好在這時英法聯軍進攻北京、咸豐北走熱河，何桂清才暫時性命無憂。等到慈禧當政，局勢稍微安定後，很快有人重提此事，慈禧也想借此事大做文章，于是何桂清在同治元年（1862年）五月被逮入刑部問罪。
當時主審此案的刑部郎中余光綽是常州人，他認為何桂清作為封疆大吏卻不戰而逃，失守城池；為了逃生而擊殺執香跪拜的父老19人，此等行徑實在是天良喪盡、罪無可赦，擬斬立決。這時，在何桂清多年經營的關系作用下，他的門生舊吏、親朋好友紛紛通過各種渠道說情並竭力為其開脫，使得這個案件的審判變得錯綜複雜。
這時，慈禧排除眾議，她認為不殺何桂清不足以平民憤，也不能刹住那些封疆大吏、府縣官員遇賊則逃的歪風，于是當年十月下諭旨將何桂清處決。諭旨下發當天，何桂清便被公開斬首。何桂清是太平軍起事以來第一個被朝廷處決的一品大員。此斬既出，百官俱驚，清廷各級官府的綱紀也為之肅然。
第二個撞上槍口的是督辦陝西軍務的欽差大臣、統兵大員勝保。勝保是滿洲鑲白旗人，道光朝的進士，在太平天國興起後，他先後統兵與太平軍及撚軍作戰。在“辛酉政變”中，勝保站在慈禧的一邊，他的積極參與可謂是為政變成功提供了強有力的武力保障。按理說，慈禧應該對勝保感恩戴德，即使他犯錯也會網開一面，他何以會在政變還不到兩年的時間就送命了呢？
事實上，在政變成功後，慈禧也曾對勝保大加賞賜，並很快將他升為正二品的兵部左侍郎，並由鑲藍旗漢軍副都統升為上三旗的正黃旗滿洲都統，一時間備受恩寵。可惜的是，好運不長，在同治元年（1862年），勝保被授欽差大臣，前往陝西督辦軍務、鎮壓回民起義。這時，曾被他招撫的兩個義軍首領苗沛霖和宋景詩突然反叛，勝保很快被人彈劾“擁寇自重”、“意圖謀反”，隨後勝保便被革職拿問。
在審訊過程中，勝保的其他罪行被一一揭露，比如謊報大捷、在軍隊中攜帶妓女和優伶等，甚至還將太平軍將領陳玉成之妻收為己妾，荒淫無恥，令慈禧大為震驚。更為重要的是，勝保自以為在“辛酉政變”中立下大功，又通過黨護苗沛霖和宋景詩的勢力，不但糜費軍餉無數，反挾制朝廷，漸有不臣之心。由于勝保兵力所在的位置距離京師很近，弄不好便成朝廷的心腹之患，于是慈禧決定對勝保痛下殺手。
于是，同治元年（1862年）十一月勝保被革職拿問後，于同治二年（1863年）七月便被賜令自盡。在短短的一年多時間里，慈禧便殺了兩個一二品大員，這對各朝廷大員和封疆大吏們的震動是巨大的。由此，他們也知道慈禧這個女人心狠手辣，不是個好惹的主。
除此之外，慈禧又在同治元年對官員們進行一次嚴厲的考核，即所謂“京察”和“大計”（京官的考核叫“京察”，地方官員的考核叫“大計”，每3年進行一次，同治元年正好趕上）。按清朝的制度，“京察”和“大計”都以“四格”、“六法”作為考核標准：“四格”者，即“才”（才干，分長、平、短三等）、“守”（操守，分廉、平、貪三類）、“政”（政務，分勤、平、怠三類）、“年”（年齡，分青、中、老三類）；“六法”者，即“不謹”、“罷軟無為”、“浮躁”、“才力不足”、“年老”、“有疾”六個指標。經考核後，官員或升或降，或革或黷，其目的在于獎優懲劣，讓各級官員勤勉政務、恪盡職守。
從嘉慶、道光年後，清廷的政風日下，考核的方法固然很好，但在實際操作中，官員們彼此賄賂徇庇、弄虛作假、虛與委蛇的現象也是司空見慣之事。對此，慈禧也略有所知，于是她決定利用這次考核的機會對吏治進行嚴厲整頓，以淘汰那些不稱職的官員並提拔有干勁、有進取心的官員安排在重要崗位上。
既然是慈禧親自動手，那次考核就要動真格的了。考核結束後，年老體衰的內閣學士巴彥春、平庸無能的光祿寺卿雷以誠及品行敗壞的光祿寺少卿范錄典，被同時勒令退休；而才華出眾、耿介正直的潘祖蔭；敢做敢為、膽魄過人的左宗棠等人則得到了擢升。慈禧的新君上任三把火，盡管不能一改往日之頹勢，但也算是有所轉機。