冷漠，也直接導致了廢後風波。
郭皇後有劉太後作靠山，她既不懂得謙讓和寬容，更是逐漸養成了驕橫自恣（zi）的性格。太後死後，她依然舊習不改，仍沿用太後時的規矩，壟斷後宮。而仁宗親政，卻力圖要擺脫太後的影響，其中一項重要變化，就是後宮嬪妃紛紛得寵。當時最受仁宗寵愛的兩個美人是尚氏和楊氏。尚美人的父親封官受賜，恩寵傾動京城，引起郭後的嫉恨，幾番與尚氏發生沖突，尚氏自然也少不了在仁宗面前詆毀皇後。一次，尚氏當著仁宗的面譏諷郭後，郭後怒不可遏，上前要抽尚氏耳光，仁宗跑過來勸架，偏巧一巴掌落在皇帝的脖頸上。仁宗大怒，令宦官閻文應傳來宰相呂夷簡，讓他“驗視”傷痕，其實是為其廢後尋求支持。隨後，仁宗下詔，稱皇後無子，願意當道姑，特封淨妃、玉京沖妙仙師，易名淨悟，別居長甯宮。此詔一出，朝廷大嘩，甚至引發了台諫官員在皇帝寢宮門前集體進諫這一前所未有的事件。郭後被廢，名義上是她長時間未能生育皇子，實際上是仁宗發泄對已故太後的不滿。
郭皇後被廢後，仁宗讓宋綬草擬廢後詔書，其中有“當求德門，以正內治”的話，意思是從有教養的家庭中選取秀女。劉太後雖已不在人世，仁宗也已親政，但在選後的問題上他卻一直未能如願。當時，左右領來一個姓陳的女子進宮，頗得仁宗歡心。陳氏是壽州茶商之女，父親靠捐納謀得一個小官，不具高貴的門第。宋綬說：“陛下若以賤者正位中宮，不就與前日詔書所言背道而馳了嗎？”宰相呂夷簡、樞密副使蔡齊等人也紛紛勸說，負責給皇上供藥的太監閻士良頗得仁宗信任，他也勸諫仁宗不要娶陳氏。這樣，在眾人的反複勸說下，仁宗不得不另立中宮，勉強將宋初名將曹彬的孫女選為皇後。
正因為如此，仁宗對這次婚姻似乎也不是很滿意。進入中年以後，仁宗最寵愛的女人是張美人。張美人後進封貴妃，雖然她在死後才被追冊為皇後，但其生前的威勢，並不亞于正宮曹皇後。張貴妃是洛陽人，祖先是吳人，吳越王歸宋，其家遷到河南定居。不幸的是其父張堯封進士及第不久就去世了，母親在齊國大長公主府上作歌舞女，將女兒帶在身邊。大長公主見這個小女孩靈巧可愛，便召入宮中作樂女，那時她才8歲，由宮人賈氏代養。一次宮中宴飲，被仁宗看中得寵。慶曆八年（1048年）十月十七日成為貴妃。張氏在短短幾年內，就由末等嬪妃的才人直升至最高等級的貴妃，距離皇後僅一步之遙，可知仁宗對她特別寵愛。
雖然張貴妃聰明伶俐，深得仁宗喜愛，但在“士大夫與皇帝共治天下”的大背景下，她也不能為所欲為，不僅晉封皇後沒有希望，甚至連其伯父張堯佐晉封宣徽南院使這樣虛職的事也因遭到台諫官的猛烈攻擊而作罷。一天，仁宗正准備上朝，張貴妃送仁宗至殿門，拉著仁宗說“官家今日不要忘了宣徽使！”仁宗答道：“放心！放心！”結果在殿上，仁宗正准備下達任命張堯佐的詔書，包拯便站出來上言，包拯像
陳述不應給予張氏任命的理由，長篇大論，很是激動，唾沫都濺到仁宗臉上。仁宗不得不收回了成命。張貴妃遣宦官探問，得知包拯犯顏直諫。等仁宗回到宮中，張貴妃迎上前去，又想為其伯父美言。仁宗用袖子擦著臉不耐煩地說：“今天包拯上殿，唾沫都濺到我臉上了。你只管要宣徽使，不知道包拯是諫官嗎？”
皇祐六年（1054年）正月初八，31歲的張貴妃暴病身亡。仁宗感念張貴妃生前的柔情與善良，悲痛無比地對左右說，當年顏秀等人發動宮廷叛亂時，張貴妃不顧自身安危，挺身出來保護自己。天下大旱，為了替他分憂，又是張貴妃，在宮中刺臂出血，書寫祈雨的禱辭。在左右宦官的支持下，仁宗最後決定用皇後之禮為張貴妃發喪。一生都夢想著登上皇後之位的張貴妃，終于在死後穿上皇後的殮服，享受到宗室、大臣們的參拜告奠。由于擔心朝野的反對，仁宗干脆在治喪的第四天宣布追冊貴妃張氏為皇後，賜諡溫成。正宮曹皇後在世，卻另追冊貴妃為後，于是出現了一生一死兩位皇後，如此逾禮之事，曠古未聞。台諫連續上奏反對，仁宗置之不理。為了自己心愛的女人，仁宗下令“禁樂一月”，京師惟一的活動便是為溫成皇後舉喪。
仁宗為了自己一生中最重要的兩個女人——生母和愛妃，不顧朝野內外的巨大非議，毅然進行了兩次追冊活動，這種感情是真摯的。同樣，知人善任的仁宗對自己看中的臣子，無論是文臣，還是武將，都會給予相當的信任，這種信任也是坦誠的。但是，早年母後臨朝的陰影和自己不幸的婚姻造就了他文弱、憂郁而又猶疑不定的性格，使得這種信任很難經得起世事滄桑的考驗。